重组病毒构建与体外功能验证
验证VET3-TGI转基因表达和生物学活性
构建表达IL-12、dnTGFβmm和CXCR3的重组牛痘病毒;通过ELISA、Western blot、报告细胞系和流式细胞术检测转基因表达与功能。
Intravenously deliverable oncolytic virus VET3-TGI favorably alters the tumor microenvironment
包含体外细胞感染、PBMC迁移、多种小鼠皮下肿瘤及NNK诱导模型,并有功能与转录组机制验证
MC-38小鼠结肠腺癌细胞 Renca小鼠肾癌细胞 EMT-6小鼠乳腺癌细胞 NNK诱导FVB小鼠肺癌模型
VET3-TGI在感染细胞中IL-12、CXCR3和dnTGFβmm的表达及生物学活性 CXCR3表达增强病毒向CXCL9/10表达肿瘤的静脉递送(qPCR检测病毒基因组) VET3-TGI静脉给药在EMT-6、MC-38和NNK诱导肿瘤模型中的抗肿瘤疗效 IL-12和dnTGFβmm联合治疗对肿瘤基因表达谱的协同影响 CXCR3包含降低血清全身毒性标志物
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证VET3-TGI转基因表达和生物学活性
构建表达IL-12、dnTGFβmm和CXCR3的重组牛痘病毒;通过ELISA、Western blot、报告细胞系和流式细胞术检测转基因表达与功能。
验证CXCR3介导感染细胞向趋化因子迁移并递送病毒
人PBMC感染VET3-TGI后,在Transwell系统中检测向表达CXCL9/10/11的MC-38细胞的迁移,并定量迁移后MC-38细胞中病毒感染。
评估CXCR3对静脉注射病毒向肿瘤递送的增强作用
在Renca、EMT-6、MC-38皮下肿瘤模型中,尾静脉注射CXCR3表达病毒或对照病毒,18-24小时后qPCR定量肿瘤内病毒基因组。
评估VET3-TGI静脉给药的抗肿瘤活性和生存获益
在EMT-6、MC-38皮下肿瘤模型和NNK诱导肺癌模型中,静脉注射不同剂量VET3-TGI-murine或对照,监测肿瘤体积、完全缓解率和生存。
探究VET3-TGI对肿瘤免疫浸润和基因表达的影响
收集治疗后肿瘤,进行免疫荧光染色检测CD3、CD8、Granzyme B等,以及RNA测序和GSEA分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 病毒纯化 | Benzonase核酸酶 | Millipore | 1.01697.0010 |
| 10X TrypLE | Thermo Scientific | A1217702 | |
| KrosFlo KR2i切向流过滤系统 | Repligen | -- | |
| 空斑试验 | CellBIND培养板 | Corning | 3335 |
| McCoy’s 5A基础培养基 | Gibco | 16600-082 | |
| CXCR3 ELISA | CXCR3 ELISA试剂盒 | R&D Systems | DY008B |
| 捕获抗体 | BioLegend | 353702 | |
| 检测抗体 | Abcam | ab288446 | |
| HRP偶联物 | Abcam | ab205718 | |
| 参考标准品 | R&D Systems | H00002833-P01-2ug | |
| CXCR3内化实验 | 人CXCL11 | PeproTech | 300-46-100UG |
| 抗CXCR3克隆1C6 | BD Biosciences | 557183 | |
| HRP偶联物 | Promega | W402B | |
| 流式分析 | Zombie Yellow染料 | BioLegend | 423104 |
| PE偶联抗CXCR3 | BioLegend | 126506 | |
| IL-12 ELISA | IL-12 p70 ELISA试剂盒 | RayBiotech | ELM-IL12P40P70-1 |
| IL-12 ELISA试剂盒 | Thermo Scientific | BMS238 | |
| IL-12 ELISA试剂盒 | Thermo Scientific | BMS6004 | |
| IL-12报告细胞系 | IL-12报告细胞 | InvivoGen | hkb-il12 |
| Western blot | 2X Laemmli缓冲液 | Bio-Rad | 1610737 |
| SDS-PAGE凝胶 | Bio-Rad | 4561094 | |
| PVDF膜 | Bio-Rad | 1704156 | |
| Tween-20 | Acros Organics | 23336-0010 | |
| 脱脂牛奶 | Research Products International | M17200-1000.0 | |
| dnTGFβmm抗体 | Cell Signaling Technology | 3709S | |
| HRP偶联物 | Abcam | ab205718 | |
| ECL底物 | Bio-Rad | 1705061 | |
| Azure 600成像系统 | Azure Biosystems | -- | |
| Phospho-SMAD2/3检测 | 重组TGF-β1(鼠) | R&D Systems | 7666-MB-005/CF |
| 重组TGF-β1(人) | PeproTech | AF-100-21C | |
| 磷酸化SMAD2/3抗体 | BD Biosciences | 562696 | |
| TGF-β报告细胞系 | TGF-β报告细胞系 | Signosis | SL-0016 |
| Bright-Glo荧光素酶检测试剂盒 | Promega | E2620 | |
| PBMC感染 | Zombie Yellow染料 | BioLegend | 423103 |
| 抗CD14-BV711 | BioLegend | 301838 | |
| 抗CD20-Alexa Fluor 647 | BioLegend | 302318 | |
| 抗CD34-BV421 | BioLegend | 119321 | |
| 抗CXCR3-PE | BioLegend | 353706 | |
| FBS染色缓冲液 | BD | 554656 | |
| 迁移实验 | Transwell小室 | Corning | 3422 |
| 抗CD33-PE | BioLegend | 303404 | |
| 抗CD3-BV421 | BioLegend | 300434 | |
| 抗牛痘病毒L1 Fab-Atto 488 | Absolute Antibody | AB00774-23.0 | |
| 人CXCL9 | PeproTech | 031087-1 | |
| 鼠CXCL9 | PeproTech | 314166 | |
