建立回顾性nADT患者队列及配对对照
构建可按治疗持续时间分层并与未治疗对照配对的临床样本队列,以分析nADT对前列腺癌TiME的时间效应。
筛选在Roswell Park Comprehensive Cancer Center接受前列腺根治术且术前接受nADT的43例患者,按nADT持续时间分为≤2个月、3–5个月和≥6个月三组;另选43例按年龄、Gleason分级/分期和手术年份1:1匹配的未治疗对照。
Temporal dynamics of the immune response to neoadjuvant androgen deprivation therapy suggest a window of opportunity for checkpoint inhibitor therapy in prostate cancer
对43例nADT患者及配对对照的RNA测序和qmIF分析,属单一患者样本队列的观察性分析,缺乏体内功能验证。
43例nADT治疗前列腺根治术标本及43例配对对照 前列腺癌组织FFPE切片 基于转录组数据的免疫细胞浸润预测模型
nADT持续时间分组:≤2个月(n=18)、3–5个月(n=14)、≥6个月(n=11) 对照匹配条件:按年龄、Gleason分级/分期和前列腺切除年份1:1配对 nADT疗效验证:TMPRSS2蛋白IHC H-score和mRNA表达降低 qmIF检测指标:CD3、CD8、CD68、HLA-DR、FoxP3、NKX3.1标记的细胞密度和空间距离 RNA测序差异表达阈值:FDR<0.05且|log2 fold change|>1
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
构建可按治疗持续时间分层并与未治疗对照配对的临床样本队列,以分析nADT对前列腺癌TiME的时间效应。
筛选在Roswell Park Comprehensive Cancer Center接受前列腺根治术且术前接受nADT的43例患者,按nADT持续时间分为≤2个月、3–5个月和≥6个月三组;另选43例按年龄、Gleason分级/分期和手术年份1:1匹配的未治疗对照。
确认nADT在各持续时间组中均有效抑制AR信号,并排除nADT与对照队列间存在混杂的基因组差异。
通过TMPRSS2 IHC检测蛋白表达H-score,通过RNA测序检测TMPRSS2及其他AR调控基因的mRNA水平;使用Agilent CGP panel对82例样本进行679基因的靶向突变、CNV、基因融合、TMB和MSI分析。
从全转录组层面鉴定nADT调控的基因和通路,并评估其是否随治疗持续时间变化。
对43对nADT和对照样本进行RNA测序,差异表达分析后通过GSEA分析Hallmark、GO、KEGG、WikiPathways和Reactome基因集;使用ImmuCellAI和CIBERSORT算法推断免疫细胞组成。
在蛋白水平上定量不同nADT持续时间组中免疫细胞亚群的丰度变化。
使用Opal 6-Plex试剂盒对FFPE切片进行多重免疫荧光染色,Vectra 3 Polaris系统成像,inForm软件进行细胞分型和密度定量,比较各nADT持续时间组与配对对照的免疫细胞比例。
评估nADT持续时间如何改变CTL、T辅助细胞和M2样TAM与肿瘤细胞的空间关系。
使用phenoptrReport和Phenoptr GUI计算细胞间最近邻距离,分析M2-TAM到肿瘤、CTL到M2-TAM、T辅助/CTL双联体到肿瘤以及CTL到肿瘤的距离分布。
评估nADT队列中CTL密度与生化复发及生存的关联,并检验其是否受nADT持续时间影响。
将CTL密度按上四分位数与下75%二分,通过Kaplan-Meier检验分析其与生化复发(PSA>0.2 ng/mL)和总生存的关联,并使用多变量logistic回归模型分析CTL密度对生存的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | TMPRSS2抗体(克隆AL20) | -- | PT-mAb-AL20 |
| 定量多重免疫荧光 | Opal 6重手工检测试剂盒 | Akoya Biosciences | -- |
| Vectra 3 Polaris自动化定量病理成像系统 | PerkinElmer/Akoya Biosciences | -- | |
| RNA测序 | Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- |
| 基因组分析 | Agilent SureSelect肿瘤全面基因组分析试剂盒 | Agilent | -- |
| Illumina NovaSeq S1流动池 | Illumina | -- | |
| 图像分析 | Aperio ScanScope扫描仪 | Aperio Technologies | -- |
| inForm软件V.2.8 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列与分组 | nADT持续时间分组边界(≤2个月、3–5个月、≥6个月)及每组例数(18、14、11);对照匹配变量(年龄、Gleason分级/分期、手术年份);排除标准(既往放疗或化疗) 阅读提示:Materials and methods中Retrospective cohort小节及table 1 |
| nADT疗效验证 | TMPRSS2 IHC抗体克隆号、稀释比例及H-score计算方法;RNA水平TMPRSS2及AR调控基因表达变化 阅读提示:Materials and methods中Retrospective cohort小节TMPRSS2 IHC部分及online supplemental figure S2 |
| qmIF染色与成像 | 多重抗体面板组成(DAPI、CD3、CD8、CD68、HLA-DR、FoxP3、NKX3.1);细胞分型标记组合;ROI大小(1 mm²)及每组ROI数量 阅读提示:Materials and methods中Quantitative multiplex immunofluorescence analysis小节及online supplemental tables S1–S3 |
| 空间分析 | T辅助/CTL双联体距离阈值(<15 µm);距离计算方法和混合半径最近邻方法;CTL到M2-TAM、M2-TAM到肿瘤的距离分布 阅读提示:Materials and methods中qmIF spatial analysis小节及figure 5B |
| RNA测序与生物信息分析 | 差异表达阈值(FDR<0.05且|log2 fold change|>1);免疫细胞解卷积工具(CIBERSORT、ImmuCellAI);GSEA使用的基因集数据库和R包 阅读提示:Materials and methods中RNA sequencing and analysis小节 |
| 生存与统计关联分析 | 生化复发定义(PSA>0.2 ng/mL);CTL密度二分方式(上四分位数 vs 下75%);随访时间;统计检验方法 阅读提示:Materials and methods中Statistics and bioinformatics小节及online supplemental figure S12 |