构建Csf1r单倍剂量不足CLL小鼠模型
在生理相关背景下研究Csf1r表达水平对CLL进展的影响
将Csf1r+/−小鼠与Eμ-TCL1转基因小鼠杂交,获得TCL1tg/wtCsf1r+/+和TCL1tg/wtCsf1r+/−队列,进行生存监测和血液分析
Reduced colony-stimulating factor 1 receptor expression in myeloid cells has limited impact on chronic lymphocytic leukaemia progression
包含Eμ-TCL1转基因小鼠体内模型、患者原代CLL细胞体外共培养、CRISPR-Cas9敲除及RNA测序,具功能与机制验证
Eμ-TCL1转基因CLL小鼠与Csf1r+/−小鼠杂交队列 MacCsf1r+/+与MacCsf1r−/−小鼠巨噬细胞系 THP-1 Scr与THP-1 CSF1R−/−人巨噬细胞 患者来源原代CLL细胞
TCL1tg/wtCsf1r+/+与TCL1tg/wtCsf1r+/−小鼠在8月龄外周血CLL细胞百分比 MacCsf1r+/+与MacCsf1r−/−巨噬细胞共培养时患者CLL细胞存活率(Annexin V/7-AAD) THP-1 Scr与THP-1 CSF1R−/−巨噬细胞共培养时患者CLL细胞存活率 患者CLL细胞向巨噬细胞迁移的流式检测 CSF1R−/−巨噬细胞转录组差异表达基因及GO/GSEA分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
在生理相关背景下研究Csf1r表达水平对CLL进展的影响
将Csf1r+/−小鼠与Eμ-TCL1转基因小鼠杂交,获得TCL1tg/wtCsf1r+/+和TCL1tg/wtCsf1r+/−队列,进行生存监测和血液分析
验证Csf1r单倍剂量不足对髓系细胞区室和受体表达的影响
通过流式细胞术纵向分析外周血CD11b+单核细胞、脾和骨髓髓系细胞频率,检测CD45+CD11b+细胞的Csf1r表达MFI;免疫组化检测脾CD68+巨噬细胞
确定Csf1r单倍剂量不足是否改变白血病进展
纵向流式检测外周血CD45+CD19+CD5+ CLL细胞,计算绝对数量;检测脾和肝重量、脾和骨髓CLL浸润、脾CD45R+免疫组化;Ki-67染色检测增殖
验证CSF1R缺失是否影响巨噬细胞对CLL细胞存活和迁移的支持
将患者来源CLL细胞与MacCsf1r+/+、MacCsf1r−/−或THP-1 Scr、THP-1 CSF1R−/−巨噬细胞共培养,检测CLL细胞存活(Annexin V/7-AAD)和迁移
探究CSF1R缺失对巨噬细胞转录谱的影响
对THP-1 Scr、THP-1 CSF1R−/−、MacCsf1r+/+和MacCsf1r−/−细胞进行3'端mRNA测序,差异表达分析、GO和GSEA分析
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 血液采集 | EDTA包被微量采血管 | Sarstedt | -- |
| 细胞培养 | Dulbecco改良Eagle培养基 | Gibco | -- |
| RPMI培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | PAN-Biotech | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| 小鼠粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子 | BioLegend | -- | |
| THP-1单核细胞系 | DSMZ | ACC16 | |
| CRISPR/Cas9敲除 | Cas9-eGFP慢病毒载体 | Thermo Fisher | -- |
| 靶向人CSF1R的gRNA-1 | Thermo Fisher | CAACGCTACCTTCCAAAACA | |
| 靶向人CSF1R的gRNA-2 | Thermo Fisher | GAACGTGCTAGCACAGGAGG | |
| 靶向人CSF1R的gRNA-3 | Thermo Fisher | AACGGTGACCTTGCGATGTG | |
| 靶向人CSF1R的gRNA-4 | Thermo Fisher | GGACACTGGGCTCTATCACT | |
| 对照gRNA | Invitrogen LentiArray™ | GTACGTCGGTATAACTCCTC | |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | Carl Roth | -- |
| 脂质体制备 | 1,2-二棕榈酰-sn-甘油-3-磷酸胆碱 | -- | -- |
| 胆固醇 | -- | -- | |
| DSPE-PEG(2000)-氨基 | -- | -- | |
| 盐酸多柔比星 | -- | -- | |
| THP-1分化 | 佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯 | Sigma-Aldrich | -- |
| 流式分析 | Annexin V抗体 | BioLegend | -- |
| MACSQuant X流式细胞仪 | Miltenyi Biotec | -- | |
| RNA提取 | RNeasy Mini试剂盒 | Qiagen | -- |
| RNA测序 | NovaSeq 6000测序系统 | Illumina | -- |
| Illumina TruSeq链特异性NEB建库方案 | New England Biolabs | -- | |
| 血液分析 | XE-5000血液分析仪 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠模型与分组 | Csf1r+/−小鼠遗传背景(C57BL6J x C3Heb/FeJ)、Eμ-TCL1转基因小鼠背景(C57BL/6J)、杂交后代基因型分组、饲养于无病原体设施 阅读提示:Methods 'Mouse experiments'小节及Results中TCL1tg/wtCsf1r+/+与TCL1tg/wtCsf1r+/−命名 |
| 外周血CLL负荷纵向分析 | 采血时间点(2、4、6、8、10、12月龄)、CLL细胞标记(CD45+CD19+CD5+)、流式检测MFI归一化方式、样本量(n=36与n=34) 阅读提示:Methods 'Mouse experiments'、Results 'Loss of one Csf1r allele...'及Figure 3A-C图注 |
| 体外共培养与存活/迁移检测 | 巨噬细胞与CLL细胞接种比例(1×10^5:5×10^5)、GM-CSF浓度(200 ng/mL)、PMA分化浓度(100 ng/mL)与时间(48h)、Annexin V/7-AAD染色、迁移实验技术三重复 阅读提示:Methods 'CLL co-culture and viability assays'小节及Figure 5图注 |
| CRISPR/Cas9敲除THP-1 CSF1R | 慢病毒转导MOI(5和10)、离心条件(800 rpm, 120 min/90 min, 37°C)、gRNA序列、嘌呤霉素筛选浓度(0.75 μg/mL)与时间(>7天) 阅读提示:Methods 'Generation of CSF1R knockout THP-1 cells via CRISPR/Cas 9'小节及Figure 5C、Figure S2 |
| RNA测序与转录组分析 | THP-1分化条件(100 ng/mL PMA, 48h)、每重复细胞数(1×10^6)、生物学三重复、MacCsf1r培养基GM-CSF浓度(10 ng/mL)、测序平台及分析流程(nf-core rnaseq、DESeq2、clusterProfiler) 阅读提示:Methods 'Next-generation messenger ribonucleic acid (mRNA) sequencing'小节及Figure 6、Figure S3图注 |