家系临床表型与基因组测序
鉴定疑似非综合征性HMD家系的遗传病因
对先证者及家系成员进行眼科表型分析(BCVA、眼底照相、FAF、OCT、ERG、PERG、EOG),提取DNA进行全基因组测序,变异过滤和共分离分析。
Biallelic Pathogenic Variants in PYGM Impair Retinal Glycogenolysis Causing a Range of Phenotypes
包含家系基因组测序、65例患者队列、人视网膜IHC、RPE-1细胞功能、小鼠模型等多层次验证,含功能与机制验证。
HMD家系(先证者II-6及患病同胞II-3) 65例GSDV患者队列 hTERT RPE-1细胞系 PygmR50*/R50*敲入小鼠
HMD家系:全基因组测序(40×覆盖度)鉴定PYGM纯合变异c.148C>T; p.[Arg50*] GSDV队列:65例患者视网膜表型分级(类型1-4),基于眼底照相、FAF和OCT RPE-1细胞:葡萄糖饥饿诱导糖原分解,葡萄糖释放随时间测量 PygmR50*/R50*小鼠:4月龄和1年龄视网膜PAS染色及OS/IS比值定量 TRAP assay:小鼠RPE、视杆、视锥和Müller细胞中GP同工酶翻译mRNA定量
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定疑似非综合征性HMD家系的遗传病因
对先证者及家系成员进行眼科表型分析(BCVA、眼底照相、FAF、OCT、ERG、PERG、EOG),提取DNA进行全基因组测序,变异过滤和共分离分析。
评估GSDV患者中视网膜受累的患病率和特征
回顾性分析65例GSDV患者的视网膜影像(眼底照相、FAF、OCT),按类型1-4分级,进行基因型-表型关联统计。
确定PYGM在人类视网膜中的细胞类型表达
对人供体眼视网膜切片进行免疫组织化学染色,标记cone arrestin、rhodopsin和PYGM,共染glutamine synthetase。
探究GP同工酶在视网膜不同细胞类型中的表达模式及其潜在冗余性
在hTERT RPE-1细胞中进行RT-qPCR定量PYGM、PYGB、PYGL mRNA;使用RiboTag小鼠模型进行TRAP assay,结合细胞特异性Cre驱动,分离RPE、视杆、视锥和Müller细胞中翻译mRNA。
验证RPE细胞是否具有糖原分解能力
使用商业ELISA试剂盒定量hTERT RPE-1细胞糖原含量;在无葡萄糖DMEM中饥饿诱导糖原分解,用血糖仪测量培养基中葡萄糖释放随时间变化。
在体内模型中验证Pygm缺失对视网膜结构和糖原积累的影响
对PygmR50*/R50*和野生型小鼠视网膜进行PAS和PAS-diastase染色,定量光感受器外节/内节(OS/IS)比值。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 糖原含量定量 | 糖原ELISA试剂盒 | MyBioSource | MBS729453 |
| 葡萄糖测量 | 实验室细胞培养血糖仪GM-100 | BioReactor Sciences | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 家系基因组测序 | 测序平台Illumina NovaSeq,覆盖度40×,参考基因组GRCh37/hg19,变异过滤频率阈值<0.5% 阅读提示:Methods: Genome Sequencing and Genetic Analysis |
| GSDV队列视网膜分级 | 视网膜表型分类标准(类型1-4),黄斑区定义(上下血管弓之间,水平约9.5mm直径),影像中央判读 阅读提示:Methods: Retinal Evaluation in GSDV Cohort, Table 1 |
| RPE-1细胞糖原分解 | 细胞密度(500万细胞),饥饿培养基(无葡萄糖DMEM),饥饿时间(0-6小时),葡萄糖测量方法 阅读提示:Methods: Glycogen and Glycogenolysis Assay, Figure 6e-f |
| TRAP assay | RiboTag小鼠与特定Cre品系杂交,免疫沉淀使用HA抗体,RT-qPCR靶向Pygm/Pygb/Pygl,细胞特异性标记基因 阅读提示:Methods: Retinal Expression of GP Isoenzymes, Figure 6c-d |
| PygmR50*/R50*小鼠视网膜分析 | 小鼠年龄(4月龄和1年龄),PAS和PAS-diastase染色条件,OS/IS比值测量方法,统计检验 阅读提示:Methods: Glycogen and Glycogenolysis Assay, Figure 7 |