组织病理学图像采集与处理
获取并预处理全切片图像以提取形态学特征。
从GTEx项目获取25,712张WSIs,进行前景分割和分块,用于深度学习模型分析。
Histological aging signatures for monitoring tissue-specific aging and disease
包含体外模型、独立队列、多组学数据和功能验证。
GTEx队列983个个体的40种组织类型 独立验证队列:脑、肺、皮肤组织 ARCHS4血液样本队列:健康个体和七种慢性疾病患者
组织时钟在GTEx队列中的MAE为4.88年,R²为0.69 外部验证队列中脑、肺、皮肤的Pearson相关系数分别为0.56、0.76、0.46 年龄差距与端粒长度负相关,在食管、胃、肾、前列腺和胰腺中尤为显著 年龄差距与亚临床病理富集相关,如动脉钙化和肌肉萎缩 血液预测的组织特异性年龄差距在八种疾病独立队列中验证,如中风患者脑年龄差距显著升高
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取并预处理全切片图像以提取形态学特征。
从GTEx项目获取25,712张WSIs,进行前景分割和分块,用于深度学习模型分析。
训练模型从组织图像中提取特征并分类组织类型。
在平衡了组织、性别和年龄的数据集上微调多种视觉模型架构,然后提取特征向量。
训练回归模型预测生物年龄并计算年龄差距。
使用线性模型和交叉验证,从WSI特征预测年龄,计算预测年龄与 chronological age 的偏差。
在独立队列中验证组织时钟的预测性能。
应用GTEx训练的时钟到独立脑、肺、皮肤队列,计算相关性和误差。
探究组织学年龄差距与基因表达、DNA甲基化和病理的关联。
整合RNA-seq、DNA甲基化数据和病理注释,分析年龄差距与分子特征的关系。
开发从血液基因表达预测组织年龄差距的模型。
使用Ridge回归从血液基因表达预测组织特异性年龄差距,并在独立疾病队列中验证。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 图像采集 | Leica Biosystems Aperio ScanScope | Leica Biosystems | -- |
| Aperio GT 450 DX | Leica Biosystems | -- | |
| Hamamatsu C9600-12 | Hamamatsu | -- | |
| Axioscan 7 | Zeiss | -- | |
| 组织切片 | Leica RM2235 | Leica | -- |
| SuperFrost Plus载玻片 | VWR | 6310108 | |
| 染色 | Dako Cover Stainer | Agilent | -- |
| DNA甲基化 | Infinium HumanMethylationEPIC芯片 | Illumina | -- |
| 计算 | NVIDIA RTX A6000 GPU | NVIDIA | -- |
| NVIDIA H100 GPU | NVIDIA | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 组织时钟训练 | 模型类型、交叉验证策略、协变量 阅读提示:Methods中的'Tissue clocks and estimation of age gaps' |
| 外部验证 | 验证队列来源、样本量、组织类型 阅读提示:Methods中的'Independent histopathological image datasets'和'Fig. 1h' |
| 血液预测模型 | 基因过滤标准、回归模型参数、交叉验证 阅读提示:Methods中的'Prediction of age gaps from blood gene expression' |