生物信息学分析筛选GPR143
探究GPR143在RCC中的表达及其与FLCN/TSC/mTOR-TFE改变的相关性。
利用HPA数据库分析GPR143 mRNA在21种癌症类型和3种主要RCC亚型中的表达；通过cBioPortal手动查询TCGA-KIRC、TCGA-KIRP和TCGA-KICH队列中FLCN/TSC/mTOR-TFE通路的基因融合、突变、扩增等遗传学改变。
关于丁香通
公司信息
个人用户
企业机构
无忧采购 轻松科研
- 移动端
GPR143：一种用于伴有FLCN/TSC/MTOR-TFE改变的肾肿瘤的新型免疫组化标记物
GPR143, a novel immunohistochemical marker for renal tumors with FLCN/TSC/MTOR-TFE alterations
实验完整度
高包含TCGA肾癌队列生物信息学分析、27例肾肿瘤免疫组化、RCC组织芯片及独立切除切片验证，涵盖多层级证据与功能验证。
主要模型
TCGA-KIRC、TCGA-KIRP和TCGA-KICH肾癌队列 27例伴有FLCN/TSC/mTOR-TFE改变的肾肿瘤（26例患者） 人RCC组织芯片（TMA） 三种最常见组织学类型RCC的常规切除切片
重点核对
27例肾肿瘤队列中tRCC、FLCN突变、TSC突变、ESC RCC、LOT、EVT和AML的具体例数及遗传学确认方式 GPR143和GPNMB免疫组化染色强度分类标准：弥漫阳性≥80%、局灶阳性10–79%、阴性<10% GPR143抗体（#PA5-51984）和GPNMB抗体（#38313）的稀释比例均为1:100 抗原修复条件：Cell Conditioner 1（Ventana #950–224），95 °C，64分钟 一抗孵育条件：37 °C，60分钟
摘要
尽管在有限的实验室中已有一些辅助检测方法可用，但由于小眼畸形（MiT）/TFE家族易位性肾细胞癌（tRCC）的形态多样且重叠，并且缺乏可靠的生物标志物，其诊断仍具有挑战性。GPNMB最近被确定为多种伴有FLCN/TSC/mTOR-TFE改变的肾肿瘤的诊断标记物。然而，GPNMB免疫染色的敏感性和特异性欠佳，且在疑难病例中的结果判读可能较为困难。为了寻找可提高筛查敏感性并预测肾肿瘤中FLCN/TSC/mTOR-TFE通路遗传学改变的额外生物标志物，我们对公开可用的癌症数据库进行了生物信息学分析，发现受MiT转录因子调控的跨膜蛋白GPR143在一部分肾细胞癌（RCC）中高表达。在癌症基因组图谱（TCGA）的两个肾癌队列中，GPR143高表达的RCC富集了伴有FLCN/TSC/mTOR-TFE改变的肾肿瘤。与GPNMB标记类似，GPR143免疫染色在大多数tRCC病例及伴有FLCN/TSC/mTOR改变的肾肿瘤中呈阳性，提示GPR143可作为某些肾肿瘤中FLCN/TSC/mTOR-TFE改变的另一个替代标记物。有趣的是，尽管在大多数伴有FLCN/TSC/mTOR-TFE改变的肾肿瘤中GPR143与GPNMB免疫反应性一致，但在一些GPNMB标记阴性或局灶阳性的病例中观察到了GPR143弥漫性免疫染色。综上所述，我们的结果表明GPR143可作为提高伴有FLCN/TSC/mTOR-TFE改变的肾肿瘤筛查敏感性的有用辅助标记物。
实验结论
提炼研究问题、关键发现与证据，快速把握文章的核心贡献。
- 研究问题
- 寻找可提高伴有FLCN/TSC/mTOR-TFE改变的肾肿瘤筛查敏感性并预测该通路遗传学改变的额外生物标志物。
- 核心机制
- GPR143是受MiT/TFE转录因子调控的跨膜蛋白，在伴有FLCN/TSC/mTOR-TFE改变的肾肿瘤中表达上调，可作为该通路异常的替代标记物。
- 主要证据
- TCGA肾癌队列中GPR143高表达肿瘤富集FLCN/TSC/mTOR-TFE改变；27例肾肿瘤免疫组化显示GPR143在80% tRCC及多数FLCN/TSC/mTOR改变肿瘤中阳性；RCC组织芯片和独立切除切片验证了GPR143在部分GPNMB阴性或局灶阳性病例中呈弥漫阳性。
- 研究意义
- GPR143可作为有用辅助标记物提高伴有FLCN/TSC/mTOR-TFE改变的肾肿瘤筛查敏感性，并可能对基于异常激活信号通路的肾癌亚分类和管理具有潜在价值。
