Vldlr–/–小鼠视网膜新生血管化表型验证
确认Vldlr–/–小鼠存在视网膜新生血管化病理
对P46 Vldlr+/+和Vldlr–/–小鼠视网膜进行IB4标记,全mount成像评估浅层新生血管簇和视网膜下新生血管化,并进行定量分析。
Single-Nucleus RNA Sequencing Highlights Endothelial and Müller Cell ER Stress During Retinal Neovascularization in Vldlr-/- Mouse
包含snRNA-seq、免疫荧光、ERG及血管定量,涉及转录组和蛋白验证两个独立证据层级。
P46 Vldlr–/–小鼠视网膜 P46 Vldlr+/+小鼠视网膜 P52 Vldlr–/–小鼠 P52 Vldlr+/+小鼠
snRNA-seq:5只Vldlr+/+和5只Vldlr–/–小鼠视网膜,P46,10x Genomics平台 免疫荧光:4只Vldlr+/+和4只Vldlr–/–小鼠,P46,每只10-15张切片,抗体稀释度KDEL 1:200、CHOP 1:400、IB4 1:400、GS 1:400、GFAP-Cy3 1:400 ERG:7只Vldlr+/+和7只Vldlr–/–小鼠,P52,暗适应12小时,scotopic 40 cd·s/m2,photopic 10 cd·s/m2 IB4全mount定量:4只Vldlr+/+和4只Vldlr–/–小鼠,P46 统计:Welch's t-test或Mann–Whitney test,显著性P<0.05
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确认Vldlr–/–小鼠存在视网膜新生血管化病理
对P46 Vldlr+/+和Vldlr–/–小鼠视网膜进行IB4标记,全mount成像评估浅层新生血管簇和视网膜下新生血管化,并进行定量分析。
确定Vldlr–/–小鼠在新生血管化早期是否出现视网膜功能损伤
对P52小鼠进行ERG记录,包括暗适应和明适应条件下的a波、b波以及振荡电位(OP1–OP4)。
识别Vldlr–/–视网膜中细胞类型特异性的转录组变化
对P46 Vldlr+/+和Vldlr–/–视网膜进行snRNA-seq,使用10x Genomics平台,进行细胞分群、注释和差异表达分析。
评估Vldlr–/–视网膜各细胞类型中UPR基因集的表达变化
使用110基因UPR基因集,在snRNA-seq数据中分析各视网膜细胞类型的UPR基因表达变化,并进行GO富集分析。
验证ER应激和UPR激活在内皮细胞和Müller细胞中的蛋白水平表达
对P46 Vldlr+/+和Vldlr–/–视网膜切片进行KDEL、CHOP、IB4、GS、GFAP免疫荧光染色,共聚焦显微镜成像,定量分析异常血管和Müller突起中KDEL和CHOP阳性比例。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物处死 | EUTHASOL | Virbac Corporation | -- |
| 组织包埋 | O.C.T.包埋剂 | Sakura Finetek USA | -- |
| 免疫荧光 | Superfrost Plus载玻片 | Fisher Scientific | -- |
| 正常山羊血清 | Jackson ImmunoResearch Laboratories | -- | |
| 抗GFAP–Cy3偶联抗体(小鼠单克隆) | MilliporeSigma | MAB3402C3 | |
| IB4(isolectin B4) | Invitrogen | 121412 | |
| KDEL(克隆10C3) | Enzo Life Sciences | ADI-SPA-827 | |
| CHOP(克隆L63F7) | Cell Signaling Technology | AB_2089254 | |
| 抗谷氨酰胺合成酶(GS) | MilliporeSigma | MAB302 | |
| Alexa Fluor偶联二抗(山羊抗小鼠546;山羊抗兔488) | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 含DAPI的VECTASHIELD封片剂 | Vector Laboratories | -- | |
| 共聚焦成像 | Nikon A1R共聚焦显微镜 | Nikon Corporation | -- |
| ERG | Celeris ERG系统 | Diagnosys | -- |
| 丙美卡因(0.5%) | -- | -- | |
| 托吡卡胺(1%) | -- | -- | |
| 羟丙甲纤维素眼用润滑剂(Systane) | Alcon | -- | |
| snRNA-seq | 10x Genomics单细胞3′平台 | 10x Genomics | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型与样本 | 小鼠品系:Vldlr–/– (B6;129S7-Vldlrtm1Her/J, JAX:002529) 和 C57BL/6J野生型 (JAX:000664);年龄:P46(snRNA-seq、免疫荧光、IB4全mount)和P52(ERG);每组动物数量及性别:snRNA-seq每组5只,IB4全mount每组4只,免疫荧光每组4只,ERG每组7只;饲养条件:12小时光/暗循环,自由饮食。 阅读提示:Methods中Animals小节。 |
| snRNA-seq | 平台:10x Genomics Single Cell 3′;测序:DNBSEQ;分析软件:CellRanger 7.2.0、Seurat 3.0.2;质控标准:<200基因、>90th百分位基因数、top 15%线粒体RNA去除;双细胞去除:DoubletDetection;整合:Harmony;聚类:FindClusters分辨率0.5;差异表达阈值:logFC ≥ 0.25,调整P ≤ 0.05;最终细胞核数:Vldlr+/+ 7919,Vldlr–/– 7894。 阅读提示:Methods中Single-Nucleus RNA Sequencing and Data Processing小节。 |
| 免疫荧光 | 切片厚度:20 µm;封闭:10%正常山羊血清1小时;一抗孵育:4°C过夜;抗体稀释度:GFAP-Cy3 1:400,IB4 1:400,KDEL 1:200,CHOP 1:400,GS 1:400;二抗:Alexa Fluor 546/488,1:400,室温2小时;封片:VECTASHIELD with DAPI;成像:Nikon A1R共聚焦。 阅读提示:Methods中Immunohistochemistry小节。 |
| ERG | 系统:Celeris ERG;暗适应:12小时;麻醉:ketamine 80–90 mg/kg + xylazine 5–10 mg/kg;瞳孔扩张:tropicamide 1% + phenylephrine 10%;scotopic刺激:40 cd·s/m2;photopic刺激:10 cd·s/m2,光适应7分钟;15次闪光平均;测量指标:a波、b波、OP1–OP4。 阅读提示:Methods中Electroretinography小节。 |
| 血管定量 | 图像分析软件:ImageJ Fiji;浅层NVT参数:数量、面积百分比、密度、平均面积;外层SRNV参数:数量、面积百分比、密度、平均面积;统计方法:Welch's t-test;样本量:每组4只。 阅读提示:Methods中Quantification of Retinal Vasculature in Vldlr–/– Mice小节及Figure 1图注。 |