评估常规缺氧模拟剂对SHED的效果和毒性
确定CoCl2和DFO是否能有效稳定HIF-1α并促进VEGF分泌,同时评估其细胞毒性。
用不同浓度CoCl2和DFO处理SHED,通过Western blot检测HIF-1α,ELISA检测VEGF,CCK-8检测细胞活力。
Optimal Hypoxia Mimetic Small Molecules for Enhancing Angiogenic Properties of Stem Cells From Human Exfoliated Deciduous Teeth
含体外细胞模型、体内SCID小鼠Matrigel plug模型及RNA测序,并有siRNA和venetoclax机制验证。
SHED细胞系(AllCells LLC, passages 4–7) HUVECs(ScienCell, passages 3–6) SCID/CB17小鼠Matrigel plug模型 PHD2敲低SHED转录组数据
SHED处理浓度:TW-37 10 μM、ML228 1 μM、CPX 7 μM,处理24 h CoCl2和DFO的浓度梯度及细胞毒性剂量 体内Matrigel plug实验:SCID小鼠,n=6 plugs/组,植入7天 HIF-1α敲低使用siRNA(4390824)转染24 h后加TW-37处理24 h 所有体外实验至少三个独立生物学重复(n=3)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定CoCl2和DFO是否能有效稳定HIF-1α并促进VEGF分泌,同时评估其细胞毒性。
用不同浓度CoCl2和DFO处理SHED,通过Western blot检测HIF-1α,ELISA检测VEGF,CCK-8检测细胞活力。
识别能模拟PHD2敲低SHED转录组特征的候选小分子。
对PHD2敲低SHED进行RNA测序,差异表达基因与cMAP数据库比对,根据连接分数排序。
确定TW-37、ML228和CPX稳定HIF-1α和促进VEGF分泌的最佳浓度。
用不同浓度小分子处理SHED 6 h和24 h,Western blot检测HIF-1α,ELISA检测VEGF,并收集条件培养基用于后续实验。
确定小分子在有效浓度下的细胞毒性及安全性。
用CCK-8检测细胞活力,Live/Dead assay检测细胞死亡,观察24 h、48 h、72 h时间点。
验证小分子处理的SHED是否能通过旁分泌作用促进内皮细胞管形成和发芽。
收集小分子处理或预处理SHED的条件培养基,用于HUVECs的Matrigel管形成实验和纤维蛋白球体发芽实验。
验证小分子预处理的SHED在体内是否促进血管生成并评估安全性。
SHED经小分子预处理24 h后与Matrigel混合注射到SCID小鼠皮下,7天后 harvest plugs,进行H&E、CD31免疫组化、TUNEL和Ki67染色。
探究TW-37是否具有优于CoCl2的促血管生成和代谢适应特性。
用10 μM TW-37或0.5 mM CoCl2处理SHED 3 h和24 h,进行RNA测序和生物信息学分析(ssGSEA、GO、KEGG)。
确定TW-37的作用是否通过HIF-1α而非Bcl-2抑制。
用venetoclax(Bcl-2抑制剂)和siHIF-1α处理SHED,检测HIF-1α蛋白、下游基因(HK1、HK2、LDHA)mRNA和VEGF分泌。
检查TW-37预处理是否为可逆的细胞静止效应,并评估体内安全性。
SHED用10 μM TW-37预处理24 h,洗脱后培养7天,CCK-8检测细胞活力;体内Matrigel plug进行TUNEL和Ki67染色。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | α-改良Eagle培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 内皮细胞培养基 | ScienCell | -- | |
| 内皮细胞生长补充剂 | -- | -- | |
| 药物处理 | 去铁胺 | Sigma Aldrich | -- |
| 环吡酮胺 | Sigma Aldrich | -- | |
| ML228 | R&D Systems | -- | |
| TW-37 | Beyotime | -- | |
| 维奈托克 | Selleck | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| BCA蛋白检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| PVDF膜 | GE Healthcare Life Science | -- | |
| HIF-1α一抗 | BD Biosciences | -- | |
| GAPDH一抗 | Cell Signalling Technology | -- | |
| Bcl-2一抗 | Santa Cruz | -- | |
| β-actin一抗 | Santa Cruz | -- | |
| ECL化学发光HRP底物试剂盒 | WesternBrightTM, Advansta | -- | |
| ELISA | 人VEGF DuoSet ELISA试剂盒 | R&D Systems | -- |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂 | APExBIO | -- |
| 活/死细胞检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 体外血管生成实验 | Matrigel基质胶 | Corning | -- |
| μ-Slide 15孔板 | Ibidi | -- | |
| 纤维蛋白原 | Sigma Aldrich | -- | |
| 抑肽酶 | Sigma Aldrich | -- | |
| 凝血酶 | Sigma Aldrich | -- | |
| 免疫组化 | 兔抗人CD31 | Abcam | -- |
| 兔抗小鼠CD31 | Abcam | -- | |
| Ki67抗体 | Proteintech China | -- | |
| 小鼠和兔特异性HRP/DAB检测IHC试剂盒 | Abcam | -- | |
| RT-qPCR | RNAfast200试剂盒 | Fastagen | -- |
| TB Green Premix试剂盒 | Takara | -- | |
| siRNA转染 | 预制备siRNA | Thermo Fisher Scientific | 4390824 |
| Lipofectamine RNAiMAX试剂 | Invitrogen | -- | |
| RNA测序 | Trizol试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| TUNEL实验 | 原位细胞死亡检测试剂盒 | Roche | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小分子处理SHED | TW-37浓度10 μM、ML228浓度1 μM、CPX浓度7 μM;处理时间24 h;细胞汇合度80% 阅读提示:参见Methods 2.2和2.4小节,以及Figure 2C |
| 体内Matrigel plug实验 | SCID/CB17小鼠,雄性,6周龄,20-40 g,n=12;每组6个plug;SHED数量3×10^6;Matrigel体积400 μL;植入7天;随机分组 阅读提示:参见Methods 2.11小节和Figure 5 |
| HIF-1α敲低 | siRNA序列4390824,阴性对照4390843;转染后24 h加TW-37处理24 h;Lipofectamine RNAiMAX用量未明确 阅读提示:参见Methods 2.15小节和Figure 7D-F |
| 细胞活力检测 | CCK-8检测时间点24、48、72 h;活/死染色时间点24、48、72 h;阳性对照70%乙醇 阅读提示:参见Methods 2.6、2.8小节及Figure 1I,J和Figure 3 |
| 体外管形成和发芽实验 | HUVECs种子密度未明确;Matrigel体积10 μL;观察时间点2、6、12、24 h;发芽实验HUVECs 8×10^4 cells/mL,spheroid培养24 h 阅读提示:参见Methods 2.9和2.10小节及Figure 4 |