SCI后铁死亡及SIRT6表达检测
验证SCI后是否发生铁死亡以及SIRT6表达变化
建立小鼠SCI模型,在伤后多个时间点检测铁死亡标志物ACSL4、GPX4、Fe2+、MDA、GSH、ROS及SIRT6表达,并通过免疫荧光定位SIRT6细胞类型
STUB1 stabilizes sirtuin 6 via K63-linked ubiquitination to promote NRF2 deacetylation for enhanced ferroptosis resistance after spinal cord injury
涵盖小鼠SCI模型、原代神经元、NRF2-KO小鼠及IP/MS、Co-IP、泛素化等功能与机制验证
C57BL/6小鼠T8脊髓损伤模型 原代小鼠皮层神经元机械划伤模型 NRF2-KO小鼠脊髓损伤模型 HEK293T细胞
SCI小鼠模型:8周龄雄性C57BL/6,T8段打击损伤,打击器Model 68097,5 g重物从6.5 cm高度落下 原代神经元处理:erastin 12 µM处理24 h;机械划伤4×4网格(4-mm间距) AAV注射:5×109 vg,1 μL,200 nL/min,损伤中心头尾各1 mm,深度1 mm Ferrostatin-1处理:1 mg/kg/day,SCI前7天开始腹腔注射,每日一次至处死 行为学评估时间点:伤后第1、3、7、14、21、28天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证SCI后是否发生铁死亡以及SIRT6表达变化
建立小鼠SCI模型,在伤后多个时间点检测铁死亡标志物ACSL4、GPX4、Fe2+、MDA、GSH、ROS及SIRT6表达,并通过免疫荧光定位SIRT6细胞类型
在体外验证铁死亡及SIRT6表达变化
原代皮层神经元培养7天后,进行机械划伤损伤或erastin处理,检测SIRT6、ACSL4、GPX4表达及细胞活力、Fe2+、MDA、GSH、ROS水平
验证SIRT6过表达或敲低对erastin诱导的神经元铁死亡的影响
使用慢病毒调控SIRT6表达,检测铁死亡相关蛋白、细胞活力、Fe2+、MDA、GSH、ROS及线粒体形态
验证SIRT6过表达在SCI小鼠中抑制铁死亡并促进功能恢复
SCI后立即注射AAV-SIRT6或AAV-Con,检测铁死亡标志物、氧化应激、轴突再生、神经元存活及行为学功能
验证SIRT6是否与NRF2结合并使其去乙酰化,促进核转位
Co-IP检测内源和外源SIRT6与NRF2相互作用;敲低SIRT6检测NRF2乙酰化水平及核转位;过表达SIRT6并敲低NRF2检测铁死亡指标
鉴定STUB1与SIRT6的相互作用及STUB1介导的泛素化类型
IP/MS鉴定SIRT6相互作用蛋白;Co-IP验证内源和外源STUB1与SIRT6相互作用;构建STUB1截短体定位结合结构域;泛素化实验使用泛素突变体确定连接类型
验证STUB1是否通过稳定SIRT6在体内抑制铁死亡并促进功能恢复
SCI后注射AAV-STUB1和/或AAV-shSIRT6,检测铁死亡标志物、氧化应激、轴突再生、神经元存活及行为学功能
验证NRF2是否为STUB1/SIRT6介导的神经保护所必需
在NRF2-KO小鼠中注射AAV-Con、AAV-SIRT6或AAV-STUB1,检测铁死亡相关蛋白、行为学功能、轴突再生和神经元存活
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 打击器(Model 68097) | RWD | 68097 |
| 细胞培养 | DMEM/F12(1:1)完全培养基 | -- | -- |
| neurobasal维持培养基 | -- | -- | |
| 多聚-L-赖氨酸 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 胰蛋白酶 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 药物处理 | MG132 | Beyotime | S1748 |
| CHX | MedChemExpress | HY-12320 | |
| erastin | Beyotime | SC0224 | |
| Ferrostatin-1 | MedChemExpress | HY-100579 | |
| RNA提取与逆转录 | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| qRT-PCR | SYBR Green PCR预混液 | Applied Biosystems | -- |
| ABI 7900快速实时PCR系统 | applied biosystems | -- | |
| 质粒转染 | Lipofectamine 3000试剂 | Invitrogen | -- |
| 免疫荧光 | AlexaFluor 488或594 | Jackson ImmunoResearch | -- |
| DAPI | Invitrogen | -- | |
| 荧光显微镜(Stellaris STED) | LEICA | -- | |
| 细胞活力检测 | Cell Counting Kit-8 | Dojindo | -- |
| 酶标仪(ELx800) | Bio-Tek | -- | |
| 脂质过氧化检测 | 脂质过氧化(MDA)检测试剂盒 | Abcam | ab118970 |
| 谷胱甘肽检测 | 谷胱甘肽检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | CS0260 |
| 铁含量检测 | 铁含量检测试剂盒 | Abcam | ab83366 |
| 活性氧检测 | 活性氧检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| 流式细胞仪(FACSCalibur) | BD Biosciences | -- | |
| DHE染色 | DHE | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 透射电镜 | Tecnai电子显微镜 | FEI Corporation | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| HRP偶联二抗 | Jackson ImmunoResearch | -- | |
| 免疫沉淀 | protein A/G琼脂糖珠 | Santa Cruz Biotechnology | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| SCI动物模型建立 | 小鼠品系、周龄、性别、损伤节段、打击器型号、打击重量和高度、麻醉方式、术后护理 阅读提示:Methods中Animals and SCI model小节 |
| AAV注射 | AAV血清型、启动子、注射剂量、体积、注射速度、注射位点、注射深度 阅读提示:Methods中Adeno-associated virus infection小节 |
| 原代神经元培养与体外损伤 | 小鼠出生后天数、脑区、消化酶、培养基成分、接种密度、划伤工具和网格参数 阅读提示:Methods中Cell lines and primary neuron culture及In vitro mechanical scratch injury小节 |
| erastin处理 | erastin浓度、处理时间、溶剂 阅读提示:Methods中Cell lines and primary neuron culture小节及Figure 2、3图注 |
| Ferrostatin-1处理 | 给药剂量、途径、起始时间、频率 阅读提示:Methods中Animals and SCI model小节 |
| 行为学评估 | 评估时间点、盲法设计、随机化方法、BMS评分标准、转棒参数、足迹分析染料 阅读提示:Methods中Functional behavioral analysis、Basso mouse scale、Rotarod test、Footprint analysis小节 |
| 泛素化实验 | 泛素突变体类型、转染质粒、MG132处理浓度和时间、IP抗体 阅读提示:Methods中Plasmids and lentiviral infection及Results中泛素化实验描述 |
| IP/MS | 抗体、beads、裂解液、质谱平台 阅读提示:Methods中Immunoprecipitation with mass spectrometry (IP/MS)小节 |