构建并验证体内星形胶质细胞分泌组标记系统
验证ER-TurboID能否在体内特异性标记星形胶质细胞并高效生物素化分泌蛋白。
将AAV5-gfaABC1D-eGFP-TurboID立体定位注射至WT小鼠海马,表达1个月后连续5天给予生物素,通过免疫荧光、Western blot、银染和质谱评估星形胶质细胞特异性、生物素化效率及分泌蛋白提取效果。
In vivo profiling of astrocyte secretome reveals brain-region specific regulatory networks in a mouse model of amyloid pathology
包含体内TurboID分泌组、LC-MS/MS、免疫荧光、Western blot、RT-qPCR及原代神经元功能验证等多层证据
APP/PS1转基因小鼠 C57BL/6J野生型小鼠 小鼠原代神经元 AD患者及认知正常对照的CSF和颈静脉血浆样本
AAV5-gfaABC1D-eGFP-TurboID病毒滴度1×10^13 GC/mL,海马每侧注射4×10^9 GC,体积400 nL 生物素5 mg/mL,原位注射1 µL,连续5天,末次给药后24 h取材 海马或内嗅皮层组织每5只小鼠混合为1个生物学重复,质谱每组n=3个独立混合样本 RT-qPCR每组n=8只3、6、10月龄APP/PS1和WT小鼠,Gapdh为内参 LDHB功能验证使用0.25µM和0.5µM处理原代神经元,0.5µM引起细胞毒性、ROS升高和轴突碎片化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证ER-TurboID能否在体内特异性标记星形胶质细胞并高效生物素化分泌蛋白。
将AAV5-gfaABC1D-eGFP-TurboID立体定位注射至WT小鼠海马,表达1个月后连续5天给予生物素,通过免疫荧光、Western blot、银染和质谱评估星形胶质细胞特异性、生物素化效率及分泌蛋白提取效果。
解析淀粉样病理不同阶段和不同脑区星形胶质细胞分泌组的动态变化。
在2、5、9月龄APP/PS1和WT小鼠双侧内嗅皮层或海马注射AAV5-gfaABC1D-eGFP-TurboID,1个月后给予生物素,取材后进行LC-MS/MS,筛选星形胶质细胞来源分泌蛋白和DEPs。
确认3月龄内嗅皮层DEPs在蛋白和mRNA水平的变化趋势。
选取QDPR、HNRNPAB、YWHAB和ALDOA,利用质谱数据和RT-qPCR比较APP/PS1与WT小鼠内嗅皮层和海马不同年龄的表达。
验证QDPR、HSPA8和LDHB等分泌蛋白对原代神经元存活、形态、ROS和神经递质的影响。
分离E16小鼠原代神经元,在不同时间点加入重组QDPR、HSPA8或LDHB,通过MAP2免疫荧光、Calcein AM、ROS检测和 dopamine assay 评估功能。
比较小鼠早期内嗅皮层DEPs与AD患者CSF和颈静脉血浆蛋白变化的重叠及方向一致性。
使用SomaScan平台检测AD患者和年龄匹配对照的CSF和颈静脉血浆蛋白,并与3月龄内嗅皮层DEPs比较。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 病毒载体构建 | AAV5-gfaABC1D-eGFP-TurboID | Shanghai Taitool bioscience Co., Ltd. | -- |
| AAV5-gfaABC1D-eGFP | Shanghai Taitool bioscience Co., Ltd. | -- | |
| 动物麻醉 | 异氟烷 | RWD | -- |
| 兽用麻醉蒸发器 | RWD | -- | |
| 生物素标记 | 生物素 | Sigma | -- |
| 分泌蛋白提取 | III型胶原酶 | Worthington | 75 U/mL |
| Hibernate-E缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂 | Roche | -- | |
| 胞内蛋白提取 | RIPA裂解缓冲液 | -- | -- |
| 超声破碎 | Sonics VCX130超声破碎仪 | Sonics | VCX130 |
| 生物素化蛋白富集 | Dynabeads™ MyOne™ Streptavidin T1磁珠 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| NP-40 | Sigma | -- | |
| 蛋白洗脱 | 2×上样缓冲液 | Solarbio | -- |
| 二硫苏糖醇 | Sigma | -- | |
| 银染 | 快速银染试剂盒 | Beyotime | -- |
| 乙醇 | Chuandong chemical | -- | |
| 乙酸 | Kelong chemical | -- | |
| 凝胶消化 | 三(2-羧乙基)膦 | Adamas | -- |
| 胰蛋白酶 | Hualishi Tech | 10 ng/µL | |
| 甲酸 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| LC-MS/MS | Vanquish Neo超高效液相色谱系统 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Orbitrap Exploris 480质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| FAIMS Pro™接口 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 总分泌蛋白处理 | PCT™ MicroTube | -- | -- |
| 尿素 | Sigma | -- | |
| 碳酸氢铵 | Greagent | -- | |
| 压力循环仪 | Pressure BioSciences | -- | |
| 重组Lys-C | Hualishi Tech | -- | |
