动物模型建立与分组
建立不同严重程度的右心室功能障碍模型
对Yorkshire去势雄性猪进行肺动脉环缩(PAB)手术,根据右心室射血分数分为对照组、轻度RVD组和重度RVD组。
Multimodality Molecular Profiling Nominates Targetable Mechanisms in Progressive RV Dysfunction
包含snRNA-seq、线粒体和细胞质蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学以及组织学验证等多层级证据,涉及体外和体内模型。
肺动脉环缩(PAB)猪模型 Yorkshire去势雄性猪原代右心室组织 右心室组织单核RNA测序
PAB猪分组:对照组(n=5,RVEF 58±3%)、轻度RVD组(n=5,RVEF 38±4%)、重度RVD组(n=6,RVEF 20±8%)。 单核RNA测序每组4只猪的右心室组织。 蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学使用16只猪的右心室组织。 右心室组织学分析:picrosirius red染色、WGA-488染色、IB4染色。 免疫荧光和共聚焦显微镜分析:galectin-3、PDGFRβ、CD47、核糖体蛋白S6等抗体染色。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立不同严重程度的右心室功能障碍模型
对Yorkshire去势雄性猪进行肺动脉环缩(PAB)手术,根据右心室射血分数分为对照组、轻度RVD组和重度RVD组。
评估右心室结构和功能改变
进行心脏MRI和右心导管检查,测量右心室射血分数、右心室扩张、三尖瓣反流、右心室质量、右心室后负荷等。
验证多组学发现并评估纤维化和毛细血管密度
对右心室游离壁组织进行picrosirius red染色、WGA-488染色和IB4染色,量化总纤维化、血管周围纤维化、心肌细胞横截面积和毛细血管密度。
定义细胞类型和基因表达变化
从每组4只猪的右心室组织分离细胞核,进行snRNA-seq,分析细胞类型相对丰度和差异表达基因。
评估蛋白质水平变化
从16只猪的右心室组织分离线粒体和细胞质部分,进行TMT 16-plex蛋白质组学分析。
评估磷酸化信号通路变化
对右心室组织进行磷酸化肽段富集和质谱分析,预测激酶活性。
验证巨噬细胞、周细胞-内皮细胞共定位、核糖体定位和CD47表达
对右心室切片进行免疫荧光染色,使用共聚焦显微镜采集图像并量化。
检测蛋白质泛素化水平
使用25 μg右心室蛋白提取物进行免疫印迹,检测泛素化蛋白。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织学分析 | Alexa Fluor 488偶联小麦胚芽凝集素 | Invitrogen | W11261 |
| 同工凝集素B4 | Invitrogen | I21413 | |
| 线粒体分离 | 线粒体分离试剂盒 | Abcam | -- |
| 免疫荧光 | 抗半乳糖凝集素-3 | Abcam | ab76245 |
| 抗血小板衍生生长因子受体β | Cell Signaling Technology | 3169S | |
| 抗核糖体蛋白S6 | Abcam | ab225676 | |
| 抗CD47 | Abcam | ab226837 | |
| 山羊抗兔IgG Alexa Fluor 568 | Invitrogen | A-11011 | |
| 抗原修复 | Decloaking溶液 | Biocare | -- |
| Western blot | Odyssey红外成像系统 | Lincoln, NE | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型与分组 | 猪的年龄、体重、PAB手术方法、分组依据(RVEF)、每组样本量 阅读提示:Methods中的Animal Studies小节 |
| 单核RNA测序 | 每组猪的数量、细胞核分离方法、测序平台、数据分析流程 阅读提示:Methods中的Single-Nucleus RNA Sequencing (snRNA-seq) Analysis小节 |
| 蛋白质组学 | 线粒体和细胞质分离方法、TMT标记、质谱平台、数据分析阈值 阅读提示:Methods中的RV Mitochondrial and Cytosolic Proteomics小节 |
| 磷酸化蛋白质组学 | 磷酸化肽段富集方法、质谱平台、激酶富集分析参数 阅读提示:Methods中的Phosphoproteomics and Phosphatome Analysis小节 |
| 组织学与免疫荧光 | 组织固定和切片方法、抗体稀释比例、成像设备、量化方法 阅读提示:Methods中的RV Histology Analysis和Confocal Microscopy Analysis小节 |