患者队列构建与影像数据采集
建立多中心回顾性队列,获取术前MRI数据以提取影像特征。
从三个医疗中心和三个公共数据集回顾性收集1778例胶质母细胞瘤患者,经排除后纳入836例IDH野生型患者;采集术前MRI序列(T1、T2、FLAIR、T1-C、DSC)。
Biology-informed risk stratification of glioblastoma by integrating MRI-based intratumoral heterogeneity with clinical features: a multicenter validation study
包含多中心患者队列、体外转录组学、组织学与免疫荧光验证等多个独立证据层级,并进行了功能与机制验证。
IDH野生型胶质母细胞瘤患者队列(836例,来自六个中心) 患者来源的肿瘤组织切片(39例来自中心C) 配对MRI与转录组学数据的患者样本(24例来自中心E)
模型验证:训练集349例,空间验证集315例,时间验证集172例 生物学验证:转录组学分析24例,免疫荧光染色39例 风险分层:基于训练集确定的cutoff值(HRS:-0.17,临床风险评分:-0.84,放射-临床风险评分:-0.70) 统计验证:bootstrap重采样1000次进行内部验证,外部验证评估C-index和AUC 机制验证:通过基因集富集分析、ESTIMATE和xCell算法评估免疫浸润,原位杂交分析干性基因表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立多中心回顾性队列,获取术前MRI数据以提取影像特征。
从三个医疗中心和三个公共数据集回顾性收集1778例胶质母细胞瘤患者,经排除后纳入836例IDH野生型患者;采集术前MRI序列(T1、T2、FLAIR、T1-C、DSC)。
从MRI中提取瘤内异质性定量指标,构建栖息地风险评分(HRS)。
使用ONCOhabitats平台进行图像预处理、肿瘤分割、DSC灌注量化,生成四种血管栖息地(HAT、LAT、IPE、VPE),提取16个栖息地衍生指标;基于连通组件分析提出瘤内异质性(ITH)指数;通过Cox回归分析确定独立预测因子并计算HRS。
开发并验证三种预后模型(HRS模型、临床模型、放射-临床模型)对总生存期的预测性能。
在训练集中进行单变量和多变量Cox回归分析,构建三种模型;使用C-index、校准曲线、时间依赖ROC和决策曲线分析评估性能;在空间和时间验证集中进行外部验证;使用bootstrap重采样进行内部验证。
评估模型衍生风险评分对患者进行低风险和高风险分层的有效性。
根据模型风险评分将患者分为低风险和高风险组,使用Kaplan-Meier分析和log-rank检验比较总生存期;分析风险评分与治疗方案的交互作用。
探索模型驱动风险分层的生物学意义,验证高风险和低风险组的分子和细胞特征差异。
对24例配对MRI和转录组学数据的患者进行差异基因表达分析、GO富集、GSEA和GSVA;使用ESTIMATE和xCell算法评估免疫浸润;对39例患者组织切片进行多重免疫荧光染色(CD31、HIF1α、CD8α、αSMA);使用原位杂交分析干性相关基因的空间表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| MRI血管栖息地映射 | ONCOhabitats | Polytechnic University of Valencia | -- |
| 免疫荧光染色 | AR9缓冲液 | Akoya Biosciences | AR900250ML |
| 五色TSA-PPD染料试剂盒 | Panovue | TSA-N-8275 | |
| DAPI | Sigma-Aldrich | D8714 | |
| 免疫荧光成像 | Olympus VS200扫描仪 | Olympus | -- |
| UPLXAPO 20×物镜 | Olympus | -- | |
| 图像分析 | OLYMPUS OlyVIA软件 | Olympus Soft Imaging Solutions GmbH | version 2.9 |
| ImageJ | National Institutes of Health | version 1.52a | |
| 数据可视化 | GraphPad Prism | GraphPad Software Inc | version 9.4.0 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列与分组 | 纳入排除标准、训练集与验证集划分、样本量及事件数 阅读提示:Methods中Participants and study design小节,以及Fig. 1和Table 1 |
| MRI数据采集与处理 | MRI序列类型、扫描参数、图像预处理步骤、肿瘤分割和栖息地映射方法 阅读提示:Methods中MRI scanning protocol, image processing, and metrics measurement小节,以及Supplementary Materials和Table S1 |
| 瘤内异质性指数计算 | ITH指数的具体计算公式、连通组件分析参数、Z-score归一化和重采样 阅读提示:Methods中Definition and calculation of the intratumoral heterogeneity index小节,以及Fig. S2 |
| 模型开发与验证 | Cox回归变量筛选标准、模型构建细节、内部验证方法(bootstrap 1000次)、外部验证集 阅读提示:Methods中Model development and validation小节,以及Table 2、Table 3、Table 4和Table S4-S7 |
| 生物学验证实验 | 转录组学分析阈值(|log2FC|≥0.5,FDR<0.05)、免疫荧光染色抗体稀释比例、原位杂交区域定义 阅读提示:Methods中Gene expression, pathway enrichment, and immune infiltration analyses和Immunofluorescence staining of tumor microenvironment markers小节,以及Table S2和Fig. S3 |