SMAD4缺失对FSS信号影响的体外验证
验证SMAD4是否限制流动诱导的连接信号和KLF4/Akt激活。
HUVECs转染CTRL或SMAD4 siRNA,施加不同大小FSS和时间,检测SFK、VE-Cadherin、VEGFR2、Akt磷酸化和ERK5凝胶迁移。
Loss of Smad4 drives vascular malformations via c-KIT-dependent high-fluid shear stress mimicry
包含HUVECs体外FSS模型、小鼠视网膜AVM模型及人HHT2活检,并有siRNA、IP、WB和抑制剂功能验证。
HUVECs体外层流剪切应力模型 Smad4iΔEC小鼠视网膜AVM模型 Smad4fl/fl对照小鼠 人HHT2鼻黏膜活检样本
HUVECs中转染CTRL、SMAD4、KIT或SMAD4+KIT siRNA,施加1、5、12 dynes/cm2 FSS 2 h或0–240 min,检测SFK(Y416)、VE-Cadherin(Y658)、VEGFR2(Y1054)、Akt(S473)和ERK5凝胶迁移 抑制剂处理:PP2(5 μM,FSS前30 min)、BIX02189(10 μM,FSS前2 h)、avapritinib(1 μM,FSS前10 h) 小鼠Tx诱导Smad4iΔEC:P0–P2腹腔注射100 μg Tx,P3–P5或P4–P5腹腔注射avapritinib(50 mg/kg/d)或masitinib(50 mg/kg/d),P6取视网膜分析 RNA-seq:HUVECs CTRL与SMAD4 siRNA在静态或1-5-12 dynes/cm2 FSS 2 h,2% FBS条件,BGISEQ-500测序 免疫沉淀:c-KIT(CST 3074S,1:50)和VE-Cadherin(CST 2500S,1:50)IP,Protein A/G Dynabeads,检测连接复合物组分
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证SMAD4是否限制流动诱导的连接信号和KLF4/Akt激活。
HUVECs转染CTRL或SMAD4 siRNA,施加不同大小FSS和时间,检测SFK、VE-Cadherin、VEGFR2、Akt磷酸化和ERK5凝胶迁移。
验证SMAD4缺失后增强的ERK5/KLF4/Akt是否依赖连接复合物和MEKK3。
在CTRL和SMAD4 siRNA HUVECs中抑制SFK(PP2)或敲低PECAM-1、VE-Cadherin、VEGFR2/3、MEKK3,或使用MEK5抑制剂BIX02189,检测ERK5/KLF4/Akt。
验证c-KIT在体外SMAD4缺失和体内AVM中是否上调。
RNA-seq、RT-PCR和WB检测HUVECs中KIT表达;免疫染色检测Smad4iΔEC小鼠视网膜和人HHT2鼻黏膜活检中c-KIT。
验证c-KIT是否介导SMAD4缺失后增强的连接信号。
在CTRL、SMAD4、KIT或SMAD4+KIT siRNA HUVECs中,施加FSS,检测SFK、VE-Cadherin、ERK5、KLF4、Akt;免疫沉淀检测c-KIT与VE-Cadherin/VEGFR2相互作用。
验证c-KIT是否影响SMAD4缺失细胞的FSS设定点和EC行为。
HUVECs转染CTRL、KIT、SMAD4、SMAD4+KIT siRNA,施加1或12 dynes/cm2 FSS 48 h,检测细胞伸长、对齐、极性;EdU标记检测增殖。
验证c-KIT在SMAD4缺失细胞中的激活是否需要可溶性配体SCF。
使用SCF中和抗体或外源SCF刺激,检测SFK、ERK5、KLF4、Akt;使用avapritinib抑制c-KIT激酶活性。
验证抑制c-KIT激酶活性是否能逆转AVM形成。
Smad4iΔEC和Smad4fl/fl小鼠P0-P2注射Tx,P3-P5或P4-P5腹腔注射avapritinib或masitinib,P6取视网膜,检测AVM数量、血管密度、EC增殖和极性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | Quick-RNA小量提取试剂盒 | Zymo Research | -- |
| RNA完整性评估 | RNA 6000 Nano试剂盒 | Agilent | -- |
| Bioanalyzer 2100 | Agilent | -- | |
| RNA-seq | BGISEQ-500平台 | -- | -- |
| qPCR | RNeasy小量提取试剂盒 | QIAGEN | -- |
| High-Capacity cDNA逆转录试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| PowerUP SYBR Green预混液 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| QuantStudio 3 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞培养 | 内皮细胞生长培养基MV2 | PromoCell | C-22022 |
| 人脐静脉内皮细胞 | PromoCell | 12203 | |
| siRNA转染 | Lipofectamine RNAiMax | Invitrogen | -- |
| OptiMEM | Gibco | -- | |
| WB | Laemmli缓冲液 | Bio-Rad | -- |
| 硝酸纤维素膜 | GE Healthcare, now Cytiva | -- | |
| Clarity Western ECL底物 | Bio-Rad | -- | |
| Fusion FX | Vilber | -- | |
| IP | RIPA缓冲液 | Carl Roth | 23T1.3 |
| c-KIT抗体 | Cell Signaling Technology | 3074S | |
| VE-Cadherin抗体 | Cell Signaling Technology | 2500S | |
| 兔IgG | Cell Signaling Technology | 2729S | |
| Dynabeads | Thermo Fisher Scientific | 88803 | |
| Laemmli缓冲液 | Bio-Rad | 1610747 | |
| 动物实验 | 他莫昔芬 | Sigma-Aldrich | -- |
| avapritinib | MedChemExpress | -- | |
| masitinib | MedChemExpress | -- | |
| 细胞处理 | BIX02189 | -- | -- |
| PP2 | -- | -- | |
| 干细胞因子 | -- | -- | |
| SCF中和抗体 | -- | -- | |
| 剪切应力实验 | Rotamax120 | Heidolph Instruments | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 剪切应力体外实验 | FSS大小(1、5、12 dynes/cm2)、处理时间(2 h或0–240分钟)、轨道摇床rpm计算、培养基血清浓度(2% FBS)、siRNA转染后48–72 h进行实验 阅读提示:Methods 'Exposure of ECs to shear stress'、'Cells and cell culture reagents'及Figure 1、2、5、6、7图注 |
| 抑制剂处理 | PP2 5 μM于FSS前30分钟、BIX02189 10 μM于FSS前2小时、avapritinib 1 μM于FSS前10小时、DMSO对照 阅读提示:Methods 'Cells and cell culture reagents'及Figure 2、7图注 |
| 小鼠AVM模型与给药 | Smad4fl/fl与Cdh5-CreERT2杂交、Tx 100 μg于P0–P2腹腔注射、avapritinib 50 mg/kg/d于P3–P5或P4–P5、masitinib 50 mg/kg/d于P3–P5、P6取视网膜 阅读提示:Methods 'Animal experiments'及Figure 8A和Supplemental Figure 5图注 |
| RNA-seq | HUVECs CTRL和SMAD4 siRNA、静态或1-5-12 dynes/cm2 FSS 2 h、2% FBS、BGISEQ-500平台、DESeq2分析 阅读提示:Methods 'RNA-seq and analysis'及Figure 3C图注 |
| 免疫沉淀 | c-KIT抗体(CST 3074S,1:50)、VE-Cadherin抗体(CST 2500S,1:50)、兔IgG(CST 2729S,1:200)、Protein A/G Dynabeads、静态和12 dynes/cm2 FSS 2 h条件 阅读提示:Methods 'IP'及Figure 5D、E图注 |