患者入组与样本采集
获取组织学确诊急性阑尾炎的儿童PBMC样本以分析基因表达
2019年4月至8月期间在Charité–Universitätsmedizin Berlin前瞻性纳入7-17岁临床疑似急性阑尾炎患者,进行阑尾切除术,采集外周血分离PBMC。
Gene expression patterns associated with influenza A and type I hypersensitivity in childhood appendicitis
单中心前瞻性队列,检测PBMC中IAV相关和过敏相关基因表达,行Spearman相关分析,无功能验证
29例组织学确诊急性阑尾炎的7-17岁儿童患者外周血单核细胞(PBMC)
PBMC样本:来自29例组织学确诊急性阑尾炎的儿童,血液采集后1小时内分离PBMC,RIN≥8 基因表达检测:使用NucleoSpin RNA Plus Kit提取RNA,Low Input QuickAmp Labeling Kit生成cRNA,微阵列分析 统计分析:Spearman相关系数,显著性阈值P<0.01,相关系数分级依据Cohen标准 排除标准:既往保守治疗、合并症、两周内抗生素治疗、RIN<8
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取组织学确诊急性阑尾炎的儿童PBMC样本以分析基因表达
2019年4月至8月期间在Charité–Universitätsmedizin Berlin前瞻性纳入7-17岁临床疑似急性阑尾炎患者,进行阑尾切除术,采集外周血分离PBMC。
定量检测IAV相关、I型超敏反应相关和炎症标志物基因的mRNA表达
使用NucleoSpin RNA Plus Kit提取RNA,Low Input QuickAmp Labeling Kit生成荧光cRNA,使用Agilent微阵列和Feature Extraction Software V11获取数据。
分析各基因表达之间的数学相关性
计算非参数Spearman相关系数,评估基因表达之间的相关性,使用GraphPad Prism 11.0f软件,显著性设定为P<0.01。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | NucleoSpin RNA Plus试剂盒 | Macherey-Nagel | -- |
| cRNA合成与标记 | Low Input QuickAmp标记试剂盒 | Agilent Technologies | -- |
| 微阵列数据分析 | Feature Extraction软件V11 | Agilent Technologies | -- |
| 统计分析 | GraphPad Prism软件版本11.0.f | GraphPad | -- |
| 热图生成 | heatmapper2 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者入组与样本采集 | 年龄范围7-17岁,组织学确诊急性阑尾炎,排除标准(既往保守治疗、合并症、两周内抗生素、RIN<8),血液采集至PBMC分离时间<1小时 阅读提示:Methods第一段 |
| RNA提取与微阵列 | RIN≥8,使用NucleoSpin RNA Plus Kit和Low Input QuickAmp Labeling Kit,GE1_1105_Oct12协议 阅读提示:Methods第二段 |
| 统计分析 | Spearman相关系数,双侧检验,P<0.01,相关系数分级标准(Cohen分类) 阅读提示:Methods第三段 |