发现队列空间蛋白质组学分析
鉴定与PD-L1高表达NSCLC患者接受一线pembrolizumab单药治疗临床结局相关的区室特异性蛋白标志物。
对ITX_1LM队列104例FFPE肿瘤样本使用GeoMx DSP 36-plex人抗体面板进行空间蛋白质组学分析,以PanCK和CD45形态学标记将ROI分割为肿瘤(PanCK+)和免疫(CD45+)区室,进行单变量Cox分析、Kaplan-Meier分析和差异表达分析。
Tumor cell-expressed OX40L enhances the efficacy of PD-1 axis blockade in non-small cell lung cancer
含发现队列空间蛋白质组学、两个独立患者队列验证、TCGA无免疫治疗队列,以及体外共刺激和体内同基因模型功能验证。
ITX_1LM队列(104例晚期PD-L1高表达NSCLC患者) NADIM队列(36例新辅助化疗-免疫治疗NSCLC患者) NeoITX_H12O队列(41例新辅助/围手术期化疗-免疫治疗NSCLC患者) Lacun3同基因BALB/c小鼠模型
发现队列:ITX_1LM队列104例晚期NSCLC(III–IV期)、PD-L1 TPS≥50%、ECOG 0–1,接受一线pembrolizumab单药治疗 空间蛋白质组学:FFPE样本,GeoMx DSP,每个患者平均5.59个ROI(范围2–16),分为PanCK+肿瘤区室和CD45+免疫区室 验证队列:NADIM队列(n=36)术后标本RNA-seq;NeoITX_H12O队列(n=41)治疗前活检(n=26)和术后手术标本(n=41)定量IHC 抗体特异性验证:α-OX40L抗体克隆D6K7R,使用OX40L+与OX40L− HeLa细胞及H1581细胞沉淀验证 体内实验:0.5×10⁶ Lacun3-OX40L或Lacun3-ExNeg细胞皮下注射至6–8周龄BALB/c小鼠右胁,第6天随机分组,第7、10、13天腹腔注射200 µg anti-PD-1(克隆RMP1-14)或同型对照(rat IgG2a,克隆2A3)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与PD-L1高表达NSCLC患者接受一线pembrolizumab单药治疗临床结局相关的区室特异性蛋白标志物。
对ITX_1LM队列104例FFPE肿瘤样本使用GeoMx DSP 36-plex人抗体面板进行空间蛋白质组学分析,以PanCK和CD45形态学标记将ROI分割为肿瘤(PanCK+)和免疫(CD45+)区室,进行单变量Cox分析、Kaplan-Meier分析和差异表达分析。
在早期NSCLC新辅助/围手术期化疗-免疫治疗队列中验证OX40L的临床相关性。
在NADIM队列(n=36)中使用Ion AmpliSeq平台对基线(n=11)和手术切除标本(n=36)进行RNA-seq;在NeoITX_H12O队列(n=41)中使用定量IHC(克隆D6K7R)评估治疗前活检(n=26)和术后手术标本(n=41),使用QuPath和StarDist进行数字图像分析。
评估OX40L在无免疫治疗情况下的基线预后价值。
使用TCGA LUAD(n=472)和LUSC(n=468)队列,对未接受免疫治疗的NSCLC I–III期患者进行OX40L表达与PFS的Kaplan-Meier分析。
验证肿瘤细胞表达的OX40L是否能功能性共刺激OX40+免疫细胞,以及OX40L是否影响肿瘤细胞内在行为。
使用lentiviral transduction(pReceiver-Lv156载体)在H520、H1581、H1781人NSCLC细胞系和KLN205、LACUN3小鼠NSCLC细胞系中稳定过表达OX40L,以空载体(ExNeg)为对照;使用OX40 Bioassay kit(Promega)(Jurkat效应细胞表达OX40受体驱动的荧光素酶报告基因)进行共培养实验;进行WST-1增殖和伤口愈合迁移实验;用IL-2、IL-9、IFN-α、IFN-γ、TNF-α、LPS刺激72–96小时检测OX40L和PD-L1表面表达。
评估肿瘤细胞OX40L表达对肿瘤生长动力学和抗PD-1治疗疗效的影响。
