OM和BM Mφ的分离与纯化
从新生小鼠颅骨和骨髓中分别获得高纯度的OM和BM Mφ。
新生小鼠颅骨经EDTA和胶原酶消化获得颅骨细胞(NCC),新生骨髓经冲洗、裂解红细胞获得骨髓细胞(NBM);通过流式细胞术分选CD45+F4/80+细胞,分别作为OM和BM Mφ。
Neonatal Osteomacs and Bone Marrow Macrophages Differ in Phenotypic Marker Expression and Function
包含单细胞qRT-PCR、CyTOF、体外增殖实验、破骨细胞分化实验、吞噬实验及QPCR验证,涉及多个证据层级(基因、蛋白、功能)。
新生C57Bl/6小鼠颅骨来源的骨巨噬细胞(OM) 新生C57Bl/6小鼠骨髓来源的巨噬细胞(BM Mφ) CD166基因敲除(CD166−/−)新生小鼠的OM和BM Mφ
MCSF浓度:20 ng/ml,用于增殖和破骨细胞分化实验 RANKL浓度:80 ng/ml,用于破骨细胞分化实验 TPO浓度:100 ng/ml,用于破骨细胞分化实验 LPS浓度:100 ng/ml,用于M1极化;IL-4和IL-10浓度:各10 ng/ml,用于M2极化 破骨细胞鉴定:TRAP染色,计数多核(≥3个核)细胞
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从新生小鼠颅骨和骨髓中分别获得高纯度的OM和BM Mφ。
新生小鼠颅骨经EDTA和胶原酶消化获得颅骨细胞(NCC),新生骨髓经冲洗、裂解红细胞获得骨髓细胞(NBM);通过流式细胞术分选CD45+F4/80+细胞,分别作为OM和BM Mφ。
比较OM和BM Mφ在单细胞水平上90个基因的表达差异。
使用Fluidigm C1系统捕获单细胞,反转录并预扩增,在BioMark HD系统上进行qPCR,分析90个基因的表达,比较两组间的差异。
从蛋白水平鉴定OM和BM Mφ的表面和胞内标记物差异。
使用包含17种表面和13种胞内抗体的panel,通过CyTOF 2质谱流式细胞仪分析OM和BM Mφ,用FlowSOM和viSNE进行聚类和可视化。
检测OM和BM Mφ在基础状态和MCSF刺激下的增殖能力。
将分选的OM和BM Mφ以25,000细胞/孔接种于96孔板,在有无MCSF(20 ng/ml)条件下培养24和48小时,用MTS法和细胞计数检测增殖。
比较OM和BM Mφ在MCSF和RANKL诱导下的破骨细胞形成能力,并评估CD166和CD110(TPO)的作用。
将分选的OM和BM Mφ以7,500-15,000细胞/孔接种,在αMEM+10%FBS中加入MCSF和RANKL培养5-7天,TRAP染色计数破骨细胞;或在RANKL单独存在下培养验证自分泌;或用CD166敲除小鼠的细胞或添加TPO(100 ng/ml)处理。
检测OM和BM Mφ在基础状态及M1/M2极化后的吞噬能力。
将细胞以75,000-100,000细胞/孔接种,培养过夜;用LPS(100 ng/ml)诱导M1极化,或用IL-4+IL-10(各10 ng/ml)诱导M2极化,处理24或48小时后,加入pHrodo™ Red BioParticles®共孵育1-2小时,用ImageStream分析吞噬。
验证表型标记物(CD86、CD80、Arg1)及细胞因子(IL-6、IL-10)在静息和极化状态下的表达差异。
提取总RNA,反转录后使用SYBR Green或Taqman探针进行QPCR,以GAPDH为内参,计算2ΔCt值。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞分选 | CD45抗体 | Biolegend | -- |
| F4/80抗体 | Biolegend | -- | |
| 流式分析 | CD110(生物素化单克隆抗体) | Takara Bio | -- |
| 链霉亲和素偶联Pacific Blue | Biolegend | -- | |
| 单细胞qRT-PCR | C1单细胞自动制备系统 | Fluidigm | -- |
| BioMark HD系统 | Fluidigm | -- | |
| CyTOF分析 | Cell-ID顺铂活力染色 | DVS Sciences (Fluidigm) | -- |
| Fc受体封闭剂 | Biolegend | -- | |
| Maxpar Perm-S缓冲液 | DVS Sciences (Fluidigm) | -- | |