| SOLAµ固相萃取96孔板 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 总分泌蛋白LC-MS/MS | Orbitrap Astral质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 免疫荧光 | LDHB抗体 | Invitrogen | 1:200 |
| GFAP抗体 | Abcam | 1:1000 | |
| NEUN抗体 | Abcam | 1:1000 | |
| IBA1抗体 | Invitrogen | 1:1000 | |
| MBP抗体 | Sigma | 1:500 | |
| 生物素抗体 | Abcam | 1:1000 | |
| ALDH1L1抗体 | Cell Signaling Technology | 1:100 | |
| Western blot | 抗V5抗体 | Invitrogen | 1:1000 |
| 抗Actin抗体 | Cell Signaling Technology | 1:1000 | |
| 抗生物素抗体 | Abcam | 1:1000 | |
| IRDye 800 CW偶联二抗 | LI-COR | 1:10000 | |
| Odyssey荧光扫描仪 | LI-COR | -- | |
| RT-qPCR | Trizol试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| NanoDrop ND-100分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | ND-100 | |
| Hifair® III 第一链cDNA合成预混液(qPCR用) | Yeason | -- | |
| CFX96实时PCR系统 | Bio-Rad | CFX96 | |
| Hieff UNICON® Universal Blue qPCR SYBR Green预混液 | Yeason | -- | |
| 原代神经元培养 | 硼酸钠缓冲液 | Macklin | -- |
| 多聚-D-赖氨酸 | Sigma | -- | |
| 层粘连蛋白 | Gibco | -- | |
| Neurobasal培养基 | Gibco | -- | |
| B27添加剂 | Gibco | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| GlutaMAX添加剂 | Gibco | -- | |
| 木瓜蛋白酶 | Sangon Biotech | -- | |
| DNase I | Stemcell | -- | |
| LDHB功能检测 | LDHB | MedChemExpress | -- |
| MAP2抗体 | Invitrogen | 1:1000 | |
| Calcein AM检测试剂盒 | Beyotime | -- | |
| 活性氧检测试剂盒 | Beyotime | -- | |
| AXKO-0046 | MedChemExpress | -- | |
| LDHB抗体 | Invitrogen | -- | |
| HSPA8功能检测 | HSPA8 | MedChemExpress | -- |
| 增强型CCK-8试剂盒 | Beyotime | -- | |
| QDPR功能检测 | QDPR | MedChemExpress | -- |
| 多巴胺检测试剂盒 | Beyotime | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| AAV注射与生物素标记 | 海马坐标:前后−2 mm、内外侧±1.5 mm、背腹−1.5 mm;内嗅皮层坐标:前后−4.0 mm、内外侧±3 mm、背腹−2.1~−1.5 mm;每侧注射4×10^9 GC,体积400 nL;病毒表达4周;biotin 5 mg/mL,1 µL原位注射,连续5天;末次给药后24 h取材 阅读提示:Methods中Establishment of the mouse model及Fig. 2A图注 |
| 分泌蛋白提取与质谱样本设计 | 每100 mg组织加入800 µL 75 U/mL III型胶原酶,37 °C孵育20 min;海马或内嗅皮层组织每5只小鼠混合为1个生物学重复,每个条件n=3个独立混合样本;TurboID−/Biotin+技术对照来自2月龄WT小鼠海马 阅读提示:Methods中Extraction of secretory proteins及Proteomics data analysis |
| 星形胶质细胞来源分泌蛋白筛选 | TurboID+/Biotin+与TurboID−/Biotin+比较,p<0.05且log2FC>1;AD相关DEPs为APP/PS1与WT比较,p<0.05且|log2FC|>1;样本量n=3 阅读提示:Methods中Screening of astrocyte-derived secretory proteins及Screening of DEPs in AD |
| RT-qPCR验证 | 3、6、10月龄APP/PS1和WT小鼠,每组n=8;内嗅皮层和海马组织;Gapdh为内参 阅读提示:Methods中Reverse-transcription quantitative PCR (RT-qPCR) assays |
| 原代神经元功能验证 | LDHB 0.25µM和0.5µM处理5天;HSPA8 0.05µM、0.25µM和0.5µM处理1天;QDPR 0.05µM、0.25µM和0.5µM处理5天;LDHB对照包括0.05µM AXKO-0046、0.5µM LDHB+1µM抗体、1µM抗体和0.5µM热灭活LDHB 阅读提示:Methods中Cytotoxicity and ROS assays of LDHB、Cytotoxicity assays of HSPA8及Cytotoxicity assays of QDPR |