已知肠道微生物组来源代谢物在结直肠癌抗肿瘤免疫中的筛选

Screening of known gut microbiome-derived metabolites in anti-tumor immunity of colorectal cancer

作者信息Xinan Zhang, Zixuan Li, Hui Hua, Hao Song, Sangni Qian, Xin Huang, Guiqin Ye, Yingyu Huang, Qin Wang, Boan Zheng, Xiaodong Xu, Yiran Li, Yanli Zhu, Liping Yu, Yeting Hong, Hang Yuan, Jianbin Zhang
PMID42810811
发布时间2026-09-29
DOI10.1136/jitc-2026-015554

实验完整度

高

包含体外筛选、细胞功能验证、小鼠MC38移植瘤模型、临床CRC样本相关性分析,并验证了变构机制和PD-1/SHP-2依赖机制。

主要模型

HEK293T细胞共表达Cluc-PD-1/NLuc-SHP-2筛选体系 人Jurkat T细胞及人外周血来源T细胞/CD8+ T细胞 C57BL/6J小鼠皮下接种MC38结肠癌模型 CRC患者肿瘤组织样本(n=53)

重点核对

代谢物筛选浓度20 µM处理24 h,荧光素酶活性检测 TCA/GDCA浓度25、50、100 µM处理24–48 h,流式细胞术检测CD25/CD69、CFSE稀释和GZMB MC38皮下接种量5×10⁶或1×10⁶细胞,TCA/GDCA 2 mg/mL饮水,CHO 2.5% w/w饮食 抗PD-1抗体3 mg/kg腹腔注射,每两天一次或每周两次 临床队列CRC患者肿瘤组织n=53,用于FISH和qPCR分析

摘要

背景:大多数微卫星稳定(MSS)型结直肠癌(CRC)患者从免疫检查点抑制剂单药治疗中获益甚微,即使在PD-1/PD-L1阻断后,T细胞功能仍未能充分恢复,凸显了PD-1下游信号事件的重要性。SHP-2是PD-1下游信号的关键效应分子,在CRC免疫抑制性肿瘤微环境的建立中发挥关键作用。肠道微生物代谢物正成为抗肿瘤免疫的调节因子,但其在调节PD-1/SHP-2相互作用中的作用尚不清楚。方法:我们建立了基于PD-1/SHP-2相互作用的拆分荧光素酶互补筛选系统,并系统筛选了人类肠道微生物代谢物文库(n=480)。使用流式细胞术、共聚焦显微镜和细胞活力测定在体外评估候选代谢物对T细胞功能的影响。使用小鼠结肠癌模型,我们进一步研究了牛磺胆酸(TCA)和甘氨脱氧胆酸(GDCA)在CRC肿瘤发生和免疫治疗中的作用。最后,使用荧光原位杂交和实时PCR检测CRC患者肿瘤标本(n=53)中产该代谢物细菌的临床相关性。结果:我们鉴定出结合型胆汁酸TCA和GDCA是PD-1/SHP-2相互作用的增强剂。机制上,TCA和GDCA通过促进PD-1磷酸化,以变构机制稳定PD-1/SHP-2复合物。功能上,这两种代谢物以PD-1/SHP-2依赖的方式抑制CD8+ T细胞活化、增殖和细胞毒性,从而在体内加速肿瘤进展。相反,使用胆汁酸螯合剂考来烯胺(CHO)药理学耗竭TCA和GDCA,可有效逆转其免疫抑制作用,并与抗PD-1抗体治疗协同抑制CRC肿瘤发生。临床样本分析显示,TCA和GDCA的主要细菌来源Clostridium scindens的丰度与CRC患者肿瘤组织中CD8+ T细胞浸润呈负相关。结论:本研究揭示了一条驱动CRC免疫抑制的“胆汁酸相关代谢物-免疫检查点”调控轴。TCA和GDCA作为PD-1信号的内源性增强剂的鉴定,为靶向这些代谢物以克服免疫治疗耐药提供了机制依据。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
肠道微生物代谢物是否通过调节PD-1/SHP-2相互作用影响结直肠癌抗肿瘤免疫和免疫治疗疗效。
核心机制
TCA和GDCA作为变构调节剂,通过促进PD-1磷酸化稳定PD-1/SHP-2复合物,增强PD-1信号并抑制TCR下游ZAP-70磷酸化,从而抑制CD8+ T细胞功能。
主要证据
拆分荧光素酶互补筛选、MST、SPR、共IP、免疫荧光、流式细胞术、MC38小鼠肿瘤模型及CRC患者样本FISH/qPCR分析共同支持TCA/GDCA以PD-1/SHP-2依赖方式抑制CD8+ T细胞并促进肿瘤生长。
研究意义
揭示“胆汁酸相关代谢物-免疫检查点”调控轴,为靶向TCA/GDCA克服MSS型CRC免疫治疗耐药提供潜在干预策略。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

