生物信息学分析脂质相关疾病共享病理轴
探究脂质相关疾病中巨噬细胞-炎症-脂质轴的共性病理机制。
分析GSE33814、GSE100927、GSE194331三个数据集,进行差异表达分析、KEGG富集、GSVA和ssGSEA评分,并分析脂肪移植样本GSE203599。
Root-system-inspired core-shell microneedles enable spatiotemporal sequential therapy via ROS scavenging, angiogenesis, and capillary-driven lipid removal for enhanced fat graft survival
包含材料合成表征、体外细胞实验、小鼠脂肪移植模型、转录组测序及蛋白验证等多个独立证据层级,并进行了功能与机制验证。
3T3-L1前脂肪细胞及诱导分化的脂肪细胞 人脐静脉内皮细胞(HUVECs) RAW264.7巨噬细胞 C57BL/6小鼠自体脂肪移植模型
小鼠自体脂肪移植模型:8周龄雄性C57BL/6小鼠,随机分为CON、mSF-MNs、mSF/gPLGA-MNs、VEGF@mSF/gPLGA-MNs四组,每组n=20,移植标准120 mg自体脂肪。 MN贴片在术后立即应用于移植部位,1周后移除。 体外ROS清除实验:3T3-L1脂肪细胞使用480 μM H₂O₂诱导氧化应激,检测细胞存活、ROS水平、线粒体膜电位和形态。 体外血管生成实验:HUVECs使用MN提取物处理,进行划痕实验(12、24、48 h)、管形成实验(8 h)和Transwell迁移实验(24 h)。 RNA-seq和Western blot:移植脂肪组织在术后7天采集,进行转录组测序(每组3个生物学重复)和Western blot检测PPARγ、VEGF、p-p65、p65、β-actin。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究脂质相关疾病中巨噬细胞-炎症-脂质轴的共性病理机制。
分析GSE33814、GSE100927、GSE194331三个数据集,进行差异表达分析、KEGG富集、GSVA和ssGSEA评分,并分析脂肪移植样本GSE203599。
构建ROS响应性且能负载VEGF的mSF水凝胶壳。
通过EDC/NHS催化将APBA接枝到SilMA上,再与PVA混合形成动态硼酸酯键交联的水凝胶,并负载VEGF。
构建具有ROS响应壳和脂质吸附核的核壳微针,并验证其形貌、力学性能和穿刺能力。
使用PDMS模具制备gPLGA核(含多孔尖端和凹槽),并将VEGF@mSF水凝胶浇铸形成壳层,通过UV交联。表征形貌、力学强度、皮肤穿刺和体外VEGF释放。
评估微针核心的定向脂质吸附能力及其对巨噬细胞极化的影响。
使用人脂肪组织来源的脂质组分,通过Oil Red O示踪观察gPLGA-MNs、PLGA-MNs和gmSF-MNs的脂质吸附行为。将gPLGA-MNs吸附脂质后的培养皿用于培养RAW264.7,流式检测CD86/CD206。
验证mSF/gPLGA-MNs对氧化应激损伤的保护作用。
使用480 μM H₂O₂诱导3T3-L1脂肪细胞氧化应激,处理MN提取物,检测细胞存活、ROS水平、线粒体膜电位(JC-1)、线粒体形态(MitoTracker、TEM)。
评估VEGF@mSF/gPLGA-MNs对HUVECs迁移和管形成的影响。
使用MN提取物处理HUVECs,进行划痕实验、管形成实验和Transwell迁移实验。
验证VEGF@mSF/gPLGA-MNs对脂肪移植存活、血管化、炎症和重塑的体内效果。
建立小鼠自体脂肪移植模型,分组处理,在1、4、12周评估移植物质量、超声、组织学、免疫荧光、转录组和蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 胎牛血清 | Gibco | -- |
| 高糖Dulbecco改良Eagle培养基 | Gibco | -- | |
| 磷酸盐缓冲液 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素溶液(5000 U/ml) | Solarbio Science & Technology Co., Ltd | -- | |
| 胰蛋白酶 | Solarbio Science & Technology Co., Ltd | -- | |
| 脂肪诱导分化 | 3-异丁基-1-甲基黄嘌呤 | Sigma–Aldrich | -- |
| 地塞米松 | Sigma–Aldrich | -- | |
| 胰岛素 | Sigma–Aldrich | -- | |
| 水凝胶合成 | 丝素蛋白甲基丙烯酰基 | Engineering for Life | -- |
| 细胞活性检测 | 细胞计数试剂盒-8 | UElandy Biotechnology Co., Ltd | -- |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1线粒体膜电位检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology Co., Ltd | -- |
| 细胞活性检测 | 活/死细胞染色试剂盒 | Beyotime Biotechnology Co., Ltd | -- |
| 线粒体染色 | 线粒体深红荧光染色试剂盒 | Beyotime Biotechnology Co., Ltd | -- |
| ROS检测 | 活性氧检测试剂盒(含DCFH-DA) | Beyotime Biotechnology Co., Ltd | -- |
| 管形成实验 | Matrigel®基底膜基质 | Corning Inc. | -- |
| 荧光标记 | 荧光素钠 | Aladdin Biochemical Technology Co., Ltd | -- |
| 罗丹明B | Aladdin Biochemical Technology Co., Ltd | -- | |