| 人CXCL10 | PeproTech | 081539A | |
| 鼠CXCL10 | PeproTech | 1213153 | |
| 人CXCL11 | PeproTech | 911151 | |
| 鼠CXCL11 | PeproTech | 0202232 | |
| CD8-Alexa Fluor 488 | BioLegend | 301021 | |
| 动物实验 | Matrigel基质胶HC | Corning | 354248 |
| qPCR | DNeasy血液和组织试剂盒 | Qiagen | -- |
| PrimeTime 2X预混液 | Integrated DNA Technologies | -- | |
| MicroAmp光学96孔反应板 | Applied Biosystems | N8010560 | |
| QuantStudio 6 Flex仪器 | Life Technologies | 4485689 | |
| 肿瘤趋化因子定量 | CXCL9 ELISA试剂盒 | RayBiotech | ELM-MIG |
| CXCL10 ELISA试剂盒 | R&D Systems | DY466-05 | |
| 血清细胞因子检测 | LEGENDplex试剂盒 | BioLegend | 740150 |
| LEGENDplex试剂盒 | BioLegend | 741023 | |
| 免疫荧光 | BLOXALL封闭液 | Vector Laboratories | SP-6000 |
| 亲和素-生物素 | Vector Laboratories | SP-2001 | |
| Tween-20 | Millipore | 655204-100ML | |
| 链霉亲和素-HRP | Thermo Scientific | N100 | |
| 抗CD3-生物素 | BioLegend | 100244 | |
| CF532 | Biotium | 9066 | |
| 抗CD8a-生物素 | BioLegend | 100704 | |
| CF488 | Biotium | 92171 | |
| 标记缓冲液 | Biotium | 22029 | |
| 抗颗粒酶B-Alexa Fluor 647 | BioLegend | 515406 | |
| 抗细胞角蛋白 | BioLegend | 914204 | |
| 抗CD45 | TONBO Biosciences | 30-0451 U100 | |
| CF488 | Biotium | 96006 | |
| 抗CD31 | BioLegend | 102404 | |
| CF488 | Biotium | 96022 | |
| Hoechst 33342 | Biotium | 40046 | |
| EverBrite封片剂 | Biotium | 23001 | |
| 肿瘤趋化因子定量 | LEGENDplex试剂盒 | BioLegend | 741067 |
| LEGENDplex试剂盒 | BioLegend | 740007 | |
| 抗病毒抗体检测 | EDTA采血管 | Kent Scientific | 3072122 |
| ELISA板 | Corning EIA | 3590 | |
| Fraction V BSA | Research Products International | 9048-46-86 | |
| 兔抗牛痘多克隆抗体 | Abcam | ab35219-1001 | |
| 山羊抗兔IgG HRP | Thermo Scientific | 31466 | |
| 山羊抗小鼠IgG HRP | Thermo Scientific | A16066 | |
| 底物 | Thermo Scientific | 1854060 | |
| 底物 | Thermo Scientific | 1854050 | |
| RNA测序 | Lysing Matrix D管 | MPBio | 6913100 |
| Qiazol裂解液 | Qiagen | 79306 | |
| miRNeasy Micro试剂盒 | Qiagen | 74106 | |
| NEBNext Ultra II RNA文库构建试剂盒 | New England Biolabs | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 病毒构建与生产 | 病毒株背景(Western Reserve)、基因缺失(J2R和A52R)、转基因(IL-12、dnTGFβmm、CXCR3)及启动子(p135、P7.5) 阅读提示:Methods中'Construction and selection of recombinant vaccinia virus'小节及Figure 1A |
| 体外感染与功能验证 | 细胞系(HeLa、MC-38等)、感染MOI(1.0-20)、感染时间(6小时-1天)、检测方法(ELISA、Western blot、流式) 阅读提示:Methods中'Detection, quantitation, and in vitro biological activity of VET3-TGI transgenes'小节及Figure 1B-1H |
| PBMC迁移实验 | PBMC来源和数量、感染MOI(5.0)、趋化因子浓度(10-1000 ng/mL)、迁移时间(过夜)、Transwell系统 阅读提示:Methods中'In vitro migration of VET3-TGI-infected PBMCs'和'Murine ligand-induced migration of human CXCR3-expressing T cells'小节及Figure 2B-2C |
| 体内静脉递送实验 | 肿瘤模型(Renca、EMT-6、MC-38)、细胞接种数量、病毒剂量(1×10^7 PFU)、给药途径(尾静脉)、检测时间(18-24小时) 阅读提示:Methods中'Animal studies of virus delivery to tumors'小节及Figure 2F-2H |
| 体内疗效实验 | 肿瘤模型、细胞接种数量、病毒剂量(1×10^5-1×10^7 PFU)、给药途径和频率、样本量、生存终点 阅读提示:Methods中'Animal studies'小节及Figure 3A-3G |
| 肿瘤微环境分析 | 治疗剂量、取样时间(治疗后3、8、9天)、免疫荧光标记(CD3、CD8、Granzyme B)、RNA测序和GSEA方法 阅读提示:Methods中'Immunofluorescence assessment of T-cell infiltration'和'Gene set enrichment analysis'小节及Figure 5和7 |