生物信息学分析与临床关联评估
评估PTPN22在NK细胞中的表达及其与临床结局和TME特征的关联。
分析已发表scRNA-seq数据集和TCGA泛癌数据,评估PTPN22在肿瘤浸润NK细胞中的表达、与生存的关联、免疫检查点相关性及通路富集。
PTPN22 as a novel therapeutic target: a key intracellular checkpoint for NK cell therapy
包含scRNA-seq/TCGA队列分析、NK92、原代NK、多种CAR-NK体外功能验证及NSG小鼠Nalm6异种移植体内验证,并有STAT3/FAS机制验证。
NK92细胞系 原代人类NK细胞 抗CD19/CAR-NK92细胞与抗MSLN/CAR-IL-15-NK92细胞 NSG小鼠Nalm6-Luc白血病异种移植模型
CRISPR/Cas9 RNP敲除PTPN22后Western blot验证编辑效率(sgRNA1、sgRNA2、sgRNA3) PTPN22-IN-1使用浓度10 µM、LTV-1使用20 µM处理24小时 PTPN22KO NK92细胞毒性与IFN-γ分泌检测(E:T 1:1和5:1) NSG小鼠静脉注射1×10^5 Nalm6-Luc细胞后3天给予5×10^6或1×10^7 CAR-NK92细胞并联合25,000 U hIL-2 炎症因子TNF-α、IL-1β、IL-6、TGF-β等10 ng/mL处理24小时后检测细胞毒性与pSTAT3/FAS
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估PTPN22在NK细胞中的表达及其与临床结局和TME特征的关联。
分析已发表scRNA-seq数据集和TCGA泛癌数据,评估PTPN22在肿瘤浸润NK细胞中的表达、与生存的关联、免疫检查点相关性及通路富集。
验证PTPN22酶活性抑制是否增强NK92抗肿瘤功能。
使用PTPN22-IN-1和LTV-1处理NK92细胞,检测对血液和实体肿瘤细胞系的细胞毒性及IFN-γ分泌。
通过遗传缺失特异性验证PTPN22对NK92细胞功能的影响。
使用非病毒CRISPR/Cas9 RNP编辑敲除PTPN22,Western blot验证编辑效率,检测NK92细胞毒性、增殖和细胞因子分泌。
评估PTPN22抑制或敲除对CAR-NK细胞抗血液肿瘤和实体瘤功能的影响。
构建抗CD19/CAR-NK92和抗MSLN/CAR-IL-15-NK92细胞,结合PTPN22-IN-1、LTV-1或CRISPR敲除,检测细胞毒性、细胞因子释放和再挑战杀伤能力。
评估PTPN22KO抗CD19/CAR-NK92细胞在Nalm6白血病模型中的体内抗肿瘤活性和生存获益。
NSG小鼠静脉注射Nalm6-Luc细胞,随后给予低剂量或高剂量PTPN22KO或Cas9对照抗CD19/CAR-NK92细胞,通过生物发光成像和生存分析评估疗效。
探究PTPN22缺失增强NK/CAR-NK细胞功能是否与STAT3磷酸化和FAS表达相关。
检测PTPN22KO或抑制后NK92和CAR-NK92细胞的pSTAT3、pSTAT5、pERK水平,进行RNA-seq通路分析,在炎症因子条件下检测pSTAT3、FAS表达、Annexin V及FASKO/PTPN22KOFASKO功能。
在临床相关原代人类NK细胞中验证PTPN22靶向的功能效应及持久性。
从健康供者PBMC分离NK细胞,使用IL-2/IL-15或K562 feeder细胞扩增,进行PTPN22-IN-1处理或CRISPR敲除,检测细胞毒性、脱颗粒、细胞因子释放,并同时进行抗CD19 CAR转导和PTPN22敲除双编辑。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| PBMC分离 | Lymphoprep分离液 | Axis-Shield | -- |
| 细胞洗涤 | 磷酸盐缓冲液 | WelGENE | -- |
| NK细胞分离 | NK细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | -- |
| NK细胞扩增 | 重组人IL-2 | PeproTech | -- |
| 重组人IL-15 | PeproTech | -- | |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| CRISPR敲除 | PTPN22 sgRNA1 | Synthego | -- |
| PTPN22 sgRNA2 | Synthego | -- | |
| sgRNA3和tracrRNA | Integrated DNA Technologies | -- | |
| 阴性对照scrambled #1 | Synthego | -- | |
| 电穿孔 | Lonza 4D核转染X单元 | Lonza | -- |
| CAR构建 | pCDH-MSCV载体 | System Bioscience | -- |
| 慢病毒包装 | Lipofectamine 2000 | Invitrogen | -- |
| 慢病毒浓缩 | 慢病毒浓缩试剂 | Lugen Sci | LGV-1021B |
| 原代NK转导 | Retronectin | Takara | -- |
| Vectorfusin-1 | Miltenyi Biotec | -- | |
| 动物活体成像 | D-荧光素 | PerkinElmer | -- |
| NightOwl成像系统 | Berthold Technologies | -- | |
| PTPN22抑制 | PTPN22-IN-1 | -- | -- |
| LTV-1 | -- | -- | |
| STAT3抑制 | Stattic | -- | -- |
| 数据分析 | GraphPad Prism V.9 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| PTPN22药理学抑制 | PTPN22-IN-1使用浓度10 µM、LTV-1使用20 µM,处理24小时,对照为DMSO 阅读提示:Methods中PTPN22抑制相关描述及图2、补充图S3 |
| CRISPR/Cas9 PTPN22敲除 | sgRNA1序列AAGGCAATCTACCAAGTACA、sgRNA2序列GGTTTTGTCTGCCTTGTACT、sgRNA3序列GGATGTACGTTGTTACCAAG,电穿孔程序CM137和CA137,1×10^6 NK细胞,72小时后Western blot验证 阅读提示:Methods中CRISPR/Cas9-mediated knockout小节及补充表S1 |
| 原代NK细胞扩增与转导 | PBMC与100 Gy照射K562 feeder细胞按2:1比例共培养,第5天慢病毒转导并含20 µg/mL Retronectin和10 µg/mL Vectorfusin-1,培养基含rhIL-2 200 IU/mL和rhIL-15 5 ng/mL 阅读提示:Methods中Transduction of primary NK cells小节及图7A |
| 体内Nalm6白血病模型 | 6–12周龄雌性NSG小鼠,1×10^5 Nalm6-Luc细胞静脉注射,3天后给予5×10^6或1×10^7 CAR-NK92细胞,联合25,000 U hIL-2,对照为1×PBS,高剂量组样本量PBS n=2、Cas9 n=7、PTPN22KO n=8 阅读提示:Methods中Mouse acute lymphoblastic leukemia model小节及图4A |
| 炎症因子条件处理 | TNF-α、IL-1β、IL-6、TGF-β等炎症因子使用10 ng/mL处理24小时,且在无IL-2条件下 阅读提示:Results中PTPN22 is an intracellular checkpoint小节及图5F–K、补充图S10 |