临床样本中CBS表达与预后的关联分析
验证CBS表达是否与卵巢癌进展、生存及转移相关。
分析公开患者数据集及内部109例HGSOC组织芯片,进行CBS免疫组化、H评分、生存分析及转移相关性逻辑回归分析。
Cystathionine beta-synthase promotes anoikis resistance and transcoelomic metastasis in ovarian cancer via SP1- ITGB1 regulation
含患者TMA队列、多种细胞系2D/3D模型、小鼠体内转移模型及蛋白质组学,并有功能与机制验证
COV318、A2780-CP20、OVCAR8卵巢癌细胞系 2D单层与3D失巢凋亡抵抗球体培养 6周龄雌性Nu/J小鼠经腹腔转移模型 109例卵巢癌患者组织芯片及患者腹水样本
CBS siRNA敲低(转染96 h)在2D和3D培养中的敲低效率 CBS沉默球体中细胞活力及活/死细胞比例 CBS沉默后ITGB1表达及FAK信号变化 SP1在ITGB1启动子上的ChIP-qPCR富集及mithramycin(25 nM)抑制 GYY4137(1 mM)对CBS沉默球体表型的回补
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证CBS表达是否与卵巢癌进展、生存及转移相关。
分析公开患者数据集及内部109例HGSOC组织芯片,进行CBS免疫组化、H评分、生存分析及转移相关性逻辑回归分析。
确定CBS对卵巢癌细胞存活的作用。
在COV318、A2780-CP20、OVCAR8单层细胞中siRNA敲低CBS,观察形态、进行phalloidin染色和Western blot检测PARP1剪切。
验证CBS对锚定非依赖存活和失巢凋亡抵抗的作用。
将细胞在poly-HEMA包被板中培养48 h富集失巢凋亡抵抗细胞,随后siRNA敲低CBS 96 h,检测球体活力、大小及活/死细胞染色。
明确CBS对球体干性、EMT程序及组织结构的影响。
对CBS沉默球体进行Western blot和免疫荧光检测干性因子、EMT标志物及H&E组织切片分析。
验证ITGB1是否为CBS调控球体形成的关键下游分子。
在CBS沉默球体中检测ITGB1蛋白和mRNA表达、FAK信号及免疫荧光定位。
验证SP1是否介导CBS对ITGB1的转录调控。
过表达CBS并联合mithramycin处理,检测ITGB1和SP1蛋白;ChIP-qPCR验证SP1在ITGB1启动子的结合。
验证CBS来源H2S是否使SP1发生过硫化修饰。
在CBS表达、CBS沉默及GYY4137补充的OVCAR8细胞中进行改良biotin-switch assay,检测SP1过硫化。
验证H2S能否恢复CBS缺失导致的球体功能缺陷。
在CBS沉默COV318球体中加入GYY4137,检测球体大小、活力、PARP1剪切、SP1、ITGB1、vimentin及纤连蛋白黏附。
验证CBS沉默是否减少卵巢癌球体在体内的转移性锚定。
将荧光标记的CBS表达或沉默球体来源单细胞注射入6周龄Nu/J雌鼠,4 h后取大网膜观察。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 3D细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒8/CCK-8检测试剂盒/WST-8检测试剂盒 | -- | -- |
| 失巢凋亡检测 | 钙黄绿素AM | -- | -- |
| 溴化乙锭同源二聚体 | -- | -- | |
| Western blot | Clarity™ Western ECL底物 | -- | -- |
| Super Signal West Atto | -- | -- | |
| Bio-Rad Chemidoc™成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 球体和单层细胞培养 | 聚甲基丙烯酸羟乙酯 | -- | -- |
| 免疫荧光 | CytoPainter鬼笔环肽-iFluor 647试剂 | CytoPainter | -- |
| 流式细胞术 | APC偶联CD24抗体 | -- | -- |
| Ghost Dye™ Violet 510 | -- | -- | |
| Stratedigm-4流式细胞仪 | Stratedigm | -- | |
| 体内转移模型 | Invitrogen分子探针CellTracker Red CMTPX染料 | Invitrogen | -- |
| ChIP-qPCR | Magna ChIP™ A/G染色质免疫沉淀试剂盒 | Millipore | 17-10085 |
| Covaris E220超声破碎仪 | Covaris | -- | |
| CBS过表达实验 | FLAG-CBS-pcDNA3质粒 | -- | -- |
| SP1抑制实验 | 光辉霉素 | -- | -- |
| H2S回补实验 | GYY4137 | -- | -- |
| 图像采集 | Nikon Eclipse Ti2E倒置荧光显微镜 | Nikon | -- |
| 图像分析 | ImageJ Fiji软件 | -- | -- |
| 组织芯片图像分析 | HALO:病理定量图像分析工具 | HALO | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | TMA队列109例OvCa患者及12例正常卵巢、12例输卵管组织;CBS抗体1:100;转移分组非转移n=12、腹膜/大网膜转移n=97 阅读提示:Methods中Tumor microarray analysis部分及Fig. 1D–I图注 |
| 2D单层细胞CBS敲低 | 细胞系COV318、A2780-CP20、OVCAR8;siRNA转染;3个独立生物学重复;cleaved PARP1检测 阅读提示:Methods中Cell culture和Western blot部分及Fig. 2J–L图注 |
| 3D球体形成与CBS敲低 | poly-HEMA包被60 mm板;球体形成48 h;siRNA转染96 h;3个独立生物学重复 阅读提示:Methods中Spheroid formation部分及Fig. 3A图注 |
| 失巢凋亡检测 | Calcein-AM 2 µM与ethidium-homodimer 4 µM染色30 min;Z-stack图像采集;FITC/TRITC荧光强度定量 阅读提示:Methods中Anoikis assay部分及Fig. 3E–J图注 |
| SP1-ITGB1机制验证 | CBS过表达质粒转染24 h;mithramycin 25 nM处理24 h;ChIP使用Magna ChIP™ A/G试剂盒;染色质剪切至200–500 bp;6对ITGB1启动子引物 阅读提示:Methods中CBS overexpression and SP1 inhibition assay、Chromatin immunoprecipitation and qPCR部分及Fig. 7I–K图注 |
| H2S回补实验 | GYY4137 1 mM处理最后24 h(敲低后72 h开始);纤连蛋白包被96孔板,每孔2000个细胞;黏附1 h和2 h 阅读提示:Methods中Spheroid formation和Fibronectin attachment assay部分及Fig. 8C–H图注 |
| 体内大网膜转移模型 | 6周龄雌性Nu/J小鼠;荧光标记球体来源单细胞注射;注射后4 h取大网膜;n=5 阅读提示:Methods中Preclinical model of OvCa transcoelomic metastasis部分及Fig. 6A、6E–F图注 |