病例选择和组织收集
识别符合条件的uLMS患者,收集原发肿瘤、复发和正常组织样本
回顾性识别2000-2020年间的uLMS患者,选择有原发肿瘤、≥2次复发和正常FFPE组织的病例;收集临床病理数据
Uterine leiomyosarcoma progression: A study of serial recurrences
靶向DNA测序和临床病理分析,但缺乏功能验证实验
10例患者子宫平滑肌肉瘤原发肿瘤和32个匹配复发样本
样本显微切割以提高肿瘤纯度 肿瘤-正常靶向DNA下一代测序 染色体不稳定性用FGA评估,比较原发和复发 体细胞突变和拷贝数改变分析 系统发育树推断肿瘤演变
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别符合条件的uLMS患者,收集原发肿瘤、复发和正常组织样本
回顾性识别2000-2020年间的uLMS患者,选择有原发肿瘤、≥2次复发和正常FFPE组织的病例;收集临床病理数据
提高肿瘤纯度并提取DNA用于测序
对原发和复发肿瘤切片进行显微切割;从肿瘤和正常组织提取DNA
分析肿瘤样本的遗传改变
使用MSK-IMPACT panel进行测序,分析体细胞突变、拷贝数改变、LOH等
比较原发和复发肿瘤的染色体不稳定性
计算FGA,定义为参与拷贝数畸变的基因组比例;比较原发和复发样本
推断肿瘤演变和克隆关系
从FACETS输出的拷贝数改变推断系统发育树
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA提取 | DNeasy血液和组织试剂盒 | Qiagen | -- |
| 免疫组织化学 | 雌激素受体(6F11) | Leica | -- |
| 孕激素受体(16) | Leica | -- | |
| 靶向测序 | MSK-IMPACT | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本显微切割 | 切片厚度8-um,使用无菌设备在立体显微镜下操作 阅读提示:Methods 2.3 |
| DNA提取 | 使用DNeasy Blood and Tissue Kit,按制造商说明 阅读提示:Methods 2.3 |
| 靶向测序 | MSK-IMPACT panel targeting up to 505 cancer-related genes 阅读提示:Methods 2.3 |
| 染色体不稳定性评估 | FGA定义基于拷贝数畸变比例,统计检验用Wilcoxon signed rank test 阅读提示:Methods 2.4 和 Results 3.2 |
| 系统发育分析 | 使用MEDICC2从FACETS输出推断系统发育树 阅读提示:Methods 2.3 |