在免疫缺陷裸鼠(Hsd:Athymic Nude-Foxn1nu)和免疫健全同基因BALB/c小鼠中皮下注射Lacun3-OX40L或Lacun3-ExNeg细胞,监测肿瘤生长;在BALB/c同基因模型中,第6天随机分组,第7、10、13天腹腔注射anti-PD-1抗体(克隆RMP1-14)或同型对照抗体(rat IgG2a,克隆2A3),评估肿瘤体积变化,并对肿瘤进行GeoMx DSP空间蛋白质组学分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 空间蛋白质组学分析 | GeoMx数字空间分析仪 | Bruker Spatial Biology | -- |
| nCounter平台 | -- | -- | |
| RNA-seq | Ion AmpliSeq平台 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| HiSeq 2000测序仪 | Illumina | -- | |
| 免疫组化 | α-OX40L抗体(克隆D6K7R) | -- | -- |
| Leica BOND系统 | Leica | -- | |
| 细胞培养 | pReceiver-Lv156载体 | Genecopoeia | -- |
| 流式分析 | DxFLEX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- |
| OX40共刺激实验 | OX40生物实验试剂盒 | Promega | -- |
| Bio-Glo荧光素酶试剂 | Promega | -- | |
| VICTOR Nivo酶标仪 | PerkinElmer | -- | |
| 动物实验 | 抗PD-1抗体(克隆RMP1-14) | Bio X Cell | -- |
| 同型对照抗体(大鼠IgG2a,克隆2A3) | Bio X Cell | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 发现队列空间蛋白质组学分析 | ITX_1LM队列纳入标准(晚期NSCLC III–IV期,PD-L1 TPS≥50%,ECOG 0–1,一线pembrolizumab单药)、ROI数量(平均5.59,范围2–16)、区室分割算法(PanCK+/CD45+)、数据归一化方法 阅读提示:Methods中Patient cohorts和GeoMx DSP analysis小节,以及online supplemental methods详细方案 |
| 独立队列验证 | NADIM队列(n=36)RNA-seq平台(Ion AmpliSeq)和样本类型(基线n=11,手术n=36);NeoITX_H12O队列(n=41)IHC定量方法(QuPath V.0.5.1,StarDist细胞分割)和可评估样本数(基线25例可评估,手术18例含残留肿瘤细胞可评估) 阅读提示:Methods中Patient cohorts、Patient samples and analytical platforms和IHC and quantitative digital image analysis小节 |
| 体外OX40共刺激实验 | NSCLC细胞系(H520、H1581、H1781)和Jurkat效应细胞共培养比例(不同数量NSCLC细胞),共培养时间5小时,Bio-Glo试剂加入后10分钟检测发光,技术重复n=3 阅读提示:Methods中OX40L-mediated co-stimulation assay小节,以及online supplemental methods |
| 体内抗PD-1疗效实验 | Lacun3细胞注射数量(0.5×10⁶)和部位(右胁皮下),小鼠品系(BALB/cOlaHsd)和周龄(6–8周),随机分组时间(第6天,基线肿瘤体积<50 mm³),anti-PD-1抗体剂量(200 µg)和给药时间(第7、10、13天腹腔注射),同型对照抗体(rat IgG2a,克隆2A3),每组n=8 阅读提示:Methods中In vivo tumor models小节,以及online supplemental methods中麻醉方案和TMA构建细节 |
| 抗体特异性验证 | α-OX40L抗体克隆D6K7R在GeoMx DSP和IHC中的使用,OX40L+与OX40L− HeLa细胞及H1581细胞沉淀的验证结果 阅读提示:Results中OX40L expressed in the tumor compartment段落,Figure 1E,F图注 |