多组学鉴定CAVIN1
鉴定瘢痕疙瘩发病中的关键差异分子。
对患者来源瘢痕疙瘩和正常皮肤组织进行转录组RNA-seq和蛋白质组LC-MS/MS分析,取交集筛选重叠分子,并构建分子互作网络。
A novel CAVIN1/GAS5 axis suppresses skin fibrosis through mitochondrial fission-mediated attenuation of the TGF-β/Smad pathway
整合转录组与蛋白质组、原代KFs功能验证、RIP-seq、ActD、两种博来霉素小鼠模型及体内干预验证。
患者来源的瘢痕疙瘩组织和正常皮肤组织 原代瘢痕疙瘩成纤维细胞(KFs)和正常皮肤成纤维细胞(NFs) 博来霉素诱导的C57BL/6小鼠皮肤纤维化模型
CAVIN1在瘢痕疙瘩组织和KFs中mRNA和蛋白水平下调(n=3) CAVIN1过表达抑制KFs迁移、侵袭、胶原凝胶收缩及胶原I/III表达(n=3) CAVIN1直接结合并稳定GAS5,GAS5沉默消除CAVIN1抗纤维化效应(n=3) CAVIN1/GAS5轴抑制Drp1/Fis1介导的线粒体分裂和ROS产生,抑制TGF-β/Smad2/3磷酸化(n=3) AAV-CAVIN1预处理和伏立诺他治疗均改善小鼠皮肤纤维化组织学指标(n=3)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定瘢痕疙瘩发病中的关键差异分子。
对患者来源瘢痕疙瘩和正常皮肤组织进行转录组RNA-seq和蛋白质组LC-MS/MS分析,取交集筛选重叠分子,并构建分子互作网络。
验证CAVIN1在瘢痕疙瘩中的表达变化及其对成纤维细胞纤维化表型的影响。
分离原代KFs和NFs,通过IHC、western blot和RT-qPCR检测CAVIN1表达;构建CAVIN1-OE KFs,进行迁移、侵袭、胶原凝胶收缩实验和胶原I/III免疫荧光。
探究CAVIN1抗纤维化作用是否通过调控TGF-β/Smad信号通路。
对CAVIN1-OE和对照KFs进行RNA-seq和KEGG/GO富集分析;免疫荧光检测Smad2/3核积累;western blot检测总Smad2/3和p-Smad2/3。
寻找CAVIN1直接调控的下游RNA靶点并验证其稳定性调控。
对CAVIN1-OE和对照KFs进行lncRNA差异表达分析;用抗CAVIN1抗体进行RIP-seq和RIP-qPCR;取差异lncRNA、CAVIN1结合top30 lncRNA和FDRdb纤维化相关lncRNA交集;ActD追踪实验检测GAS5稳定性。
验证GAS5是否介导CAVIN1对线粒体分裂、ROS和TGF-β/Smad通路的抑制。
检测瘢痕疙瘩组织和KFs中Drp1/Fis1表达;GAS5-OE KFs检测Drp1/Fis1;在CAVIN1-OE背景下沉默GAS5,western blot检测Drp1、Fis1、p-Smad2/3和Postn;DCFH-DA检测ROS。
探索靶向CAVIN1的治疗策略。
筛选DSigDB数据库,鉴定伏立诺他为CAVIN1上调候选药物;用伏立诺他处理KFs,western blot检测CAVIN1、p-Smad2/3和Postn。
在体内验证过表达CAVIN1和伏立诺他治疗对皮肤纤维化的改善作用。
使用两个独立的博来霉素诱导小鼠皮肤纤维化模型:模型一在诱导前21天皮下注射AAV-CAVIN1或AAV-CTR;模型二在博来霉素诱导后第16天开始隔日皮下注射伏立诺他或DMSO;检测CAVIN1、GAS5、Drp1、Fis1、p-Smad2/3及组织学染色。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 伏立诺他 | MedChemExpress | -- |
| 细胞培养与药物处理 | Lipofectamine 3000转染试剂 | -- | -- |
| RIP | Magna RIP RNA结合蛋白免疫沉淀试剂盒 | Millipore | 17-701 |
| ROS检测 | DCFH-DA荧光探针 | Beyotime | -- |
| 动物实验 | 博来霉素 | MedChemExpress | -- |
| AAV载体构建 | pAAV-CMV-EGFP-3FLAG骨架载体 | GeneChem | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RT-qPCR | TaKaRa SYBR Premix Ex Taq II(Perfect Real Time) | TaKaRa | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 多组学鉴定CAVIN1 | 瘢痕疙瘩和正常皮肤组织样本量、匹配条件、测序平台、质谱平台及差异表达阈值(DEGs:FDR≤0.001且|log2FC|≥1;DEPs:FDR≤0.05且|log2FC|≥2)。 阅读提示:Methods - Clinical sample collection and analysis;Figure 1 legend。 |
| CAVIN1功能验证 | 原代KFs和NFs来源与培养条件、CAVIN1-OE转染方法和时间、迁移/侵袭/胶原凝胶收缩实验重复数(n=3)及检测终点。 阅读提示:Methods - Isolation and culture of fibroblasts、Cell transfection、Collagen gel contraction, migration and invasion assays;Figure 2 legend。 |
| CAVIN1调控TGF-β/Smad通路 | CAVIN1-OE KFs中RNA-seq差异表达标准(fold change≥2或≤0.5且P≤0.05)、Smad2/3免疫荧光和western blot检测条件(30 μg蛋白,10% SDS-PAGE)。 阅读提示:Methods - Cell transfection、Western blot analysis;Figure 3 legend。 |
| CAVIN1结合并稳定GAS5 | RIP-seq用抗CAVIN1抗体和Magna RIP试剂盒(No. 17-701; Millipore)、RIP-qPCR验证、ActD浓度1 μM及时间点0、1、2、4、8小时、GAS5稳定性分析。 阅读提示:Methods - Cell transfection、Actinomycin D chase assay;Figure 4 legend。 |
| 线粒体分裂和ROS机制验证 | GAS5-OE和siGAS5处理、western blot检测Drp1/Fis1/p-Smad2/3/Postn(n=3)、DCFH-DA探针(Beyotime)37°C 30分钟及荧光显微镜检测。 阅读提示:Methods - Detection of ROS;Figure 5 legend。 |
| 体内验证CAVIN1和伏立诺他 | 模型一:6周龄雄性C57BL/6小鼠,AAV-CAVIN1或AAV-CTR剂量1×10^12 vg/ml,100 μl皮下注射,博来霉素0.5 mg/ml,100 μl每日皮下注射4周;模型二:8周龄雄性C57BL/6小鼠,博来霉素1 mg/ml,100 μl每日皮下注射,第16天起伏立诺他50 μM,100 μl隔日皮下注射共6次;所有小鼠4周后处死。 阅读提示:Methods - Animal models;Figure 6 legend。 |