irColitis患者粪便微生物组分析
验证irColitis发作时是否存在粪便微生物失调。
收集18例irColitis患者和32例无结肠炎对照的粪便样本,进行shotgun宏基因组测序,并与HMP2数据集比较。
Immune-Related Colitis Is Associated with Fecal Microbial Dysbiosis and Can Be Mitigated by Fecal Microbiota Transplantation
包含18例患者粪便宏基因组测序观察性分析及5例FMT病例系列,有临床和微生物组验证,但无动物模型或机制实验。
18例irColitis患者粪便样本 32例无结肠炎对照粪便样本 HMP2公共数据集(CD、UC、nonIBD) 5例接受FMT的难治性irColitis患者
irColitis组18例,无结肠炎组32例,HMP2数据集CD n=65、UC n=38、nonIBD n=27 粪便样本在MSK收集于Cary-Blair培养基中,剩余材料-80°C冻存 FMT使用OpenBiome的FMP-250(250 mL,25 g粪便),经结肠镜给药 宏基因组测序使用KAPA HyperPrep Kit和Illumina HiSeq,目标10-20×10^6 reads,100-bp paired-end 统计显著性设定为双尾p<0.05,使用Wilcoxon rank-sum检验和Fisher精确检验
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证irColitis发作时是否存在粪便微生物失调。
收集18例irColitis患者和32例无结肠炎对照的粪便样本,进行shotgun宏基因组测序,并与HMP2数据集比较。
评估健康供体FMT对类固醇和生物制剂难治性irColitis的临床效果。
5例难治性irColitis患者接受健康供体FMT(FMP-250),通过结肠镜给药,部分患者接受第二次补救FMT。
评估FMT对结肠免疫微环境的影响。
对1例患者FMT前和FMT后250天的结肠活检进行多重免疫荧光染色,分析T细胞、巨噬细胞等免疫细胞。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 粪便样本收集 | Cary-Blair培养基 | Thermo Fisher Scientific | CM0519B |
| 多重免疫荧光 | DAPI | Invitrogen | H1399 |
| ProLong Gold抗淬灭封片剂 | Invitrogen | P36930 | |
| 交换引发剂 | Ultivue | ULT00133 | |
| 交换中和剂 | Ultivue | ULT00131 | |
| Akoya抗体稀释液/封闭液 | Akoya | ARD1001 | |
| Akoya AR9缓冲液 | Akoya | AR900250ML | |
| Opal染料520、570、650和780 | Akoya | -- | |
| 宏基因组测序 | KAPA HyperPrep试剂盒 | Roche | 07962363001 |
| Illumina HiSeq测序系统 | Illumina | -- | |
| FMT治疗 | FMP-250粪便制剂 | OpenBiome | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 粪便样本采集与处理 | 样本收集时间窗口(ICI暴露后100天内)、保存条件(Cary-Blair培养基,-80°C冻存) 阅读提示:Methods中的Sample collection小节 |
| 宏基因组测序 | 测序深度(中位16.2M reads)、文库制备试剂(KAPA HyperPrep Kit)、测序平台(Illumina HiSeq) 阅读提示:Methods中的Metagenomic shotgun sequencing and analysis小节 |
| FMT治疗 | FMT材料来源(OpenBiome)、剂量(250 mL,25 g粪便)、给药方式(结肠镜)、重复FMT标准(至少7天无改善) 阅读提示:Methods中的FMT treatment小节 |
| 多重免疫荧光 | 抗体组合、染色轮次、成像设备(Zeiss AXIO Scanner)、分析软件(Halo) 阅读提示:Methods中的Multiplex immunofluorescence小节及Supplementary Tables S1和S2 |