用于监测组织特异性衰老和疾病的历史学衰老特征

Histological aging signatures for monitoring tissue-specific aging and disease

作者信息Ernesto Abila, Iva Buljan, Yimin Zheng, Lisa Kleissl, Sigrid Klotz, Tamas Veres, Zhilong Weng, Maja Nackenhorst, Rizqah Kamies, Anja Michl, Safwen Kadri, Samir Moustafa, Wolfgang Hulla, Matthias Perkonigg, Mathias Drach, Philipp Tschandl, Barbara Sterniczky, Matthias Heinig, Laurens J De Sadeleer, Wim Wuyts, Bart Vanaudenaerde, Laurens J Ceulemans, Daniel D Buchanan, Lochlan J Fennell, Georg Stary, Yuri Tolkach, Adelheid Wöhrer, Herbert B Schiller, André F Rendeiro
PMID42601488
期刊Nat Med
发布时间2026-09
DOI10.1038/s41591-026-04566-5

实验完整度

高

包含体外模型、独立队列、多组学数据和功能验证。

主要模型

GTEx队列983个个体的40种组织类型 独立验证队列:脑、肺、皮肤组织 ARCHS4血液样本队列:健康个体和七种慢性疾病患者

重点核对

组织时钟在GTEx队列中的MAE为4.88年,R²为0.69 外部验证队列中脑、肺、皮肤的Pearson相关系数分别为0.56、0.76、0.46 年龄差距与端粒长度负相关,在食管、胃、肾、前列腺和胰腺中尤为显著 年龄差距与亚临床病理富集相关,如动脉钙化和肌肉萎缩 血液预测的组织特异性年龄差距在八种疾病独立队列中验证,如中风患者脑年龄差距显著升高

摘要

衰老是慢性疾病的主要风险因素,其特征是人类组织的深刻结构和构架重塑。在此,我们利用来自基因型-组织表达队列中983个个体的40种组织类型的25,712张全切片组织病理学图像,对这些变化进行了全面评估。通过利用深度学习,我们量化了细微的形态学改变,以开发‘组织时钟’,即反映组织结构完整性和生理适应性的生物年龄预测因子。这些时钟与已建立的衰老标志物相关,如端粒损耗、亚临床病理和合并症。通过对器官间生物衰老速率的系统评估,我们确定了组织特异性年龄加速与人口统计学、生活方式和医学因素的关联,突出了可能影响组织衰老的可改变风险因素。此外,通过整合配对的组织学和转录组数据,我们开发了一种直接从血液样本预测组织特异性年龄差距的策略。我们通过在八个常见疾病(包括阿尔茨海默病、中风和克罗恩病)的独立队列中识别疾病相关的器官衰老,验证了这种方法。这项工作将组织结构定位为衰老过程中分子和细胞变化的关键整合者,证明组织病理学成像为监测组织特异性衰老提供了一个稳健的框架,并为理解健康和疾病中器官水平的生理衰退提供了一个可扩展的基础。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
衰老如何影响人类组织架构,以及能否通过组织病理学图像量化生物年龄并预测疾病相关衰老?
核心机制
衰老导致组织结构重塑,组织时钟通过深度学习提取形态学特征预测生物年龄,反映组织结构和生理适应性,并与分子和临床因素相关。
主要证据
利用GTEx队列25,712张WSIs训练组织时钟,MAE为4.88年;外部验证显示脑、肺、皮肤相关系数分别为0.56、0.76、0.46;年龄差距与端粒长度、病理和合并症相关;血液预测模型在独立疾病队列中验证。
研究意义
将组织结构定位为衰老过程中分子和细胞变化的关键整合者,证明组织病理学成像为监测组织特异性衰老提供稳健框架,并为理解健康和疾病中器官水平生理衰退提供可扩展基础。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

组织病理学图像采集与处理

获取并预处理全切片图像以提取形态学特征。

从GTEx项目获取25,712张WSIs,进行前景分割和分块,用于深度学习模型分析。

2

深度学习模型微调

训练模型从组织图像中提取特征并分类组织类型。

在平衡了组织、性别和年龄的数据集上微调多种视觉模型架构,然后提取特征向量。

3

组织时钟构建与年龄差距计算

训练回归模型预测生物年龄并计算年龄差距。

使用线性模型和交叉验证,从WSI特征预测年龄,计算预测年龄与 chronological age 的偏差。

4

组织时钟验证与泛化评估

在独立队列中验证组织时钟的预测性能。

应用GTEx训练的时钟到独立脑、肺、皮肤队列,计算相关性和误差。

5

组织学与分子数据整合分析

探究组织学年龄差距与基因表达、DNA甲基化和病理的关联。

整合RNA-seq、DNA甲基化数据和病理注释,分析年龄差距与分子特征的关系。

6

血液预测组织特异性年龄差距

开发从血液基因表达预测组织年龄差距的模型。

使用Ridge回归从血液基因表达预测组织特异性年龄差距,并在独立疾病队列中验证。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
Leica Biosystems Aperio ScanScopeLeica Biosystems--
Aperio GT 450 DXLeica Biosystems--
Hamamatsu C9600-12Hamamatsu--
Axioscan 7Zeiss--
Leica RM2235Leica--
SuperFrost Plus载玻片VWR6310108
Dako Cover StainerAgilent--
Infinium HumanMethylationEPIC芯片Illumina--
NVIDIA RTX A6000 GPUNVIDIA--
NVIDIA H100 GPUNVIDIA--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
组织时钟训练
模型类型、交叉验证策略、协变量
阅读提示:Methods中的'Tissue clocks and estimation of age gaps'
外部验证
验证队列来源、样本量、组织类型
阅读提示:Methods中的'Independent histopathological image datasets'和'Fig. 1h'
血液预测模型
基因过滤标准、回归模型参数、交叉验证
阅读提示:Methods中的'Prediction of age gaps from blood gene expression'