研究路径
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
病例回顾与队列构建
收集伴有FLCN/TSC/mTOR-TFE改变的肾肿瘤病例用于验证。
回顾性审查2005年至2026年5月期间威斯康星大学医院和诊所外科病理实验室登记处的电子病历，识别出26例患者的27例肾肿瘤。
免疫组化检测GPR143和GPNMB蛋白表达
验证GPR143蛋白在伴有FLCN/TSC/mTOR-TFE改变的肾肿瘤中的表达及其与GPNMB的一致性。
在5-μm厚福尔马林固定石蜡包埋全组织切片和人RCC组织芯片切片上进行自动化免疫组化，使用Ventana Discovery Ultra BioMarker平台，一抗为GPR143（兔多克隆，#PA5-51984，1:100）或GPNMB（E4D7P兔单克隆，#38313，1:100），由两名病理学家评估染色结果。
组织芯片及独立切片特异性评估
评估GPR143染色对伴有FLCN/TSC/mTOR-TFE改变肾肿瘤的特异性。
在包含大量ccRCC、pRCC、chRCC和嗜酸细胞瘤的人RCC组织芯片上进行GPR143和GPNMB免疫组化分析，并独立检测三种最常见组织学类型RCC的常规切除切片。
研究方法
按研究目的归类文中使用的方法，便于定位所需技术。
产品清单
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组化 | Ventana Discovery Ultra BioMarker平台 | Ventana Medical Systems, Oro Valley, AZ | -- |
| 细胞调理液1 | Ventana | 950–224 | |
| GPR143兔多克隆抗体 | Invitrogen, Waltham, MA | PA5-51984 | |
| GPNMB E4D7P兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology, Danvers, MA | 38313 | |
| 反应缓冲液 | Ventana | 950–300 | |
| Discovery OmniMap抗兔辣根过氧化物酶偶联二抗 | Ventana | 760–4311 | |
| Ventana UltraView DAB试剂 | Ventana | -- |
关键环节
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 病例队列构建 | 27例肾肿瘤的纳入标准、遗传学确认方式（FISH、NGS、胚系检测）及具体例数分布 阅读提示：Methods中Case selection小节及Table 1 |
| 免疫组化染色 | GPR143和GPNMB抗体稀释比例（1:100）、抗原修复条件（Cell Conditioner 1，95°C，64分钟）、一抗孵育条件（37°C，60分钟）、二抗孵育条件（37°C，16分钟） 阅读提示：Methods中Immunohistochemistry analysis小节 |
| 免疫组化结果判读 | 染色强度分类标准（弥漫阳性≥80%、局灶阳性10–79%、阴性<10%）、两名病理学家独立评估 阅读提示：Methods中Immunohistochemistry analysis小节末段 |
| 组织芯片及独立切片特异性评估 | 组织芯片中ccRCC、pRCC、chRCC和嗜酸细胞瘤的例数（91、45、15、47），独立切片中ccRCC、pRCC、chRCC的例数（17、7、8） 阅读提示：Results中组织芯片评估段落及Supplemental Table 1 |
| 生物信息学分析 | GPR143高表达阈值（>60 pTPM或>30 pTPM）、TCGA队列名称（TCGA-KIRC、TCGA-KIRP、TCGA-KICH）、FLCN/TSC/mTOR-TFE通路遗传学改变的查询方式 阅读提示：Methods中Bioinformatics tool and data analysis小节及Results中第一段 |