多组学与机器学习识别ALOX5作为慢性鼻窦炎伴鼻息肉中铁死亡相关上皮屏障功能障碍的驱动因子

Multi-omics and machine learning identify ALOX5 as a ferroptosis-associated driver of epithelial barrier dysfunction in chronic rhinosinusitis with nasal polyps

作者信息Ziheng Huang, Huiqin Zhou, Li Wang, Yuanyuan Yang, Xiaoqiang Chen, Chengxun Li, Hongmeng Yu, Desheng Wang
PMID42751055
发布时间2026-09-07
DOI10.1016/j.waojou.2026.101456

实验完整度

高

含GEO数据集分析、单细胞测序、临床组织验证、原代鼻上皮细胞功能与机制实验,多层级证据

主要模型

GSE136825和GSE72713整合的鼻息肉组织转录组数据集 GSE179265外部验证数据集 单细胞RNA-seq数据集HRA000772 原代人鼻上皮细胞(pHNECs)

重点核对

RSL3浓度0.5 μM、处理24 h诱导pHNECs铁死亡 si-ALOX5-1转染敲低ALOX5效率 RT-qPCR验证13例CRSwNP和20例对照的枢纽基因表达 Western blot检测ALOX5、ACSL4、GPX4、SLC7A11及α-tubulin 免疫荧光检测ZO-1和Claudin-1与ALOX5的共定位和相关性

摘要

慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)是一种常见的上气道慢性炎症性疾病,其潜在发病机制仍不完全清楚。本研究以内质网应激(ERS)相关基因集为分析起点,系统筛选并识别与CRSwNP密切相关的核心基因。通过整合加权基因共表达网络分析(WGCNA)、差异表达分析和多种机器学习算法,识别出4个枢纽基因(ALOX5、HMOX1、PXDN和CARD9),这些基因对CRSwNP均表现出良好的诊断性能(AUC = 0.863–0.962,P < 0.05)。采用RT-qPCR、Western blotting和免疫组织化学验证这些枢纽基因在CRSwNP组织中的异常表达。值得注意的是,ALOX5的表达水平与CRSwNP临床严重程度呈显著正相关(R = 0.40–0.41,P < 0.01)。单细胞转录组分析进一步揭示,铁死亡相关特征在CRSwNP患者的鼻上皮细胞中显著富集。免疫荧光染色和原代鼻上皮细胞实验表明,ALOX5表达与上皮紧密连接蛋白呈负相关,且靶向ALOX5可有效调控铁死亡过程。总之,本研究识别了在CRSwNP中具有潜在诊断价值和功能相关性的枢纽基因,并阐明了ALOX5介导的上皮铁死亡在疾病进展中的潜在参与,从而为CRSwNP的精准诊断和靶向治疗提供了新见解。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
内质网应激相关基因是否参与CRSwNP上皮铁死亡及其调控机制如何?
核心机制
ALOX5介导的脂质过氧化和铁死亡导致鼻上皮紧密连接蛋白ZO-1和Claudin-1减少,破坏上皮屏障完整性。
主要证据
多组学与机器学习筛选出枢纽基因;临床组织RT-qPCR、Western blot和IHC验证ALOX5上调并与疾病严重程度正相关;单细胞测序显示铁死亡评分升高;pHNECs中ALOX5敲低减轻RSL3诱导的铁死亡、脂质过氧化和细胞损伤。
研究意义
为CRSwNP的精准诊断和靶向治疗提供了新见解,提示ALOX5是连接代谢失调与慢性炎症放大的核心分子枢纽。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

生物信息学筛选与机器学习鉴定枢纽基因

从转录组数据中筛选与CRSwNP和ERS相关的核心基因

整合GSE136825和GSE72713数据集,WGCNA鉴定CRSwNP相关模块,差异表达分析,与ERS基因集取交集获得26个DEERGs,PPI网络及cytoHubba筛选14个基因,LASSO、SVM-RFE和随机森林交集获得4个枢纽基因,构建ANN模型并用ROC评估诊断性能。

2

外部数据集验证枢纽基因表达

评估枢纽基因诊断特征的稳健性和可重复性

使用独立GEO数据集GSE179265作为外部验证队列,评估枢纽基因在CRSwNP和对照组中的差异表达。

3

临床组织验证枢纽基因表达及临床相关性

在临床样本中验证枢纽基因表达并分析其与疾病严重程度的相关性

收集临床鼻组织样本,RT-qPCR检测枢纽基因mRNA表达,Western blot和IHC检测ALOX5蛋白表达和定位,Pearson相关分析ALOX5表达与Lund-Kennedy和Lund-Mackay评分的关系。

