样本收集与处理
获取RAS和对照肺组织用于单核转录组分析
收集15例RAS患者再次肺移植的肺外植体和9例对照供体肺组织,机械和酶解离后分离细胞核。
Aberrant and Ectopic Cell Populations in Restrictive Allograft Syndrome after Lung Transplantation
snRNA-seq(15例RAS和9例对照)结合免疫荧光、RNA-ISH、EvG-IHC和micro-CT验证,包含多层级证据和机制验证。
15例RAS患者再次肺移植的肺外植体组织 9例对照供体肺组织 人RAS肺来源的FFPE组织切片
snRNA-seq样本量:15例RAS和9例对照肺组织 免疫荧光验证样本量:8例RAS和12例对照肺组织 RNA-ISH验证样本量:5例RAS和4例对照肺组织 EvG-IHC验证样本量:8例RAS和4例对照肺组织 微CT扫描样本量:2例RAS标本
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取RAS和对照肺组织用于单核转录组分析
收集15例RAS患者再次肺移植的肺外植体和9例对照供体肺组织,机械和酶解离后分离细胞核。
表征RAS肺结构细胞的转录组变化
使用10× Genomics Chromium Next GEM技术构建snRNA-seq文库,Illumina平台测序,分析105,952个单核。
验证snRNA-seq发现的细胞群体并确定其空间分布
使用免疫荧光、RNA-ISH、EvG-IHC和micro-CT对RAS和对照肺组织进行验证。
量化细胞分布和血管变化
使用QuPath v0.5.1和StarDist扩展对免疫荧光和RNA-ISH图像进行细胞分割和机器学习定量。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单核RNA测序 | Chromium Next GEM | 10× Genomics | -- |
| 流式细胞术 | 4′,6-二脒基-2-苯基吲哚 | -- | -- |
| 图像分析 | QuPath | -- | v0.5.1 |
| StarDist | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单核RNA测序 | 样本量:15例RAS和9例对照;组织部位:上叶外周肺实质;测序平台:Illumina;文库制备:10× Genomics Chromium Next GEM 阅读提示:详见Methods和Supplementary Methods |
| 免疫荧光验证 | 样本量:8例RAS和12例对照;抗体:KRT17, TP63, CTSE, integrin αvβ6, COX2, COL15A1, PLVAP, CD31, PRX 阅读提示:详见Methods和Supplementary tables E3/E4 |
| RNA-ISH验证 | 样本量:5例RAS和4例对照;探针:CTHRC1, COL1A1 阅读提示:详见Methods和Supplementary figures E18-E21 |
| EvG-IHC验证 | 样本量:8例RAS和4例对照;染色:Elastica van Gieson和IHC 阅读提示:详见Methods和Supplementary figures E12-E14 |
| micro-CT | 样本量:2例RAS标本;造影剂:tungsten 阅读提示:详见Methods和Figure 5g |