| VEGF检测 | VEGF酶联免疫吸附实验试剂盒 | ABclonal Technology Co., Ltd | -- |
| 微针制备 | 聚乙烯醇(分子量195000) | Shanghai Macklin Biochemical Technology Co., Ltd | -- |
| 明胶(分子量50000) | Shanghai Macklin Biochemical Technology Co., Ltd | -- | |
| 聚乳酸-羟基乙酸共聚物(分子量90000) | Shanghai Macklin Biochemical Technology Co., Ltd | -- | |
| 水凝胶合成 | N-(3-二甲氨基丙基)-N′-乙基碳二亚胺盐酸盐 | Shanghai Macklin Biochemical Technology Co., Ltd | -- |
| N-羟基琥珀酰亚胺 | Shanghai Macklin Biochemical Technology Co., Ltd | -- | |
| 溶剂配制 | 乙酸乙酯 | Shanghai Macklin Biochemical Technology Co., Ltd | -- |
| 乙酸丁酯 | Shanghai Macklin Biochemical Technology Co., Ltd | -- | |
| 流式细胞术 | 抗CD86抗体 | 4A Biotech Co., Ltd | -- |
| 抗CD206抗体 | 4A Biotech Co., Ltd | -- | |
| 免疫荧光染色 | 抗CD31抗体 | Abcam plc | -- |
| 抗perilipin抗体 | Abcam plc | -- | |
| 抗UCP-1抗体 | Abcam plc | -- | |
| 抗PPARγ抗体 | Abcam plc | -- | |
| 微针制备 | 定制微针模具 | Taizhou Microchip Co., Ltd | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA质量检测 | NanoDrop 2000分光光度计 | Thermo Scientific | -- |
| RNA完整性检测 | Agilent 2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- |
| 文库构建 | VAHTS Universal V6 RNA-seq文库构建试剂盒 | -- | -- |
| 测序 | Illumina NovaSeq 6000测序系统 | Illumina | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 抗PPARγ抗体 | -- | -- | |
| 抗VEGF抗体 | -- | -- | |
| 抗磷酸化p65抗体 | -- | -- | |
| 抗p65抗体 | -- | -- | |
| 抗β-actin抗体 | -- | -- | |
| HRP标记二抗 | -- | -- | |
| 增强化学发光系统 | -- | -- | |
| SEM成像 | ZEISS Sigma 300扫描电子显微镜 | ZEISS | Sigma 300 |
| CLSM成像 | Leica TCS SPB共聚焦激光扫描显微镜 | Leica | TCS SPB |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠自体脂肪移植模型 | 小鼠品系、年龄、性别、分组、每组样本量、移植脂肪质量、移植部位、MN应用时间及移除时间。 阅读提示:Methods中'Effect of the microneedle patch on autologous fat graft survival in mice in vivo'小节。 |
| 体外ROS清除与线粒体保护 | H₂O₂诱导浓度、MN提取物制备方法、JC-1和MitoTracker染色条件、TEM制样条件。 阅读提示:Methods中'Protective effect of microneedles against oxidative stress damage in adipocytes in vitro'和'Mitochondrial function in adipocytes after microneedles-mediated protection against oxidative stress injury'小节及Figure 7图注。 |
| 体外血管生成实验 | HUVECs接种密度、MN提取物处理浓度、划痕实验观察时间点、管形成实验Matrigel用量和观察时间、Transwell实验细胞数和孵育时间。 阅读提示:Methods中'Angiogenic properties of the microneedle patches in vitro'小节及Figure 8图注。 |
| RNA-seq和Western blot | RNA-seq生物学重复数、建库试剂盒、测序平台、Western blot抗体来源和稀释比例、蛋白上样量。 阅读提示:Methods中'Transcriptome sequencing and data analysis'和'Western blot analysis of grafted adipose tissue'小节及Supplementary Figure S11。 |
| 脂质吸附实验 | 脂质组分来源和制备、MN接触方式、观察时间点、n-hexane提取条件、红外光谱定量方法。 阅读提示:Methods中'Directional lipid adsorption by the microneedles in vitro'和'Lipid adsorption by the microneedles in grafted adipose tissue in vivo'小节及Figure 6图注。 |