体外评估corin对ATRT细胞生长和凋亡的影响
验证corin是否抑制ATRT细胞生长并诱导凋亡
使用多种ATRT细胞系,通过CCK-8、MTS、流式细胞术(MUSE ViaCount、Annexin V/7-AAD)、BrdU和PCNA免疫荧光、cleaved caspase 3免疫荧光和Western blot检测细胞生长、增殖和凋亡。
The CoREST complex inhibitor, corin, decreases tumor growth, increases cellular differentiation and extends lifespan in ATRT xenograft models
包含体外细胞系、ATAC-seq/RNA-seq组学、shRCOR2功能验证及原位异种移植瘤体内验证,覆盖多层级证据。
ATRT细胞系(CHLA02/04/05/06、BT37、BT12、CHLA266、BT16-Luc、ATRT-310) 人脑皮层原代星形胶质细胞 iPSC来源的脑类器官 ATRT原位异种移植小鼠模型(CHLA06-Luc、BT37-Luc、BT16-Luc)
细胞生长抑制实验:corin处理72小时,IC50范围为0.201–5.18 μM,每组n=3 BrdU免疫荧光检测增殖:corin处理72小时,n=5 Annexin V/7-AAD流式检测凋亡:corin处理72小时,n=3 RCOR2敲低:慢病毒shRNA,嘌呤霉素2 μg/mL和neomycin 200 μg/mL筛选,Western blot确认 原位异种移植瘤体内实验:corin剂量0.03 mg/鼠,每周一次经导螺杆注射
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证corin是否抑制ATRT细胞生长并诱导凋亡
使用多种ATRT细胞系,通过CCK-8、MTS、流式细胞术(MUSE ViaCount、Annexin V/7-AAD)、BrdU和PCNA免疫荧光、cleaved caspase 3免疫荧光和Western blot检测细胞生长、增殖和凋亡。
明确corin是否改变组蛋白修饰和染色质可及性
Western blot检测H3K4Me1、H3K9ac、H3K27ac;ATAC-seq分析染色质可及性变化和基序富集;HOMER motif分析和GO分析。
验证corin是否促进ATRT细胞向神经元方向分化并下调干细胞因子
相差显微镜和WGA染色观察形态变化;RNA-seq分析基因表达;免疫荧光检测神经元标志物(SYP、MAP2、Beta-3-tubulin);Western blot检测L1CAM、NEFL和干细胞因子(SOX2、LIN28A、LIN28B、c-MYC)。
确定CoREST复合物是否直接结合并调控NEFL和L1CAM启动子
ChIP-qPCR使用抗H3K9ac、RCOR1、LSD1抗体检测NEFL和L1CAM启动子区域的占据;整合RNA-seq和ATAC-seq信号。
确认corin通过抑制CoREST复合物发挥作用
慢病毒敲低RCOR1和RCOR2,观察形态分化、生长抑制、对corin的敏感性以及下游标志物表达;Western blot检测组蛋白修饰。
验证corin在体内是否靶向组蛋白、诱导凋亡和分化,并延长生存期
建立原位异种移植瘤(CHLA06-Luc、BT37-Luc、BT16-Luc),通过导螺杆给药;短期实验检测靶点结合和凋亡/分化;长期生存实验监测肿瘤生长和生存期;组织学、免疫荧光和Western blot分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养与筛选 | 支原体检测试剂盒 | Applied Biological Materials | G238 |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Dojindo Molecular Technologies | CK04 |
| 流式细胞分析 | MUSE ViaCount试剂 | Cytek Biosciences Inc. | MCH100102 |
| 凋亡检测 | MUSE Annexin V & Dead Cell试剂盒 | Cytek Biosciences Inc. | MCH100105 |
| 细胞增殖检测 | MTS试剂 | Promega Corp. | G3581 |
| ATAC-seq | ATAC-seq试剂盒 | Active Motif | 53150 |
| RNA提取 | RNeasy Mini试剂盒 | Qiagen | 73404 |
| BrdU免疫荧光 | BrdU | Thermo Fisher Scientific | B23151 |
| 细胞核染色 | DAPI | Roche Life Sciences | 10236276001 |
| 免疫荧光封片 | Prolong Gold抗淬灭封片剂 | Thermo Fisher Scientific | P36930 |
| 细胞裂解 | RIPA裂解液 | Sigma Aldrich | R0278 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma Aldrich | P8340 | |
| 磷酸酶抑制剂混合物2 | Sigma Aldrich | P5726 | |
| 磷酸酶抑制剂混合物3 | Sigma Aldrich | P0044 | |
| 蛋白定量 | Bradford实验 | Bio-Rad Laboratories Inc. | 5000006 |
| 细胞膜染色 | 小麦胚芽凝集素 | Thermo Fisher Scientific | W11261 |
| 药物处理 | 恩替诺特/MS-275 | MedChemExpress | HY-12163 |
| corin | MedChemExpress | HY-111048 | |
| GSK-LSD1 | AdooQ Bioscience | A21815 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞生长抑制实验 | corin处理浓度、处理时间(72小时)、对照(DMSO)、IC50计算方法和生物学重复数(n=3) 阅读提示:Methods 'Cell growth inhibition assay'和Supplementary Table 5 |
| 凋亡检测 | corin浓度、处理时间(72小时)、Annexin V/7-AAD染色步骤、CC3抗体稀释比例和n=3 阅读提示:Methods 'Annexin V/ Dead cell assay flow cytometry'和Figure 1E-G |
| ATAC-seq和RNA-seq | 细胞数(ATAC-seq 100,000细胞)、corin浓度、处理时间(24小时)、测序平台和分析方法 阅读提示:Methods 'ATAC-Seq and analysis'和'RNA-seq and Analysis' |
| ChIP-qPCR | 交联条件(1%甲醛或crosslink gold+1%甲醛)、超声条件、抗体用量和qPCR引物 阅读提示:Methods 'ChIP-qPCR'和Supplementary Table 4 |
| 体内异种移植实验 | 细胞注射数量(BT16-Luc为3 x 10^5)、corin剂量(0.03 mg/鼠)、给药体积(3 μl)、给药频率(短期一次/长期每周一次)、小鼠品系和样本量 阅读提示:Methods 'Intracranial xenograft tumors'和Figure 6A |