构建PD-1/SHP-2拆分荧光素酶互补筛选体系
建立可监测PD-1/SHP-2相互作用的筛选平台。
将Cluc-PD-1和NLuc-SHP-2共表达于HEK293T细胞,通过荧光素酶活性反映PD-1/SHP-2结合;使用PD-L1和MB验证体系。
Screening of known gut microbiome-derived metabolites in anti-tumor immunity of colorectal cancer
包含体外筛选、细胞功能验证、小鼠MC38移植瘤模型、临床CRC样本相关性分析,并验证了变构机制和PD-1/SHP-2依赖机制。
HEK293T细胞共表达Cluc-PD-1/NLuc-SHP-2筛选体系 人Jurkat T细胞及人外周血来源T细胞/CD8+ T细胞 C57BL/6J小鼠皮下接种MC38结肠癌模型 CRC患者肿瘤组织样本(n=53)
代谢物筛选浓度20 µM处理24 h,荧光素酶活性检测 TCA/GDCA浓度25、50、100 µM处理24–48 h,流式细胞术检测CD25/CD69、CFSE稀释和GZMB MC38皮下接种量5×10⁶或1×10⁶细胞,TCA/GDCA 2 mg/mL饮水,CHO 2.5% w/w饮食 抗PD-1抗体3 mg/kg腹腔注射,每两天一次或每周两次 临床队列CRC患者肿瘤组织n=53,用于FISH和qPCR分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立可监测PD-1/SHP-2相互作用的筛选平台。
将Cluc-PD-1和NLuc-SHP-2共表达于HEK293T细胞,通过荧光素酶活性反映PD-1/SHP-2结合;使用PD-L1和MB验证体系。
鉴定调节PD-1/SHP-2相互作用的候选代谢物。
对480种人肠道微生物代谢物以20 µM处理24 h后检测荧光素酶活性,按FC>1.5为增强剂、FC<0.7为抑制剂进行筛选,并进行通路富集分析。
明确TCA/GDCA是否直接增强PD-1/SHP-2复合物稳定性及其作用方式。
使用MST、SPR、共IP和免疫荧光检测TCA/GDCA对PD-1/SHP-2结合的影响,并检测PD-1磷酸化水平。
验证TCA/GDCA是否以PD-1/SHP-2依赖方式抑制T细胞功能。
人T细胞和OT-1小鼠CD8+ T细胞经anti-CD3/CD28活化后,在PD-L1存在下用TCA/GDCA处理,检测CD25/CD69、CFSE稀释、GZMB表达、ZAP-70磷酸化及对SW480或MC38-OVA细胞的杀伤。
评估TCA/GDCA在体内对肿瘤生长和免疫微环境的影响。
C57BL/6J小鼠饮水给予TCA或GDCA预处1周,皮下接种MC38细胞,持续给药并记录肿瘤生长,终点检测肿瘤重量、IHC和流式。
验证清除TCA/GDCA是否能逆转免疫抑制并增敏抗PD-1治疗。
小鼠预给CHO或TCA/GDCA,皮下接种MC38,肿瘤可见后腹腔注射抗PD-1抗体,检测肿瘤生长、生存、IHC和血清/肿瘤TCA/GDCA水平。
探索产TCA/GDCA细菌与肿瘤免疫微环境的临床相关性。
对CRC患者肿瘤组织进行FISH检测C. scindens和CD8+ T细胞,qPCR定量C. scindens相对丰度,并与CD8+ T细胞浸润进行相关性分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细菌DNA提取 | 革兰阳性细菌DNA提取试剂盒 | Solarbio | D1650 |
| 细胞活力测定 | CCK-8试剂 | Yeasen | 40203ES60 |
| SPR分析 | Biacore-8K | ACRO Biosystems | -- |
| LC-MS/MS | QTRAP 6500+系统 | Sciex | -- |
| MST分析 | Monolith仪器 | NanoTemper | -- |
| 共聚焦成像 | Leica TCS SP5共聚焦显微镜 | Leica | -- |
| 代谢物合成 | 生物素化PD-1 ITSM磷酸肽 | Tgpeptide | -- |
| 色谱分离 | Waters ACQUITY UPLC HSS T3 C18柱 | Waters | -- |
| 数据分析 | GraphPad Prism V.10.1.2 | GraphPad | -- |
| ImageJ | -- | -- | |
| MO.Control软件 | -- | -- | |
| Analyst V.1.6.3软件 | Sciex | -- | |
| MultiQuant 3.0.3 | -- | -- | |
| Slide Viewer | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 代谢物筛选 | 代谢物浓度20 µM、处理24 h、增强剂FC>1.5和抑制剂FC<0.7阈值、三次独立重复 阅读提示:Methods中Luciferase activity小节及Figure 1 legend |
| T细胞功能实验 | TCA/GDCA浓度25、50、100 µM、处理24–48 h、PD-L1 5 µg/mL、anti-CD3/CD28 1 µg/mL、E:T比10:1 阅读提示:Methods中T-cell activation/proliferation/cytotoxicity assay小节及Figure 3 legend |
| MC38小鼠肿瘤模型 | 小鼠品系和年龄、MC38接种量5×10⁶或1×10⁶、TCA/GDCA 2 mg/mL饮水、CHO 2.5% w/w饮食、抗PD-1抗体3 mg/kg每两天一次、处理时间 阅读提示:Methods中Mouse colon cancer model小节及Figure 4–5 legends |
| 临床样本分析 | CRC患者肿瘤组织n=53、相关性分析n=25、FISH探针、qPCR引物和循环条件、三重复 阅读提示:Methods中Clinical specimens、Quantification analysis of C. scindens by qPCR、FISH小节及Figure 6 legend |
| 变构机制验证 | MST中TCA/GDCA梯度浓度0–10 mM、SPR中TCA 100 µM和SHP-2 80 nM、共IP中GDCA/TCA 100 µM处理24 h、PD-L1 5 µg/mL 阅读提示:Methods中MST、SPR、IP小节及Figure 2 legend |