研究队列建立与血清样本采集
建立发现和验证队列,获取妊娠24–28周血清样本用于后续组学分析。
前瞻性招募在浙江大学医学院附属妇产科医院进行75-g OGTT的孕妇,分为发现队列(n=128)和验证队列(n=55),采集空腹静脉血并分离血清储存于−80°C。
Reduced serum acetyl-L-carnitine is associated with hypertensive disorders in women with gestational diabetes mellitus: a multi-omics study
发现和验证队列、非靶向和靶向代谢组学、脂质组学、LASSO和ROC建模、多组学关联分析
发现队列:58例正常妊娠、50例GDM、20例GDMHDP孕妇的血清样本 验证队列:25例正常对照、22例GDM、8例GDMHDP孕妇的血清样本
血清样本采集时间:妊娠24–28周 发现队列和验证队列的GDM与GDMHDP分组 靶向LC–MS/MS验证ALC在GDMHDP中的降低 ALC–DBP逻辑回归模型的构建与ROC评估 脂质组学中VIP > 1且FDR < 0.05的差异脂质筛选
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立发现和验证队列,获取妊娠24–28周血清样本用于后续组学分析。
前瞻性招募在浙江大学医学院附属妇产科医院进行75-g OGTT的孕妇,分为发现队列(n=128)和验证队列(n=55),采集空腹静脉血并分离血清储存于−80°C。
表征GDM和GDMHDP组的血清代谢特征,筛选差异代谢物。
对发现队列血清进行非靶向LC–MS代谢组学分析,鉴定代谢物,进行PCA和OPLS-DA分析,筛选差异代谢物,并进行KEGG通路富集分析。
从重叠差异代谢物中筛选能区分GDMHDP与GDM的候选生物标志物。
使用25个重叠差异代谢物作为候选预测因子,进行二项逻辑LASSO回归,保留非零系数代谢物,并进行ROC分析评估区分性能。
在验证队列中确认候选代谢物的差异丰度和区分性能。
对候选代谢物进行靶向LC–MS/MS定量,在验证队列中评估其重现性,进行ROC分析。
评估ALC与DBP联合模型对GDMHDP的预测性能。
构建ALC和DBP的二项逻辑回归模型,使用ROC分析评估AUC,使用NRI和IDI评估增量预测价值,并进行Spearman相关分析。
表征GDMHDP相关的脂质组学改变,并与ALC和DBP进行关联分析。
对血清进行非靶向脂质组学分析,鉴定差异脂质,分析碳链长度和双键含量,进行多组学Spearman相关网络分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 非靶向代谢组学 | 甲醇 | Merck KGaA | -- |
| 异丙醇 | Merck KGaA | -- | |
| 甲酸 | Shanghai Aladdin Biochemical Technology Co., Ltd. | -- | |
| 乙酸铵 | Shanghai Aladdin Biochemical Technology Co., Ltd. | -- | |
| 酮洛芬 | Cambridge Isotope Laboratories | -- | |
| 磺胺甲基嘧啶 | Cambridge Isotope Laboratories | -- | |
| 非靶向脂质组学 | 溶血磷脂酰胆碱 LPC(19:0) | Avanti Polar Lipids | -- |
| LC–MS分析 | Orbitrap Exploris 120 质谱仪 | -- | -- |
| Thermo Vanquish 超高效液相色谱系统 | Thermo | -- | |
| 靶向代谢组学 | Agilent 1260 Infinity II Prime 超高效液相色谱系统 | Agilent Technologies | -- |
| Agilent 6495 三重四极杆质谱仪 | Agilent Technologies | -- | |
| 非靶向脂质组学 | Thermo Scientific Vanquish 超高效液相色谱 | Thermo Scientific | -- |
| Thermo Scientific Orbitrap Exploris 120 质谱仪 | Thermo Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 研究队列与样本采集 | 发现队列和验证队列的样本量、分组比例(正常/GDM/GDMHDP)、血清采集孕周(24–28周)、储存温度(−80°C) 阅读提示:Methods and materials 中的 Study participants 小节及 Table 1 |
| 非靶向代谢组学 | 色谱柱型号、流动相组成、梯度程序、流速、进样量、质谱分辨率、QC样本插入频率 阅读提示:Methods and materials 中的 Untargeted metabolomics analysis 小节 |
| 靶向代谢组学验证 | 色谱柱型号、流动相组成、流速、进样量、MRM模式、离子源参数、空白和QC样本插入频率 阅读提示:Methods and materials 中的 Targeted metabolomics for validation 小节 |
| 非靶向脂质组学 | 脂质提取方法、色谱柱型号、柱温、流动相组成、梯度程序、流速、质谱参数、QC样本插入频率 阅读提示:Methods and materials 中的 Untargeted lipidomics analysis 小节 |
| 统计分析与模型构建 | 差异代谢物和脂质筛选标准(VIP > 1, FDR < 0.05)、LASSO回归的λ选择方法、ROC分析、NRI和IDI计算 阅读提示:Methods and materials 中的 Statistical analysis 小节 |