患者队列转录组分析
评估IBD患者中草酸盐转运体表达与疾病亚型、组织类型及炎症状态的关系
对UC和CD患者及NIBD对照的结肠和回肠组织进行RNA-seq,比较SLC26A2、SLC26A3、SLC26A6表达
Dietary Oxalate and Intestinal Inflammation: Evidence From Experimental Colitis and Inflammatory Bowel Disease Patient Cohorts
包含IBD患者队列RNA-seq、饮食与粪便代谢组学,及DSS诱导和自发性结肠炎小鼠模型和离体细胞功能验证
UC和CD患者结肠及回肠活检组织 DSS诱导的C57BL/6J小鼠结肠炎模型 CC011/Unc/J和Il10−/−自发性结肠炎小鼠模型 B6小鼠骨髓来源巨噬细胞和树突状细胞及肠道上皮细胞
草酸盐转运体SLC26A2、SLC26A3、SLC26A6在IBD患者组织和实验性结肠炎小鼠模型中的表达变化 克罗恩病患者粪便草酸盐含量与习惯性膳食草酸盐摄入量(DHQ3)及植物摄入多样性(metabarcoding)的关系 DSS诱导结肠炎小鼠中草酸盐补充饮食(1%草酸钠,D21092702)对生存率、体重、结肠长度及炎症因子表达的影响 CC011和Il10−/−自发性结肠炎小鼠中草酸盐补充饮食对结肠炎发病、组织病理评分及粪便草酸盐含量的影响 离体BMMs和BMDCs中草酸盐(CaOx)联合LPS对IL1β分泌的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估IBD患者中草酸盐转运体表达与疾病亚型、组织类型及炎症状态的关系
对UC和CD患者及NIBD对照的结肠和回肠组织进行RNA-seq,比较SLC26A2、SLC26A3、SLC26A6表达
检测IBD患者粪便草酸盐含量是否与习惯性膳食草酸盐摄入及植物摄入多样性相关
通过DHQ3问卷测量习惯性膳食草酸盐摄入,代谢组学测量粪便草酸盐,metabarcoding评估膳食植物多样性
验证膳食草酸盐是否直接影响肠道炎症严重程度
B6小鼠喂食标准或草酸盐补充饮食,给予±2.5% DSS水7天,随后正常水5天,监测生存、体重、结肠长度、炎症因子和组织病理
在遗传易感模型中验证草酸盐饮食对结肠炎发病和草酸盐转运体表达的影响
CC011、Il10−/−和B6小鼠喂食标准或草酸盐补充饮食10-16周,评估组织病理、转运体表达和粪便草酸盐
验证草酸盐是否直接增强先天免疫细胞炎症反应
从B6小鼠分离BMMs、BMDCs和IECs,暴露于草酸钙±LPS,检测IL1β分泌、Western blot和LDH释放
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | Norgen总RNA纯化试剂盒 | Norgen | 48300 |
| cDNA合成 | 高容量cDNA逆转录试剂盒 | Thermo Fisher | 4368814 |
| RT-qPCR | Powerup SYBR Green预混液 | Applied Biosystems | A25742 |
| DSS诱导结肠炎 | 葡聚糖硫酸钠 | Sigma-Aldrich | A6419 |
| 血清LPS结合蛋白检测 | LPS结合蛋白ELISA试剂盒 | Abcam | ab269542 |
| 粪便草酸盐检测 | 草酸盐比色测定 | Trinity Biotech | 591-D |
| 细胞因子检测 | 重组小鼠GM-CSF | Thermo Fisher Scientific | RMGMCSF20 |
| 细胞刺激 | 大肠杆菌O111:B4来源LPS | Sigma | L4391 |
| Western blot | 细胞裂解缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | 78510 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | P8340 | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | P5726 | |
| BCA测定 | Thermo Fisher Scientific | 23227 | |
| 4×Laemmli缓冲液 | Bio-Rad | 1610747 | |
| 聚偏二氟乙烯膜 | Bio-Rad | 1704156 | |
| 牛血清白蛋白 | Boston BioProducts | P-753 | |
| Tween-20 | Sigma-Aldrich | P9416 | |
| 鲁米诺 | Thermo Fisher Scientific | 34577 | |
| 印迹成像仪 | Invitrogen | A44115 | |
| IL1β一抗 | Proteintech | 26048-1-AP | |
| β-actin一抗 | Proteintech | 60008-1-Ig | |
| 山羊抗兔IgG(H+L)辣根过氧化物酶偶联物 | Genesee Scientific | 20-303 | |
| 山羊抗小鼠IgG(H+L)辣根过氧化物酶偶联物 | Genesee Scientific | 20-304 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 人队列RNA-seq | 样本分组:NIBD、UC未发炎、UC发炎、CD未发炎、CD发炎;测序平台;协变量校正(性别、收集年份、批次、转录本完整性编号) 阅读提示:Methods中Patient Samples和RNA Isolation, Sequencing, and Processing小节,Table 1 |
| 膳食草酸盐摄入与粪便草酸盐 | DHQ3问卷;代谢组学平台;metabarcoding方法;样本量(DHQ3:NIBD n=4,CD n=11;metabarcoding:NIBD n=14,CD n=17) 阅读提示:Methods中Dietary Intake and Stool Oxalate Content小节,Figure 3A和3B图注 |
| DSS诱导结肠炎小鼠实验 | 小鼠品系和年龄(5周龄雄性B6);DSS浓度(2.5%)和处理时间(7天);草酸盐饮食(1%草酸钠,D21092702);饮食适应期(2周);分组和样本量;恢复期(5天) 阅读提示:Methods中Animals - Dextran sodium sulfate–induced colitis model小节,Figure 4图注,Table 3 |
| 自发性结肠炎小鼠实验 | 小鼠品系(CC011、Il10−/−、B6);年龄(3-5周龄);饮食维持时间(10-16周);每组样本量(n=10,雌雄各半);粪便草酸盐按笼测量(n=2笼/品系/饮食) 阅读提示:Methods中Animals - Spontaneous colitis models小节,Figure 5图注 |
| 离体细胞刺激实验 | 细胞类型(BMMs、BMDCs、IECs);分化因子(M-CSF、GM-CSF)和浓度(GM-CSF 0.5 ng/mL);LPS浓度(1 μg/mL)和时间(3小时);CaOx浓度(100 μg/mL)和ATP浓度(1 mM)及时间(21小时);细胞接种密度 阅读提示:Methods中Cell Culture Studies小节,Figure 6图注 |