样本采集与临床程序
获取不同治疗时间点的微生物样本以分析微生物群动态。
从61例患者收集196个样本:T1和T4为牙表面污染控制样本,T2、T3、T5为根管样本。进行根管消毒和封药。
Distinct Microbiota and Functional Pathway Profiles Define Success and Failure in Regenerative Endodontic Treatment
观察性队列,196样本16S测序,有差异丰度、ROC和功能预测,但无独立功能或机制验证。
外伤性未成熟恒切牙牙髓坏死患者(61例) 根管微生物样本(T2、T3、T5) 牙表面微生物样本(T1、T4)
治疗结局评估:临床和影像学标准,随访48–57个月 样本时间点:T1(初次访视牙表面)、T2(清创前根管)、T3(清创后根管)、T4(二次访视牙表面)、T5(氢氧化钙封药后根管) 16S rRNA V3–V4区测序,Illumina MiSeq平台,QIIME2和DADA2处理 差异丰度分析:ANCOM-BC2、MaAsLin2和LEfSe,T2和T5样本 功能预测:PICRUSt2,映射MetaCyc通路
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取不同治疗时间点的微生物样本以分析微生物群动态。
从61例患者收集196个样本:T1和T4为牙表面污染控制样本,T2、T3、T5为根管样本。进行根管消毒和封药。
获取微生物群落的分类和丰度信息。
使用GenElute Bacterial Genomic DNA Kit提取DNA,扩增16S rRNA V3–V4区,在Illumina MiSeq平台测序。
分析微生物多样性、差异丰度、持久性和功能预测。
使用QIIME2和DADA2处理序列,分类 against eHOMD。进行α/β多样性分析、差异丰度分析(ANCOM-BC2、MaAsLin2、LEfSe)、ROC分析、持久性分析和PICRUSt2功能预测。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA提取 | GenElute细菌基因组DNA提取试剂盒 | Sigma Aldrich | NA2120 |
| 溶菌酶 | Merck | L6876-5G | |
| 变溶菌素 | Merck | M9901-10KU | |
| DNA浓度测定 | NanoDrop仪器 | Thermo Fisher Scientific | 01-058112 |
| 测序 | Illumina MiSeq平台 | Illumina | -- |
| Quick-16S NGS文库制备试剂盒 | -- | -- | |
| 根管封药 | 氢氧化钙 | -- | -- |
| 根管充填 | 矿物三氧化物凝聚体(白色MTA Pro Root) | Dentsply, Maillefer | -- |
| Biodentine | Septodont | -- | |
| 生物陶瓷根修复可压缩膏(EndoSequence BC RRM) | Brasseler | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本采集 | 时间点定义:T1(初次访视牙表面)、T2(清创前根管)、T3(清创后根管)、T4(二次访视牙表面)、T5(氢氧化钙封药后根管);样本量:T1 n=53,T2 n=56,T3 n=29,T4 n=29,T5 n=29。 阅读提示:Methods 2.2 Study Population and Sample Collection; Figure 1 |
| 临床程序 | 消毒剂浓度和时间:0.5%次氯酸钠,15.3% EDTA;封药时间约4周;氢氧化钙作为根管内封药。 阅读提示:Methods 2.4 Clinical and Microbiological Procedures |
| 测序 | 16S rRNA V3–V4区扩增,引物341F和806R,Illumina MiSeq平台,v3试剂盒,10% PhiX。 阅读提示:Methods 2.7 Amplicon Generation and Library Preparation for Sequencing |
| 数据分析 | QIIME2和DADA2处理,分类 against eHOMD v16.01;差异丰度分析使用ANCOM-BC2、MaAsLin2、LEfSe;ROC分析使用pROC。 阅读提示:Methods 2.8–2.12 |
| 结局评估 | 成功和失败定义基于临床和影像学标准,随访48–57个月。 阅读提示:Methods 2.5 Outcome Assessment |