回顾性手术队列构建与TLS病理评估
建立用于模型开发和验证的手术队列,并获取TLS状态的金标准病理标签。
纳入来自中心1(n=163)和中心2(n=60)的手术切除PDAC患者,按7:3随机分配至训练集(n=114)和内部验证集(n=49),中心2患者作为外部验证集(n=60)。基于H&E和CmTSA图像评估TLS状态,要求CD3+T细胞与CD20+B细胞空间共定位的有组织淋巴聚集。
Deep learning-based CT model for non-invasive prediction of tertiary lymphoid structures in pancreatic cancer: a multicenter study with prospective validation in an immunochemotherapy cohort
包含手术队列训练/验证、非手术队列临床验证及前瞻性免疫化疗队列验证,并有病理锚定验证、空间免疫分析与生存分析
手术切除PDAC患者队列(训练集n=114,内部验证集n=49,外部验证集n=60) 非手术活检确诊PDAC患者队列(n=82) 前瞻性免疫化疗队列(ChiCTR2000032293)全分析集(n=44)及病理锚定子集(n=20) 基于ResNet50的深度学习网络(DLN)模型
TLS病理状态判定:由两名对临床结局设盲的高级病理学家基于H&E和CmTSA图像评估,要求CD3+T细胞与CD20+B细胞空间共定位的有组织淋巴聚集 DLN模型锁定:回顾性开发后模型权重冻结,固定切点0.570,未在前瞻性数据中进行微调、重训练、重校准或阈值优化 前瞻性病理锚定验证:在PAS(n=20)中,以CmTSA确认的TLS状态为金标准,应用预设切点0.570评估AUC、敏感性、特异性、PPV、NPV和准确性 临床结局评估:在FAS(n=44)中按DLN-high(≥0.570)和DLN-low(<0.570)分组,评估ORR(RECIST V.1.1)、PFS和OS,采用Fisher精确检验、Kaplan-Meier分析和Cox回归 空间免疫分析:在FAS(n=44)中,使用七标记CmTSA面板(CD4、CD8、CD20、CD11c、CD68、PD-L1、panCK)量化15µm内DC-Th、DC-CTL、Th-CTL和Th-B相互作用及PD-L1 TPS(22C3抗体,n=42)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立用于模型开发和验证的手术队列,并获取TLS状态的金标准病理标签。
纳入来自中心1(n=163)和中心2(n=60)的手术切除PDAC患者,按7:3随机分配至训练集(n=114)和内部验证集(n=49),中心2患者作为外部验证集(n=60)。基于H&E和CmTSA图像评估TLS状态,要求CD3+T细胞与CD20+B细胞空间共定位的有组织淋巴聚集。
获取并标准化多中心CECT图像,分割肿瘤区域以用于深度学习模型输入。
使用不同扫描仪模型获取CECT扫描,应用统一预处理协议。两名放射科医生手动进行三维肿瘤分割,并由两名高级放射科医生评估解决不一致。预处理包括腹部窗、重采样至各向同性体素间距和强度归一化。输入补丁包含约3.5–4.0 mm的瘤周边缘。
开发基于ResNet50的DLN模型,从术前CECT预测TLS状态,并在内部和外部验证集中评估性能。
构建基于ResNet50架构的DLN模型,包含50个卷积层和残差连接。将肿瘤VOI输入模型,输出TLS阳性概率。在训练集、内部验证集和外部验证集中评估AUC、准确性、敏感性、特异性、PPV和NPV。构建整合DLN输出和CA125的临床模型与列线图。
在无法手术的PDAC患者中评估DLN预测TLS状态的预后价值。
纳入中心3的82例活检确诊PDAC患者(CVS),应用DLN模型预测TLS状态并分层进行生存分析。比较DLN预测TLS阳性与阴性患者的总生存期。
在注册临床试验的前瞻性免疫化疗队列中,以病理确认的TLS状态为金标准,验证锁定DLN模型的诊断准确性。
将锁定DLN模型应用于ChiCTR2000032293试验中的44例患者(FAS),其中20例有手术切除标本和病理确认的TLS状态(PAS)。在PAS中评估DLN模型的AUC、敏感性、特异性、PPV、NPV和准确性。
评估DLN预测的TLS状态与免疫化疗患者的治疗反应和生存结局的关联。
在FAS(n=44)中,按预设切点0.570将患者分为DLN-high(n=10)和DLN-low(n=34)组,评估ORR、PFS和OS。进行单变量和多变量Cox回归分析。
探索DLN预测TLS状态的生物学基础,分析DLN评分与空间免疫细胞相互作用和PD-L1表达的相关性。
在FAS(n=44)中,使用七标记CmTSA面板对基线治疗前FFPE标本进行空间免疫分析,构建15µm内的细胞空间网络,量化DC-Th、DC-CTL、Th-CTL和Th-B相互作用评分,并评估PD-L1 TPS。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 图像分割 | ITK-SNAP软件 V.3.8.0 | -- | V.3.8.0 |
| CT扫描 | Brilliance 64 CT扫描仪 | Philips Medical Systems | -- |
| SOMATOM Definition AS+(128层)CT扫描仪 | Siemens Healthcare | -- | |
| Somatom Definition Flash(双源)CT扫描仪 | Siemens Healthcare | -- | |
| 免疫组化 | 22C3抗体 | -- | -- |
| 统计软件 | IBM SPSS V.26.0 | IBM | V.26.0 |
| R V.4.5.2 | -- | V.4.5.2 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 回顾性手术队列 | 样本来源中心、纳入排除标准、TLS阳性率、模型训练/验证分配比例 阅读提示:Methods 'Study design and data collection' 及 'Retrospective surgical cohorts' 小节;Table 1;Figure 1 |
| CT图像采集与预处理 | 扫描仪型号、管电压、层厚、重建间隔、窗位窗宽、瘤周边缘大小、分割软件 阅读提示:Methods 'Image acquisition, preprocessing, and tumor segmentation' 小节;online supplemental text 2 |
| 深度学习模型训练与验证 | 模型架构、训练集/内部验证集/外部验证集样本量、切点确定方法、性能指标 阅读提示:Methods 'Development of a deep learning model' 和 'Model performance assessment' 小节;Table 2;online supplemental text 3 |
| 前瞻性免疫化疗队列与病理锚定验证 | 试验注册号、患者纳入标准、FAS和PAS样本量、模型锁定条件、切点0.570、验证指标 阅读提示:Methods 'Prospective immunochemotherapy cohort' 和 'Prospective validation: pathology-anchored verification' 小节;Figure 4a–b |
| 空间免疫分析 | CmTSA面板标记、空间网络半径15µm、PD-L1抗体克隆号22C3、分析样本量 阅读提示:Methods 'Prospective validation: spatial immune profiling' 小节;Figure 4f–i |