UM ALI PDOs的建立与培养
从原发UM组织建立可维持的类器官模型
将UM样本切碎、酶解消化,重悬于培养基和I型胶原混合物中,转移至Transwell插入物,培养于37°C、5% CO2,每3-4天换液,培养长达83天。
Establishment of Uveal Melanoma Patient-Derived Organoids Using an Air-Liquid Interface System for Translational Research
包含体外类器官模型、DNA/RNA测序、质谱HPTM分析和药物功能验证,涉及多层级证据。
5例葡萄膜黑色素瘤患者来源的ALI PDOs 新鲜和冷冻保存的原发UM组织 UM ALI PDOs用于quisinostat药物筛选
PDOs保留了原发肿瘤的免疫表型(MART-1、HMB-45、SOX10阳性)和遗传变异(如GNAQ/GNA11、BAP1等驱动突变) RNA-seq显示PDOs与原发肿瘤基因表达高度相似(16,657个基因中仅494个差异表达) MS分析显示PDOs保留了患者特异性的HPTM聚类模式,但部分乙酰化标记降低 quisinostat处理(100 nM和200 nM,72小时)导致细胞活力变化、转录重编程和组蛋白乙酰化增加 使用5例患者样本,其中4例新鲜组织成功建立,5例冷冻组织均成功建立
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从原发UM组织建立可维持的类器官模型
将UM样本切碎、酶解消化,重悬于培养基和I型胶原混合物中,转移至Transwell插入物,培养于37°C、5% CO2,每3-4天换液,培养长达83天。
验证PDOs是否保留原发肿瘤的形态和黑色素细胞标志物
对PDOs进行H&E染色和免疫组化检测MART-1、HMB-45、SOX10、CD68、CD8。
评估PDOs是否保留原发肿瘤的遗传变异
对匹配的肿瘤组织和PDOs进行靶向NGS,使用QiaSeq custom panel,在Illumina MiSeq平台测序。
比较PDOs与原发肿瘤的基因表达谱
提取RNA,使用QuantSeq 3′ mRNA-Seq或Watchmaker RNA kit建库,在Illumina NovaSeq 6000测序,进行差异表达和GO分析。
定量比较原发肿瘤和PDOs的组蛋白翻译后修饰景观
使用质谱分析组蛋白H3和H4的乙酰化和甲基化修饰,比较4对原发肿瘤和匹配PDOs。
评估PDOs对HDAC抑制剂的反应
在PDO生长稳定期(14-30天)加入quisinostat(100 nM或200 nM,0.3% DMSO稀释),处理72小时,进行细胞活力检测、基因表达谱和HPTM分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织消化 | II型胶原酶 | -- | -- |
| DNase I | -- | -- | |
| 细胞培养 | Advanced DMEM/F12培养基 | -- | -- |
| I-A型胶原溶液 | -- | -- | |
| Transwell插入物 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| DNA提取 | Maxwell RSC DNA FFPE试剂盒 | Promega | -- |
| DNeasy血液和组织试剂盒 | QIAGEN | -- | |
| DNA测序 | QiaSeq定制panel | Qiagen | -- |
| Illumina MiSeq测序平台 | Illumina | -- | |
| RNA提取 | RNeasy FFPE试剂盒 | Qiagen | -- |
| RNeasy Mini试剂盒 | Qiagen | -- | |
| RNA测序 | QuantSeq 3′ mRNA-Seq试剂盒 | Lexogen | -- |
| Watchmaker RNA试剂盒 | Watchmaker Genomics | -- | |
| Illumina NovaSeq 6000测序平台 | Illumina | -- | |
| 药物处理 | quisinostat | Selleck Chemicals | S10969 |
| 二甲基亚砜 | -- | -- | |
| 细胞活力检测 | Cell Titer Glo 3D细胞活力检测试剂 | Promega | -- |
| SynergyH1酶标仪 | BioTek | -- | |
| Gen5酶标仪软件 | BioTek | -- | |
| 显微镜观察 | Olympus CKX41倒置显微镜 | Olympus | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| UM ALI PDOs建立与培养 | 组织来源(新鲜或冷冻)、酶解条件(Collagenase Type II和DNase I浓度及消化时间30-60分钟)、Transwell插入物孔径(0.4 µm)、培养温度(37°C)和CO2浓度(5%)、换液频率(每3-4天)、培养时长(最长83天) 阅读提示:Methods中'Culture of Air–Liquid Interface Patient-Derived Organoids'小节及Supplementary Material |
| DNA测序 | 样本匹配情况(肿瘤与PDO配对)、DNA提取试剂盒(Maxwell RSC DNA FFPE Kit或DNeasy Blood & Tissue Kit)、文库构建panel(QiaSeq custom panel)、测序平台(Illumina MiSeq) 阅读提示:Methods中'DNA Sequencing'小节及Supplementary Material |
| RNA测序 | RNA提取试剂盒(RNeasy FFPE Kit或RNeasy Mini Kit)、文库构建试剂盒(QuantSeq 3′ mRNA-Seq或Watchmaker RNA kit)、测序平台(Illumina NovaSeq 6000)、差异表达分析阈值(FDR <0.05) 阅读提示:Methods中'RNA Sequencing'小节及Supplementary Material |
| HPTM质谱分析 | 样本对数(4对原发肿瘤和匹配PDOs)、UKB01-03样本分析了两个不同时间点的PDO、统计方法(Student's t-test) 阅读提示:Methods中'Quantitative Histone Posttranslational Modification Analysis by Mass Spectrometry'小节及Supplementary Material |
| 药物筛选 | PDO培养时间窗口(14-30天,生长显著但稳定)、quisinostat浓度(100 nM和200 nM)、DMSO浓度(0.3%)、处理时间(72小时)、细胞活力检测试剂(Cell Titer Glo 3D)、样本数(3例:UKB01、UKB03、UKT01) 阅读提示:Methods中'Drug Screening'小节及Figure 4 legend |