多模态分子图谱分析揭示进行性右心室功能障碍的可靶向机制

Multimodality Molecular Profiling Nominates Targetable Mechanisms in Progressive RV Dysfunction

作者信息Madelyn J Blake, Jenna B Mendelson, Jacob D Sternbach, Minwoo Kim, Rashmi M Raveendran, Ryan A Moon, Lynn M Hartweck, Walt Tollison, John P Carney, Todd Markowski, LeeAnn Higgins, Sally E Prins, Felipe Kazmirczak, Kurt W Prins
PMID42841205
期刊Circ Res
发布时间2026-10-07
DOI10.1161/CIRCRESAHA.126.328649

实验完整度

高

包含snRNA-seq、线粒体和细胞质蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学以及组织学验证等多层级证据,涉及体外和体内模型。

主要模型

肺动脉环缩(PAB)猪模型 Yorkshire去势雄性猪原代右心室组织 右心室组织单核RNA测序

重点核对

PAB猪分组:对照组(n=5,RVEF 58±3%)、轻度RVD组(n=5,RVEF 38±4%)、重度RVD组(n=6,RVEF 20±8%)。 单核RNA测序每组4只猪的右心室组织。 蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学使用16只猪的右心室组织。 右心室组织学分析:picrosirius red染色、WGA-488染色、IB4染色。 免疫荧光和共聚焦显微镜分析:galectin-3、PDGFRβ、CD47、核糖体蛋白S6等抗体染色。

摘要

背景:右心室功能障碍(RVD)是多种心血管疾病死亡率的强预测因子。目前尚不清楚RVD的严重程度是否对应于不同的细胞和分子改变,这对于确定最佳治疗靶点具有重要意义。为填补这一知识空白,我们对具有不同程度右心室损害的肺动脉环缩(PAB)猪进行了多组学评估。方法:根据右心室射血分数将PAB猪分为轻度RVD组(38±4%)和重度RVD组(20±8%)。对对照组、轻度RVD组和重度RVD组动物的右心室组织进行了单核RNA测序、线粒体和细胞质蛋白质组学以及磷酸化蛋白质组学分析。组织学分析验证了多组学发现。结果:心脏MRI显示轻度和重度RVD猪出现进行性结构和功能改变。snRNA-seq表明,随着RVD进展,心肌细胞丢失、efferocytosis受损的巨噬细胞积累以及内皮细胞和周细胞失调。转录组和蛋白质组联合分析显示,随着RVD恶化,心肌细胞复合代谢损伤逐步加重。重度RVD中右心室微血管受损,表现为内皮细胞/周细胞基因调控改变、右心室切片中共定位模式改变以及心肌细胞HIF1A转录本表达增加。对线粒体和全局蛋白质稳态的分析显示,线粒体蛋白质稳态受损更严重,包括线粒体蛋白酶、伴侣蛋白和核糖体下调。矛盾的是,重度RVD中细胞质核糖体上调。与重度RVD相比,轻度RVD中预测的激酶组和磷酸酶组发生独特改变。最后,多组学方法整合确定了核糖毒性应激反应的激活、巨噬细胞efferocytosis受损和线粒体未折叠蛋白反应不足是重度RVD的潜在贡献因素。多物种比较表明,核糖毒性应激反应是RVD中最保守的致病反应。结论:我们的多组学分析定义了进行性RVD的细胞和分子景观,并提出了可能促进进行性右心室功能障碍的可成药通路。未来需要研究确定干预这些通路如何影响右心室表型。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
进行性右心室功能障碍是否对应于不同的细胞和分子改变,以及哪些通路可能作为治疗靶点?
核心机制
核糖毒性应激反应激活、巨噬细胞efferocytosis受损和线粒体未折叠蛋白反应不足是重度RVD的潜在贡献机制。
主要证据
通过snRNA-seq、线粒体和细胞质蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学以及组织学分析,在PAB猪模型中验证了细胞组成、代谢、炎症和蛋白质稳态的改变。
研究意义
定义了进行性RVD的细胞和分子景观,并提出了可能促进进行性右心室功能障碍的可成药通路,为未来治疗研究提供了框架。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

动物模型建立与分组

建立不同严重程度的右心室功能障碍模型

对Yorkshire去势雄性猪进行肺动脉环缩(PAB)手术,根据右心室射血分数分为对照组、轻度RVD组和重度RVD组。

2

心脏MRI和血流动力学评估

评估右心室结构和功能改变

进行心脏MRI和右心导管检查,测量右心室射血分数、右心室扩张、三尖瓣反流、右心室质量、右心室后负荷等。

3

组织学分析

验证多组学发现并评估纤维化和毛细血管密度

对右心室游离壁组织进行picrosirius red染色、WGA-488染色和IB4染色,量化总纤维化、血管周围纤维化、心肌细胞横截面积和毛细血管密度。

4

单核RNA测序(snRNA-seq)

定义细胞类型和基因表达变化

从每组4只猪的右心室组织分离细胞核,进行snRNA-seq,分析细胞类型相对丰度和差异表达基因。

5

线粒体和细胞质蛋白质组学

评估蛋白质水平变化

从16只猪的右心室组织分离线粒体和细胞质部分,进行TMT 16-plex蛋白质组学分析。

6

磷酸化蛋白质组学

评估磷酸化信号通路变化

对右心室组织进行磷酸化肽段富集和质谱分析,预测激酶活性。

7

共聚焦显微镜分析

验证巨噬细胞、周细胞-内皮细胞共定位、核糖体定位和CD47表达

对右心室切片进行免疫荧光染色,使用共聚焦显微镜采集图像并量化。

8

Western blot分析

检测蛋白质泛素化水平

使用25 μg右心室蛋白提取物进行免疫印迹,检测泛素化蛋白。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
Alexa Fluor 488偶联小麦胚芽凝集素InvitrogenW11261
同工凝集素B4InvitrogenI21413
线粒体分离试剂盒Abcam--
抗半乳糖凝集素-3Abcamab76245
抗血小板衍生生长因子受体βCell Signaling Technology3169S
抗核糖体蛋白S6Abcamab225676
抗CD47Abcamab226837
山羊抗兔IgG Alexa Fluor 568InvitrogenA-11011
Decloaking溶液Biocare--
Odyssey红外成像系统Lincoln, NE--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
动物模型与分组
猪的年龄、体重、PAB手术方法、分组依据(RVEF)、每组样本量
阅读提示:Methods中的Animal Studies小节
单核RNA测序
每组猪的数量、细胞核分离方法、测序平台、数据分析流程
阅读提示:Methods中的Single-Nucleus RNA Sequencing (snRNA-seq) Analysis小节
蛋白质组学
线粒体和细胞质分离方法、TMT标记、质谱平台、数据分析阈值
阅读提示:Methods中的RV Mitochondrial and Cytosolic Proteomics小节
磷酸化蛋白质组学
磷酸化肽段富集方法、质谱平台、激酶富集分析参数
阅读提示:Methods中的Phosphoproteomics and Phosphatome Analysis小节
组织学与免疫荧光
组织固定和切片方法、抗体稀释比例、成像设备、量化方法
阅读提示:Methods中的RV Histology Analysis和Confocal Microscopy Analysis小节