生物信息学筛选与机器学习鉴定枢纽基因
从转录组数据中筛选与CRSwNP和ERS相关的核心基因
整合GSE136825和GSE72713数据集,WGCNA鉴定CRSwNP相关模块,差异表达分析,与ERS基因集取交集获得26个DEERGs,PPI网络及cytoHubba筛选14个基因,LASSO、SVM-RFE和随机森林交集获得4个枢纽基因,构建ANN模型并用ROC评估诊断性能。
Multi-omics and machine learning identify ALOX5 as a ferroptosis-associated driver of epithelial barrier dysfunction in chronic rhinosinusitis with nasal polyps
含GEO数据集分析、单细胞测序、临床组织验证、原代鼻上皮细胞功能与机制实验,多层级证据
GSE136825和GSE72713整合的鼻息肉组织转录组数据集 GSE179265外部验证数据集 单细胞RNA-seq数据集HRA000772 原代人鼻上皮细胞(pHNECs)
RSL3浓度0.5 μM、处理24 h诱导pHNECs铁死亡 si-ALOX5-1转染敲低ALOX5效率 RT-qPCR验证13例CRSwNP和20例对照的枢纽基因表达 Western blot检测ALOX5、ACSL4、GPX4、SLC7A11及α-tubulin 免疫荧光检测ZO-1和Claudin-1与ALOX5的共定位和相关性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从转录组数据中筛选与CRSwNP和ERS相关的核心基因
整合GSE136825和GSE72713数据集,WGCNA鉴定CRSwNP相关模块,差异表达分析,与ERS基因集取交集获得26个DEERGs,PPI网络及cytoHubba筛选14个基因,LASSO、SVM-RFE和随机森林交集获得4个枢纽基因,构建ANN模型并用ROC评估诊断性能。
评估枢纽基因诊断特征的稳健性和可重复性
使用独立GEO数据集GSE179265作为外部验证队列,评估枢纽基因在CRSwNP和对照组中的差异表达。
在临床样本中验证枢纽基因表达并分析其与疾病严重程度的相关性
收集临床鼻组织样本,RT-qPCR检测枢纽基因mRNA表达,Western blot和IHC检测ALOX5蛋白表达和定位,Pearson相关分析ALOX5表达与Lund-Kennedy和Lund-Mackay评分的关系。
在细胞类型特异性背景下探索ALOX5和铁死亡在鼻上皮细胞中的作用
处理HRA000772单细胞RNA-seq数据,质控、降维聚类、细胞类型注释,GSVA评估鼻上皮细胞中细胞死亡通路活性,GSEA分析ALOX5富集通路,CellChat推断细胞通讯。
验证ALOX5表达与上皮紧密连接蛋白的关系
对鼻组织切片进行免疫荧光染色,检测ALOX5、ZO-1和Claudin-1的定位和表达,定量荧光强度并进行相关性分析。
探究ALOX5在RSL3诱导的鼻上皮细胞铁死亡中的功能
分离培养pHNECs,RSL3处理诱导铁死亡,si-ALOX5敲低后检测细胞活力、LDH释放、MDA水平、ROS和Fe2+积累、铁死亡相关蛋白表达。
预测靶向ALOX5的潜在小分子化合物并构建ALOX5调控网络
CMap分析预测靶向ALOX5的小分子化合物,分子对接评估结合亲和力,构建ALOX5-TF-miRNA-lncRNA调控网络。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Dispase II | Beyotime | ST2339 |
| PneumaCult™-Ex培养基 | Stemcell | 05008 | |
| 0.05%胰蛋白酶-EDTA | Gibco | 25300062 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶抑制剂 | MCE | HY-K0010 | |
| 磷酸酶抑制剂 | MCE | HY-K0021 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Absin | abs9232 | |
| SDS上样缓冲液 | Beyotime | P0015L | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 无蛋白快速封闭液 | Epizyme | PS108P | |
| 抗体稀释液 | Epizyme | PS119L | |
| 增强化学发光试剂 | APExBIO | K1233 | |
| 抗ALOX5抗体 | Proteintech | 10021-1-Ig | |
| 抗ACSL4抗体 | Proteintech | 22401-1-AP | |
| 抗GPX4抗体 | Proteintech | 67763-1-Ig | |
| 抗SLC7A11抗体 | Proteintech | 26864-1-AP | |
| 抗α-微管蛋白抗体 | Proteintech | 66031-1-Ig | |
| HRP标记山羊抗小鼠IgG | Proteintech | SA00001-1 | |
| HRP标记山羊抗兔IgG | Proteintech | SA00001-2 | |
| 免疫荧光 | 抗ZO-1抗体 | Proteintech | 66452-1-Ig |
| 抗Claudin-1抗体 | Servicebio | GB15032 | |
| Alexa Fluor 488驴抗兔 | -- | A21206 | |
| Alexa Fluor 594驴抗小鼠 | -- | A21209 | |
| DAPI | APExBIO | C3362 | |
| 脂质过氧化检测 | 脂质过氧化MDA检测试剂盒 | Beyotime | S0131S |
| 铁死亡检测 | 铁死亡荧光检测试剂盒 | Beyotime | C1190S |
| 细胞毒性检测 | LDH细胞毒性检测试剂盒 | Beyotime | C0018S |
| 细胞活力检测 | CCK-8检测试剂盒 | Beyotime | C0037 |
| 铁死亡诱导 | RSL3 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物信息学分析与机器学习 | 数据集GSE136825、GSE72713、GSE179265的样本分组和数量;差异表达阈值;WGCNA软阈值;机器学习算法参数 阅读提示:Methods中Gene expression profiles、Identification of differentially expressed genes、WGCNA、Machine learning and clinical features analysis小节及Supplementary Fig. 1、2 |
| 单细胞转录组分析 | 数据集HRA000772的样本来源和数量;质控标准;高变基因数;细胞类型注释标记;GSVA基因集 阅读提示:Methods中Single-cell RNA-seq data processing and analysis小节及Supplementary Table S5、S6 |
| 临床样本验证 | CRSwNP和对照的纳入排除标准;样本来源部位;RT-qPCR样本量;抗体稀释比例;评分标准 阅读提示:Methods中Clinical data collection、RT-qPCR、Western blot、Immunohistochemistry小节及Supplementary Table S1、S4 |
| 原代鼻上皮细胞功能实验 | pHNECs分离培养条件;RSL3浓度和处理时间;si-ALOX5序列和转染条件;检测时间点;重复数 阅读提示:Methods中Isolation and culture of primary human nasal epithelial cells、Malondialdehyde assay、Assessment for ROS and Fe2+ level、LDH release assay、Cell viability assay小节及Figure 8 |
| 分子对接与药物预测 | CMap分析输入基因列表;对接软件和参数;PDB和PubChem来源结构 阅读提示:Methods中Identification of small molecule drugs、Molecular docking analysis小节及Supplementary Table S7 |