4

单细胞转录组分析上皮细胞铁死亡特征

在细胞类型特异性背景下探索ALOX5和铁死亡在鼻上皮细胞中的作用

处理HRA000772单细胞RNA-seq数据,质控、降维聚类、细胞类型注释,GSVA评估鼻上皮细胞中细胞死亡通路活性,GSEA分析ALOX5富集通路,CellChat推断细胞通讯。

5

免疫荧光分析ALOX5与紧密连接蛋白相关性

验证ALOX5表达与上皮紧密连接蛋白的关系

对鼻组织切片进行免疫荧光染色,检测ALOX5、ZO-1和Claudin-1的定位和表达,定量荧光强度并进行相关性分析。

6

原代鼻上皮细胞功能实验验证ALOX5在铁死亡中的作用

探究ALOX5在RSL3诱导的鼻上皮细胞铁死亡中的功能

分离培养pHNECs,RSL3处理诱导铁死亡,si-ALOX5敲低后检测细胞活力、LDH释放、MDA水平、ROS和Fe2+积累、铁死亡相关蛋白表达。

7

分子对接与调控网络构建及小分子药物预测

预测靶向ALOX5的潜在小分子化合物并构建ALOX5调控网络

CMap分析预测靶向ALOX5的小分子化合物,分子对接评估结合亲和力,构建ALOX5-TF-miRNA-lncRNA调控网络。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
Dispase IIBeyotimeST2339
PneumaCult™-Ex培养基Stemcell05008
0.05%胰蛋白酶-EDTAGibco25300062
RIPA裂解液BeyotimeP0013B
蛋白酶抑制剂MCEHY-K0010
磷酸酶抑制剂MCEHY-K0021
BCA蛋白定量试剂盒Absinabs9232
SDS上样缓冲液BeyotimeP0015L
PVDF膜Millipore--
无蛋白快速封闭液EpizymePS108P
抗体稀释液EpizymePS119L
增强化学发光试剂APExBIOK1233
抗ALOX5抗体Proteintech10021-1-Ig
抗ACSL4抗体Proteintech22401-1-AP
抗GPX4抗体Proteintech67763-1-Ig
抗SLC7A11抗体Proteintech26864-1-AP
抗α-微管蛋白抗体Proteintech66031-1-Ig
HRP标记山羊抗小鼠IgGProteintechSA00001-1
HRP标记山羊抗兔IgGProteintechSA00001-2
抗ZO-1抗体Proteintech66452-1-Ig
抗Claudin-1抗体ServicebioGB15032
Alexa Fluor 488驴抗兔--A21206
Alexa Fluor 594驴抗小鼠--A21209
DAPIAPExBIOC3362
脂质过氧化MDA检测试剂盒BeyotimeS0131S
铁死亡荧光检测试剂盒BeyotimeC1190S
LDH细胞毒性检测试剂盒BeyotimeC0018S
CCK-8检测试剂盒BeyotimeC0037
RSL3----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
生物信息学分析与机器学习
数据集GSE136825、GSE72713、GSE179265的样本分组和数量;差异表达阈值;WGCNA软阈值;机器学习算法参数
阅读提示:Methods中Gene expression profiles、Identification of differentially expressed genes、WGCNA、Machine learning and clinical features analysis小节及Supplementary Fig. 1、2
单细胞转录组分析
数据集HRA000772的样本来源和数量;质控标准;高变基因数;细胞类型注释标记;GSVA基因集
阅读提示:Methods中Single-cell RNA-seq data processing and analysis小节及Supplementary Table S5、S6
临床样本验证
CRSwNP和对照的纳入排除标准;样本来源部位;RT-qPCR样本量;抗体稀释比例;评分标准
阅读提示:Methods中Clinical data collection、RT-qPCR、Western blot、Immunohistochemistry小节及Supplementary Table S1、S4
原代鼻上皮细胞功能实验
pHNECs分离培养条件;RSL3浓度和处理时间;si-ALOX5序列和转染条件;检测时间点;重复数
阅读提示:Methods中Isolation and culture of primary human nasal epithelial cells、Malondialdehyde assay、Assessment for ROS and Fe2+ level、LDH release assay、Cell viability assay小节及Figure 8
分子对接与药物预测
CMap分析输入基因列表;对接软件和参数;PDB和PubChem来源结构
阅读提示:Methods中Identification of small molecule drugs、Molecular docking analysis小节及Supplementary Table S7