患者入组与表型分类
根据临床表型将患者分组以分析差异
将患者分为ALF、慢性肝病和肝移植后三组,基于PALFSG标准和临床定义。
Clinical spectrum and genetic causes of mitochondrial hepatopathy phenotype in children
前瞻性多中心队列,含患者样本、基因测序、酶学检测和生存分析,具独立证据层级。
MITOHEP队列患者 PALFSG队列患者 患者血液DNA 肝或肌肉组织
入组表型分组:ALF(n=37)、慢性肝病(n=40)、肝移植后(n=9) 遗传检测:HaloPlex靶向基因面板(26个基因)和全外显子组测序 呼吸链酶学检测:肝或肌肉组织或皮肤成纤维细胞 生存分析:Kaplan-Meier曲线和Cox比例风险模型 聚类分析:k-means方法对71例患者的关键变量进行聚类
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
根据临床表型将患者分组以分析差异
将患者分为ALF、慢性肝病和肝移植后三组,基于PALFSG标准和临床定义。
识别线粒体肝病的遗传或酶学病因
使用靶向基因面板和全外显子组测序对患者DNA进行测序,并进行呼吸链酶学检测。
描述临床表现、实验室指标和结局
收集基线人口学、症状、生长参数、实验室和影像学数据,并进行随访。
评估无肝移植生存率及相关因素
使用Kaplan-Meier曲线和Cox比例风险模型分析生存数据。
识别基于临床和实验室变量的患者亚组
对71例有 native liver 的患者进行k-means聚类,使用关键基线变量。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 遗传检测 | HaloPlex富集面板 | -- | -- |
| Illumina HiSeq 2500测序仪 | Illumina | -- | |
| PerkinElmer | PerkinElmer | -- | |
| 数据分析 | R 3.6.2 | -- | -- |
| clustMixType 0.2.11 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者入组和分组 | 入组标准基于MITOHEP和PALFSG标准,分组为ALF、慢性肝病和肝移植后;ALF定义需满足PALFSG标准。 阅读提示:Methods部分入组标准和分组定义 |
| 遗传检测 | 靶向基因面板包含26个基因,全外显子组测序平均覆盖深度>100x,>97%目标碱基≥10x覆盖。 阅读提示:Methods部分Research DNA sequencing小节 |
| 呼吸链酶学检测 | 使用肝或肌肉组织或皮肤成纤维细胞,检测呼吸链酶活性和蓝白非变性电泳。 阅读提示:Methods部分呼吸链酶学检测描述 |
| 生存分析 | 使用Kaplan-Meier曲线和Cox比例风险模型,排除无随访患者。 阅读提示:Methods部分Statistical analysis小节和Figure 3 |
| 聚类分析 | 使用k-means方法,变量包括总胆红素、INR、ALT、AST、乳酸和丙酮酸,需处理缺失值。 阅读提示:Methods部分Clustering analysis小节 |