构建PD-1/SHP-2拆分荧光素酶互补筛选体系

建立可监测PD-1/SHP-2相互作用的筛选平台。

将Cluc-PD-1和NLuc-SHP-2共表达于HEK293T细胞,通过荧光素酶活性反映PD-1/SHP-2结合;使用PD-L1和MB验证体系。

2

筛选肠道微生物代谢物库并富集胆汁酸通路

鉴定调节PD-1/SHP-2相互作用的候选代谢物。

对480种人肠道微生物代谢物以20 µM处理24 h后检测荧光素酶活性,按FC>1.5为增强剂、FC<0.7为抑制剂进行筛选,并进行通路富集分析。

3

验证TCA/GDCA增强PD-1/SHP-2相互作用及变构机制

明确TCA/GDCA是否直接增强PD-1/SHP-2复合物稳定性及其作用方式。

使用MST、SPR、共IP和免疫荧光检测TCA/GDCA对PD-1/SHP-2结合的影响,并检测PD-1磷酸化水平。

4

评估TCA/GDCA对T细胞活化、增殖和细胞毒性的影响

验证TCA/GDCA是否以PD-1/SHP-2依赖方式抑制T细胞功能。

人T细胞和OT-1小鼠CD8+ T细胞经anti-CD3/CD28活化后,在PD-L1存在下用TCA/GDCA处理,检测CD25/CD69、CFSE稀释、GZMB表达、ZAP-70磷酸化及对SW480或MC38-OVA细胞的杀伤。

5

在MC38小鼠模型中验证TCA/GDCA促肿瘤作用

评估TCA/GDCA在体内对肿瘤生长和免疫微环境的影响。

C57BL/6J小鼠饮水给予TCA或GDCA预处1周,皮下接种MC38细胞,持续给药并记录肿瘤生长,终点检测肿瘤重量、IHC和流式。

6

评估CHO清除TCA/GDCA对抗PD-1治疗的影响

验证清除TCA/GDCA是否能逆转免疫抑制并增敏抗PD-1治疗。

小鼠预给CHO或TCA/GDCA,皮下接种MC38,肿瘤可见后腹腔注射抗PD-1抗体,检测肿瘤生长、生存、IHC和血清/肿瘤TCA/GDCA水平。

7

分析CRC患者中C. scindens丰度与CD8+ T细胞浸润的相关性

探索产TCA/GDCA细菌与肿瘤免疫微环境的临床相关性。

对CRC患者肿瘤组织进行FISH检测C. scindens和CD8+ T细胞,qPCR定量C. scindens相对丰度,并与CD8+ T细胞浸润进行相关性分析。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
革兰阳性细菌DNA提取试剂盒SolarbioD1650
CCK-8试剂Yeasen40203ES60
Biacore-8KACRO Biosystems--
QTRAP 6500+系统Sciex--
Monolith仪器NanoTemper--
Leica TCS SP5共聚焦显微镜Leica--
生物素化PD-1 ITSM磷酸肽Tgpeptide--
Waters ACQUITY UPLC HSS T3 C18柱Waters--
GraphPad Prism V.10.1.2GraphPad--
ImageJ----
MO.Control软件----
Analyst V.1.6.3软件Sciex--
MultiQuant 3.0.3----
Slide Viewer----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
代谢物筛选
代谢物浓度20 µM、处理24 h、增强剂FC>1.5和抑制剂FC<0.7阈值、三次独立重复
阅读提示:Methods中Luciferase activity小节及Figure 1 legend
T细胞功能实验
TCA/GDCA浓度25、50、100 µM、处理24–48 h、PD-L1 5 µg/mL、anti-CD3/CD28 1 µg/mL、E:T比10:1
阅读提示:Methods中T-cell activation/proliferation/cytotoxicity assay小节及Figure 3 legend
MC38小鼠肿瘤模型
小鼠品系和年龄、MC38接种量5×10⁶或1×10⁶、TCA/GDCA 2 mg/mL饮水、CHO 2.5% w/w饮食、抗PD-1抗体3 mg/kg每两天一次、处理时间
阅读提示:Methods中Mouse colon cancer model小节及Figure 4–5 legends
临床样本分析
CRC患者肿瘤组织n=53、相关性分析n=25、FISH探针、qPCR引物和循环条件、三重复
阅读提示:Methods中Clinical specimens、Quantification analysis of C. scindens by qPCR、FISH小节及Figure 6 legend
变构机制验证
MST中TCA/GDCA梯度浓度0–10 mM、SPR中TCA 100 µM和SHP-2 80 nM、共IP中GDCA/TCA 100 µM处理24 h、PD-L1 5 µg/mL
阅读提示:Methods中MST、SPR、IP小节及Figure 2 legend