| Cell-ID铱嵌入剂 | DVS Sciences (Fluidigm) | -- | |
| EQ校准微球 | DVS Sciences (Fluidigm) | -- | |
| CyTOF 2质谱流式细胞仪 | DVS Sciences (Fluidigm) | -- | |
| 细胞增殖实验 | CellTiter 96® AQueous非放射性细胞增殖检测试剂盒(MTS) | Promega | G5421 |
| BioTek Cytation 5成像酶标仪 | BioTek | -- | |
| 破骨细胞分化 | 重组小鼠MCSF | Peprotech | -- |
| 重组小鼠RANKL | Peprotech | -- | |
| TRAP染色试剂盒 | Sigma | -- | |
| 吞噬实验 | pHrodo™ Red BioParticles® | Life Technologies | -- |
| 脂多糖内毒素 | -- | -- | |
| 白细胞介素-4 | -- | -- | |
| 白细胞介素-10 | -- | -- | |
| ImageStream(Amnis) | Amnis | -- | |
| RNA提取 | RNeasy试剂盒 | Qiagen | -- |
| cDNA合成 | Transcriptor第一链cDNA合成试剂盒 | Roche | -- |
| QPCR | Fast SYBR™ Green Master Mix | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Taqman Fast Advance master mix | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| QuantStudio 6 Flex实时荧光定量PCR系统 | ThermoFisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞分离与分选 | 小鼠品系(C57BL/6J)、年龄(新生3-5天)、组织来源(颅骨、骨髓)、细胞标记(CD45、F4/80) 阅读提示:Methods: Preparation of OM and neonatal calvarial cells (NCC) and neonatal bone marrow (NBM); Cell staining, flow cytometry, and cell sorting |
| 单细胞qRT-PCR | 细胞数量(200,000 cells/ml)、捕获芯片型号(C1 IFC 10-17μm用于OM,5-10μm用于BM Mφ)、基因数(90) 阅读提示:Methods: Single cell qRT-PCR |
| CyTOF分析 | 抗体panel(17表面+13胞内)、Brefeldin A浓度(10 μg/ml,处理3小时)、细胞数量(3.5 million)、仪器(CyTOF 2) 阅读提示:Methods: Mass cytometry (CyTOF) |
| 细胞增殖实验 | 细胞数量(25,000细胞/孔)、MCSF浓度(20 ng/ml)、培养时间(24、48小时) 阅读提示:Methods: Cell proliferation assays; Figure 3 legend |
| 破骨细胞分化实验 | 细胞数量(7.5×10^3-1.5×10^4/孔)、MCSF浓度(20 ng/ml)、RANKL浓度(80 ng/ml)、TPO浓度(100 ng/ml,如适用)、培养时间(5-7天)、TRAP染色鉴定标准(≥3个核) 阅读提示:Methods: Osteoclast differentiation; Figure 4 and 5 legends |
| 吞噬实验 | 细胞数量(7.5×10^4-1×10^5/孔)、MCSF浓度(10 ng/ml)、LPS浓度(100 ng/ml)、IL-4和IL-10浓度(各10 ng/ml)、处理时间(24或48小时)、pHrodo BioParticles孵育时间(1-2小时) 阅读提示:Methods: Phagocytosis assay; Figure 6 legend |
| QPCR实验 | 引物序列(Supplemental Table 2)、内参基因(GAPDH)、计算方式(2ΔCt) 阅读提示:Methods: RNA extraction and QPCR analysis; Figure 7 legend |