姐妹对队列PRS验证
评估乳腺癌PRS在家族内的区分性能,作为PES可行性的实证近似。
使用184对局部汉族姐妹(74例乳腺癌患者和110例未患病姐妹),对三种PRS模型(PRS313、PRS263 Asian、PRS111)进行逻辑回归和AUROC分析。
A context-specific evaluation of polygenic embryo screening in best-prognosis preimplantation genetic testing cycles
回顾性姐妹对验证PRS性能,PGT-M胚胎水平建模PES,模拟比较排序策略,无功能或体内验证。
184对局部汉族姐妹(74例乳腺癌患者和110例未患病姐妹) 310个PGT-M周期的1722个胚胎 模拟建模的PGT-M周期胚胎选择策略
PRS模型验证中姐妹对的AUROC值:PRS263为0.60(95% CI: 0.52–0.68),PRS313为0.58(95% CI: 0.51–0.66),PRS111为0.58(95% CI: 0.50–0.67) PGT-M队列中可移植胚胎数量:平均3.1 ± 2.3,54.6%周期≥3个可移植胚胎 父母PRS分层:当至少一位父母≤20百分位时,胚胎高PRS概率为7.37%;当两位父母≥80百分位时,胚胎高PRS概率为71.4% 模拟中PRS优先排序与形态学优先排序的PRS百分位差异:第一过滤阶段约12点,最终阶段约10点 胚胎形态学评分与PRS相关性:Spearman相关系数=0.18,P=0.42
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估乳腺癌PRS在家族内的区分性能,作为PES可行性的实证近似。
使用184对局部汉族姐妹(74例乳腺癌患者和110例未患病姐妹),对三种PRS模型(PRS313、PRS263 Asian、PRS111)进行逻辑回归和AUROC分析。
在PGT-M周期中重建胚胎PRS,评估胚胎水平PRS变异和父母PRS分层。
使用310个PGT-M周期的1722个胚胎,从父母高密度基因型和连锁分析推断胚胎等位基因传递,计算PRS,并分析周期内PRS百分位范围和父母PRS strata。
比较基于形态学和基于PRS的胚胎优先排序策略,量化PRS百分位差异。
在PGT-M周期中模拟两种策略:选择形态学最高分胚胎 vs 选择最低PRS百分位胚胎,在顺序PGT过滤阶段(活检后、PGT-M后、PGT-M+PGT-A后)评估PRS百分位差异。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 基因分型 | DNBSEQ-T7平台 | MGI Tech Co., Ltd., Shenzhen, China | -- |
| Illumina亚洲筛查芯片 | Illumina, Inc., San Diego, CA, USA | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 姐妹对队列PRS验证 | 样本来源和纳入标准:184对局部汉族姐妹,病例 histologically confirmed breast cancer,未患病姐妹年龄大于病例诊断年龄,所有参与者已知乳腺癌易感基因突变阴性。 阅读提示:Methods: Study participants 和 Results: Validation of breast cancer PRS models |
| PGT-M胚胎PRS推断 | PGT-M队列纳入排除标准:416周期排除不完全父母信息后310周期,1722胚胎;基因分型和质量控制条件:Illumina Asian Screening Array,SNP调用率<95%排除,INFO>0.8。 阅读提示:Methods: Study participants 和 Genotyping and quality control |
| 模拟胚胎选择策略 | 模拟假设和过滤阶段:每个周期选择一个胚胎,顺序PGT-M和PGT-A过滤;主要结局PRS百分位差异;详细假设见Supplementary Table S2。 阅读提示:Methods: Simulation framework and assumptions 和 Supplementary Table S2 |
| 父母PRS分层分析 | 父母PRS strata定义:低≤20百分位,中21-79百分位,高≥80百分位;胚胎PRS分布分析条件。 阅读提示:Methods: Embryonic PRS inference and family-based analysis 和 Results: Parental PRS stratification |