患者招募与临床诊断
建立IRDs患者队列并进行临床表型分类
招募203例临床诊断IRDs患者,根据临床特征分为RP、USH、CRD、BBS和LCA组,进行眼科检查、家族史和系谱记录。
Clinical and Population-Specific Insights Into Inherited Retinal Dystrophies From Whole-Exome Sequencing of the Polish Cohort
包含WES检测203例患者样本,鉴定致病变异和新变异,但主要为遗传分析,缺乏功能验证或动物模型验证。
203例波兰IRDs患者队列(159例RP、21例Usher综合征、16例CRD、4例BBS、3例LCA) 患者血液样本
WES在203例临床诊断IRDs患者中的诊断率(65.02% resolved) ABCA4和USH2A基因变异频率及其在队列中的分布 24个新变异的分子特征和致病性分类(按ACMG/ACGS标准) 临床诊断与分子诊断的一致性(90.2% concordant)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立IRDs患者队列并进行临床表型分类
招募203例临床诊断IRDs患者,根据临床特征分为RP、USH、CRD、BBS和LCA组,进行眼科检查、家族史和系谱记录。
通过全外显子组测序鉴定致病基因变异
采集患者血液样本,送至CeGaT实验室进行WES,使用Illumina NovaSeq6000平台和CeGaTExomeXtra v.5 panel富集目标区域,分析编码变异、已知致病非编码变异、SNV、小indel和CNV。
确定分子诊断率并分类变异致病性
根据ClinVar、HGMD和CeGaT内部数据库评估变异,将患者分为明确分子诊断、不确定分子诊断和未解决分子诊断。
评估临床诊断与分子诊断的 concordance
比较临床诊断与分子诊断结果,计算各表型组的一致性比例。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| WES检测 | Illumina NovaSeq6000测序平台 | Illumina | -- |
| WES靶区域富集 | CeGaTExomeXtra v.5 panel | CeGaT | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列与临床诊断 | 样本量203例,各组人数(RP 159、USH 21、CRD 16、BBS 4、LCA 3),招募时间2023年7月至2024年10月,纳入排除标准 阅读提示:Methods部分患者招募段落及Table 1 |
| WES检测与变异分析 | WES平台Illumina NovaSeq6000,富集panel CeGaTExomeXtra v.5,变异解释标准ACMG/ACGS 2020,数据库ClinVar、HGMD、CeGaT内部 阅读提示:Methods部分WES检测段落 |
| 分子诊断分类 | 明确分子诊断定义(AR两个致病变异,AD一个,XL一个),不确定诊断定义(一个致病变异加VUS或仅VUS) 阅读提示:Results部分Molecular Diagnostics–Diagnostic Yield段落 |
| 临床与分子诊断一致性 | 总体一致性90.2%,RP组95.1%,BBS组50% 阅读提示:Results部分及Table 3 |