蛋白质组学筛选ADPKD分子变化
识别Pkd1nl/nl小鼠肾脏中与囊肿和纤维化相关的分子改变。
对P1和P28 Pkd1nl/nl小鼠肾脏进行基于质谱的无标记定量蛋白质组学,分 soluble fraction 和 less soluble fraction。
Integrin α 1 β 1 Promotes Interstitial Fibrosis and Cyst Growth in a Mouse Model of Polycystic Kidney Disease
含小鼠模型、人组织、scRNA-seq数据库、蛋白质组学、功能与机制验证等多层级证据。
Pkd1nl/nl 小鼠 Pkd1nl/nlItga1−/− 小鼠 人ADPKD肾脏组织 人肾脏单细胞RNA-seq数据集
小鼠基因型:Pkd1nl/nl、Pkd1nl/nlItga1−/−、Itga1−/−及野生型对照 体内检测终点:2KW:BW、BUN、UACR 组织学终点:囊肿指数、平均囊肿面积、囊肿数量、肾小球数量 纤维化检测:PSR染色、αSMA免疫荧光、qRT-PCR与Western blot 样本量与统计:Pkd1nl/nl n=11,Pkd1nl/nlItga1−/− n=7(2KW:BW);多数实验n=8或n=3–4
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别Pkd1nl/nl小鼠肾脏中与囊肿和纤维化相关的分子改变。
对P1和P28 Pkd1nl/nl小鼠肾脏进行基于质谱的无标记定量蛋白质组学,分 soluble fraction 和 less soluble fraction。
确认整合素-α1在人类ADPKD和肾脏间质细胞中的表达模式。
重新分析人肾脏纤维化scRNA-seq数据集和KPMP数据集;对人正常、早期和终末期ADPKD组织进行αSMA和整合素-α1共免疫荧光。
评估整合素-α1缺失对Pkd1nl/nl小鼠肾脏表型的影响。
将Itga1−/−小鼠与Pkd1nl/nl小鼠杂交,获得Pkd1nl/nlItga1−/−小鼠,在P28收集肾脏和尿液。
确定整合素-α1缺失是否减轻肾脏功能障碍和结构损伤。
测量2KW:BW、体重、BUN、UACR;H&E染色评估囊肿指数、平均囊肿面积、囊肿数量、肾小球数量、间质扩张和肾小管萎缩。
验证整合素-α1缺失对纤维化和肌成纤维细胞的影响。
PSR染色检测胶原沉积;αSMA免疫荧光;qRT-PCR和Western blot检测Acta2、Col1a1、Fn1、Pdgfra、Pdgfrb及p-Pdgfrb。
确定整合素-α1是否通过促进成纤维细胞增殖和ERK信号影响纤维化。
Pdgfrb、αSMA、PCNA、p-ERK免疫荧光;Western blot检测PCNA、Ki67、ERK、p-ERK。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | RNAeasy迷你试剂盒 | Qiagen | 74104 |
| qRT-PCR | Power SYBR Green PCR预混液 | ThermoFisher | 4367659 |
| 组织学染色 | Leica Autostainer XL CV5030 | Leica | CV5030 |
| 免疫荧光成像 | Olympus BX63正置显微镜 | Olympus | BX63 |
| Leica TCS SP8 AOBS倒置共聚焦显微镜 | Leica | TCS SP8 | |
| Zeiss LSM 880 Airyscan共聚焦显微镜 | Zeiss | LSM 880 | |
| 蛋白质组学 | Orbitrap Fusion Lumos三合一质谱仪 | ThermoFisher | -- |
| qRT-PCR | Bio-Rad CFX96 Touch实时PCR仪 | Bio-Rad | CFX96 |
| Western blot成像 | Li-Cor Odyssey CLx成像系统 | Li-Cor | Odyssey CLx |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠模型与分组 | 基因型:Pkd1nl/nl、Pkd1nl/nlItga1−/−、Itga1−/−及野生型对照;分析时间点P28;样本量:Pkd1nl/nl n=11,Pkd1nl/nlItga1−/− n=7(2KW:BW) 阅读提示:Methods动物饲养;Figure 3图注 |
| 肾功能检测 | 检测指标:2KW:BW、BUN、UACR;采血/尿液时间点;样本量n=8(BUN、UACR) 阅读提示:Results肾功能段落;Figure 3E和3F |
| 组织学与囊肿分析 | H&E染色;囊肿指数、平均囊肿面积、囊肿数量、肾小球数量的量化方法;样本量n=6 阅读提示:Methods组织学与免疫荧光;Figure 4B–4E图注 |
| 纤维化与肌成纤维细胞分析 | PSR染色和αSMA免疫荧光;qRT-PCR基因及内参Gapdh;Western blot蛋白;样本量:qRT-PCR n=4,Western blot n=3 阅读提示:Methods定量RT-PCR和Western blot;Figure 5D–5F图注 |
| 成纤维细胞增殖与ERK信号 | PCNA和p-ERK免疫荧光;Pdgfrb/αSMA共定位;样本量:Pdgfrb/αSMA n=4,PCNA n=3–4 阅读提示:Results成纤维细胞增殖段落;Figure 6B–6J图注 |