波兰队列全外显子组测序对遗传性视网膜营养不良的临床与人群特异性见解

Clinical and Population-Specific Insights Into Inherited Retinal Dystrophies From Whole-Exome Sequencing of the Polish Cohort

作者信息Katarzyna Ognik, Ewelina Cholewinska, Ewelina Witkowska, Przemyslaw Solek, Bartosz Solowiej, Kamil Jonak, Agata Pietras-Baczewska, Beata Gajda-Derylo, Robert Rejdak, Katarzyna Nowomiejska
PMID42803640
发布时间2026-09-01
DOI10.1167/iovs.67.11.49

实验完整度

中

包含WES检测203例患者样本,鉴定致病变异和新变异,但主要为遗传分析,缺乏功能验证或动物模型验证。

主要模型

203例波兰IRDs患者队列(159例RP、21例Usher综合征、16例CRD、4例BBS、3例LCA) 患者血液样本

重点核对

WES在203例临床诊断IRDs患者中的诊断率(65.02% resolved) ABCA4和USH2A基因变异频率及其在队列中的分布 24个新变异的分子特征和致病性分类(按ACMG/ACGS标准) 临床诊断与分子诊断的一致性(90.2% concordant)

摘要

目的:遗传性视网膜营养不良(IRDs)是一组导致进行性视力丧失的遗传性疾病,其中非综合征型和综合征型视网膜色素变性(RP)是最常见且遗传异质性最强的形式之一。本研究旨在探索白色波兰人群中IRDs的遗传景观。方法:共招募203名个体,包括159名RP、21名Usher综合征、16名视锥-视杆营养不良、4名Bardet-Biedl综合征和3名Leber先天性黑蒙患者。采用全外显子组测序(WES)鉴定与IRDs相关的致病变异。结果:在132名参与者(65.0%)中检测到致病变异,RP相关突变的诊断率为63.7%。最常见的致病变异位于ABCA4和USH2A基因,分别占已识别变异的24%和16%。此外,还鉴定出24个分子性质多样的新变异,包括大片段缺失和移码突变,反映了其分子性质的显著异质性。结论:这项全面的遗传分析不仅支持波兰人群IRDs的分子诊断,还突出了WES在确定遗传性视网膜营养不良遗传原因和识别新致病突变方面的实用性。因此,将开发一个专用基因面板以支持RP及相关IRDs的分子诊断。收集的临床、影像和遗传数据也可能有助于未来整合基因型-表型相关性以及表型-表型相关性的分析。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
波兰人群中IRDs的遗传景观和致病基因变异是什么?WES在IRDs分子诊断中的效用如何?
核心机制
文中未明确说明
主要证据
WES检测203例IRDs患者,在132例(65.0%)中鉴定出致病变异,最常见于ABCA4(24%)和USH2A(16%)基因;发现24个新变异;临床与分子诊断一致性达90.2%。
研究意义
支持波兰人群IRDs的分子诊断,突出WES在确定遗传原因和识别新变异中的实用性,数据可用于未来基因型-表型相关性分析,并计划开发专用基因面板。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

患者招募与临床诊断

建立IRDs患者队列并进行临床表型分类

招募203例临床诊断IRDs患者,根据临床特征分为RP、USH、CRD、BBS和LCA组,进行眼科检查、家族史和系谱记录。

2

血液样本采集与WES检测

通过全外显子组测序鉴定致病基因变异

采集患者血液样本,送至CeGaT实验室进行WES,使用Illumina NovaSeq6000平台和CeGaTExomeXtra v.5 panel富集目标区域,分析编码变异、已知致病非编码变异、SNV、小indel和CNV。

3

变异分析与分子诊断分类

确定分子诊断率并分类变异致病性

根据ClinVar、HGMD和CeGaT内部数据库评估变异,将患者分为明确分子诊断、不确定分子诊断和未解决分子诊断。

4

临床与分子诊断一致性分析

评估临床诊断与分子诊断的 concordance

比较临床诊断与分子诊断结果,计算各表型组的一致性比例。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
Illumina NovaSeq6000测序平台Illumina--
CeGaTExomeXtra v.5 panelCeGaT--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
患者队列与临床诊断
样本量203例,各组人数(RP 159、USH 21、CRD 16、BBS 4、LCA 3),招募时间2023年7月至2024年10月,纳入排除标准
阅读提示:Methods部分患者招募段落及Table 1
WES检测与变异分析
WES平台Illumina NovaSeq6000,富集panel CeGaTExomeXtra v.5,变异解释标准ACMG/ACGS 2020,数据库ClinVar、HGMD、CeGaT内部
阅读提示:Methods部分WES检测段落
分子诊断分类
明确分子诊断定义(AR两个致病变异,AD一个,XL一个),不确定诊断定义(一个致病变异加VUS或仅VUS)
阅读提示:Results部分Molecular Diagnostics–Diagnostic Yield段落
临床与分子诊断一致性
总体一致性90.2%,RP组95.1%,BBS组50%
阅读提示:Results部分及Table 3