样本收集与处理
收集粪便标本用于比较NxTAG GPP和传统诊断方法的性能。
连续收集159份来自住院患者和门诊患者的粪便标本，立即处理用于标准诊断，剩余标本分装并储存在-70°C用于NxTAG GPP批量分析。
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Luminex® NxTAG®胃肠道病原体检测组合与传统诊断方法在检测腹泻相关胃肠炎中的比较
Comparison of the Luminex® NxTAG® Gastrointestinal Pathogen Panel to traditional diagnostic methods for detecting diarrhoea-associated gastroenteritis
实验完整度
中比较159份粪便标本的分子多重PCR与传统培养/EIA/BD MAX，有功能验证结果，但无动物或体外机制验证。
主要模型
159份粪便标本 住院患者和门诊患者
重点核对
159份粪便标本来自住院患者和门诊患者 NxTAG GPP检测16种胃肠道病原体 传统方法包括培养、酶免疫测定和BD MAX NxTAG GPP总体敏感性97.6%、特异性99.7%、准确性99.5% 传统方法总体敏感性85.2%、特异性99.9%、准确性99.0%
摘要
引言。胃肠道感染仍然是英国发病率和死亡率的主要原因。假设。Luminex® NxTAG®胃肠道病原体检测组合（NxTAG GPP）多重逆转录PCR检测的性能与标准诊断方法相当。目的。在地区综合医院环境中比较NxTAG GPP检测与常规诊断检测方法的分析性能。方法。使用NxTAG GPP检测与传统培养、酶免疫测定和分子方法对来自医院住院患者和门诊诊所的159份粪便标本中的胃肠道病原体进行比较分析。结果。NxTAG GPP检测在159份标本中检出45份阳性（28.3%），阳性率高于传统诊断方法检测到的31份（19.5%）阳性感染（Fisher精确检验P=0.087）。感染由单一病原体引起者40/45（88.9%），但检出的5/45（11.1%）感染为混合感染。传统方法未检出混合感染。弯曲杆菌属是最常见的肠病原体，检出15/52（28.9%）感染。病毒引起26.9%的感染，其中15.4%为诺如病毒。在本研究检测的致病性细菌和病毒中，NxTAG GPP检测的总体敏感性、特异性和准确性分别为97.6%、99.7%和99.5%。本研究未检测到寄生虫，故未纳入比较。结论。NxTAG GPP检测在鉴定胃肠道病原体方面表现出高敏感性和特异性，准确性可与更耗费资源和时间的标准诊断方法相媲美。与常规诊断方法相比，NxTAG GPP有潜力增强患者诊断、缩短周转时间并改善临床结局。
实验结论
提炼研究问题、关键发现与证据，快速把握文章的核心贡献。
- 研究问题
- NxTAG GPP多重RT-PCR检测在地区综合医院环境中与传统诊断方法相比，检测腹泻相关胃肠炎病原体的分析性能如何？
- 核心机制
- NxTAG GPP使用逆转录PCR结合Luminex标签分选系统，在MAGPIX仪器上直接检测粪便样本中的16种胃肠道病原体核酸。
- 主要证据
- 对159份粪便标本进行NxTAG GPP检测和传统方法比较，NxTAG GPP检出28.3%阳性，传统方法检出19.5%，NxTAG GPP总体敏感性97.6%、特异性99.7%、准确性99.5%。
- 研究意义
- NxTAG GPP检测具有高敏感性和特异性，可缩短诊断周转时间，提供更快的临床输入以促进患者治疗，适合临床诊断实验室使用。
研究路径
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
传统诊断方法检测
使用标准方法检测粪便标本中的胃肠道病原体。
门诊样本进行培养、显微镜检查、酶免疫测定等；住院样本使用BD Max肠细菌面板和酶免疫测定。
NxTAG GPP检测
使用多重RT-PCR检测粪便标本中的16种胃肠道病原体。
将粪便样本加入含裂解缓冲液和MS2内标的珠管中， vortex、离心，取上清进行核酸提取，然后进行RT-PCR扩增和珠杂交，在MAGPIX仪器上读取。
性能比较分析
比较NxTAG GPP与传统方法的敏感性和特异性。
计算NxTAG GPP和传统方法的敏感性、特异性和准确性，使用Fisher精确检验比较阳性率。
研究方法
按研究目的归类文中使用的方法，便于定位所需技术。
产品清单
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 传统培养 | 木糖赖氨酸脱氧胆酸盐琼脂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 头孢克肟亚碲酸钾山梨醇麦康凯琼脂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 弯曲杆菌选择性琼脂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 酶免疫测定 | C. Diff Quik Chek Complete®试剂盒 | TechLab® | -- |
| Immunocard STAT!®轮状病毒检测 | Meridian Bioscience | -- | |
| NxTAG GPP检测 | Bertin® SK38土壤试剂盒珠管 | Bertin Corp. | -- |
| NucliSENS® easyMAG®裂解缓冲液 | bioMérieux® | -- | |
| 噬菌体MS2 | -- | -- | |
| KingFisher™ Flex纯化系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Eppendorf® Mastercycler®热循环仪 | Eppendorf | -- | |
| MAGPIX®仪器 | Luminex | -- | |
| 分子检测 | BD Max™肠细菌面板 | Becton, Dickinson and Company | -- |
关键环节
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集 | 样本量159份，收集时间2021年7月9日至9月7日，储存条件-70°C，最长储存10天 阅读提示：Methods中Samples小节 |
| NxTAG GPP检测 | 粪便用量100-150 mg成形或100 µl液体，MS2内标20 µl，提取系统KingFisher Flex，PCR体积35 µl 阅读提示：Methods中NxTAG GPP test method小节 |
| 传统诊断方法 | 门诊样本培养、EIA和显微镜检查条件；住院样本BD Max面板和EIA条件 阅读提示：Methods中Routine outpatient sample testing和Routine inpatient sample testing小节 |
| 性能比较 | 统计方法Fisher精确检验，显著性水平P<0.05，软件GraphPad Prism v.9 阅读提示：Methods中Statistical analysis小节 |