菌株收集与鉴定
建立S. pettenkoferi临床分离株收集并确认物种身份。
从欧洲五国17家医院收集61株临床分离株,包括血流感染和骨关节感染样本,并使用MALDI-TOF质谱进行物种鉴定。
Staphylococcus pettenkoferi: an underrecognized species with clinically relevant antimicrobial resistance. A comprehensive genomic European study
含全基因组测序、纸片扩散和肉汤微量稀释药敏表型、耐药基因分析及系统发育分析等多个证据层级。
61株S. pettenkoferi欧洲临床分离株 两株参考菌株CCUG51270T和K6999 五株公共S. pettenkoferi基因组用于系统发育比较
纸片扩散法药敏:使用2025 EUCAST v15.0折点,菌株在含5%羊血的胰酶大豆琼脂上传代两次,37°C培养48小时 肉汤微量稀释法药敏:使用Sensititre® FR2STENT微稀释板,并按照厂商说明操作 全基因组测序:Illumina MiSeq平台,39小时运行,2×250 bp双端读长;部分菌株使用Oxford Nanopore MinION长读长测序 系统发育分析:使用IQ-TREE (v2.3)构建最大似然树,1,000次超快自举和1,000次SH-aLRT重复
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立S. pettenkoferi临床分离株收集并确认物种身份。
从欧洲五国17家医院收集61株临床分离株,包括血流感染和骨关节感染样本,并使用MALDI-TOF质谱进行物种鉴定。
确定S. pettenkoferi分离株的抗菌药物耐药表型。
使用纸片扩散法和肉汤微量稀释法测试多种抗菌药物,按照2025 EUCAST折点解释结果。
获取S. pettenkoferi分离株的基因组序列用于基因组多样性和耐药基因分析。
对全部63株分离株进行Illumina短读长测序,对两株菌株进行Oxford Nanopore长读长测序以获得完整基因组。
阐明S. pettenkoferi的种群结构和进化关系。
使用核心基因组比对构建最大似然树,并进行泛基因组分析。
鉴定与耐药表型相关的耐药基因和染色体突变。
使用ResFinder和SCCmecFinder鉴定获得性耐药基因和SCCmec元件,并通过序列比对分析耐药相关突变。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 物种鉴定 | MALDI Biotyper | Bruker | -- |
| 菌株培养 | 含5%羊血的胰酶大豆琼脂 | bioMérieux | -- |
| 纸片扩散法 | 抗生素纸片 | Bio-Rad | -- |
| 肉汤微量稀释法 | Sensititre微量稀释板 | Thermo Fisher Scientific | FR2STENT |
| 梯度条确认 | Liofilchem MTS | Liofilchem | -- |
| 肉汤微量稀释法确认 | UMIC | Bruker | -- |
| DNA提取 | DNeasy UltraClean微生物试剂盒 | Qiagen | -- |
| DNA定量 | Qubit荧光计 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 文库制备 | DNA Prep试剂盒 | Illumina | -- |
| 文库质量评估 | TapeStation系统和High Sensitivity D1000 ScreenTape检测试剂盒 | Agilent | -- |
| 长读长测序 | Rapid Barcoding Kit 24 V14 | Oxford Nanopore Technologies | -- |
| MinION设备 | Oxford Nanopore Technologies | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 抗菌药物敏感性测试 | 纸片扩散法使用2025 EUCAST v15.0折点,菌株在含5%羊血的胰酶大豆琼脂上传代两次,37°C培养48小时 阅读提示:参见Materials and methods中Antimicrobial susceptibility testing小节 |
| 全基因组测序 | Illumina MiSeq平台参数:39小时运行,2×250 bp双端读长;Oxford Nanopore MinION使用R10.4.1流动池,24小时运行 阅读提示:参见Materials and methods中DNA extraction and whole-genome sequencing小节 |
| 系统发育分析 | 使用IQ-TREE v2.3,ModelFinder自动替换模型选择,1,000次超快自举和1,000次SH-aLRT重复 阅读提示:参见Materials and methods中In silico analysis小节 |