HCP数据集图像与行为数据采集
获取用于识别阶段分析的高分辨率结构和认知数据。
采集HCP受试者3T T1加权MRI及神经心理学数据,认知测量包括gf(PMAT24_A_CR)和gc(NIH Toolbox晶体认知复合分数)。
Differential Contribution of Cortical Thickness, Surface Area, and Gyrification to Fluid and Crystallized Intelligence
研究基于HCP和INDI两个队列MRI数据,进行了顶点水平形态学与gf/gc的关联分析及重叠分析,并进行了部分重复验证,但无功能验证或机制验证实验。
HCP健康年轻受试者(n=740) INDI健康受试者(n=253)
HCP样本量n=740,年龄范围21–35岁 INDI样本量n=253,年龄范围21–45岁 认知测量工具:HCP测gf用PMAT24_A_CR(0-9),测gc用NIH Toolbox晶体认知复合分数;INDI测gf和gc用WASI(词汇、相似性、积木设计、矩阵推理) MRI参数:HCP使用3T Connectome Skyra,MPRAGE TR=2400 ms,TE=2.14 ms,TI=1000 ms,体素0.7 mm各向同性;INDI使用3T Siemens MAGNETOM TrioTim,MPRAGE TR=1900 ms,TE=2.52 ms,TI=900 ms,体素1 mm各向同性 统计分析控制变量:年龄、性别、总脑体积(TBV),并进行了控制gf/gc及教育年限(≥13年)的敏感性分析 形态学分析:顶点水平线性回归后聚类校正(顶点阈值0.01,聚类P值0.05),10折交叉验证,重复10次
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取用于识别阶段分析的高分辨率结构和认知数据。
采集HCP受试者3T T1加权MRI及神经心理学数据,认知测量包括gf(PMAT24_A_CR)和gc(NIH Toolbox晶体认知复合分数)。
从结构MRI中量化皮层厚度、表面积和脑回化。
使用FreeSurfer v6.0处理T1加权MRI,重建皮层表面,计算顶点水平的皮层厚度、皮层表面积和皮层脑回化指数,并平滑。
识别与gf和gc相关的皮层形态学区域。
将数据分为10折,每次留出1折,在9折上对每个顶点进行线性回归,控制年龄、性别和TBV,检验皮层形态与gf/gc的关联,然后进行聚类校正,重复10次并合并结果。
测试结构关联与已知功能网络的对应关系。
使用Yeo等人(2011)的7个静息态网络,计算与gf和gc相关皮层形态区域的Dice系数。
测试HCP识别出的结构关联在独立数据集中的可重复性。
在INDI数据集(n=253)中,使用WASI测量gf和gc,进行顶点水平分析,并单独检验HCP识别阶段在至少7次迭代中出现的聚类与对应认知测量的关联。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| MRI数据采集 | Connectome Skyra扫描仪 | -- | -- |
| Siemens MAGNETOM TrioTim | Siemens | -- | |
| 图像处理 | FreeSurfer v6.0 | -- | -- |
| FreeSurfer v5.3-HCP | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| HCP样本与认知测量 | 样本量n=740,年龄范围21–35岁,右利手标准>40;gf测量工具PMAT24_A_CR(0-9分);gc测量工具NIH Toolbox晶体认知复合分数。 阅读提示:Methods中Identification Data Set和Behavioral Measures小节 |
| MRI采集参数 | HCP:3T Connectome Skyra,MPRAGE TR=2400 ms,TE=2.14 ms,TI=1000 ms,翻转角8度,FOV 224×224 mm,体素0.7 mm各向同性;INDI:3T Siemens MAGNETOM TrioTim,MPRAGE TR=1900 ms,TE=2.52 ms,TI=900 ms,翻转角9度,FOV 250×250 mm,体素1 mm各向同性。 阅读提示:Methods中MRI Data Acquisition和Replication Data Set小节 |
| 顶点水平关联分析 | 10折交叉验证,每折74人,训练集666人;线性回归控制年龄、性别、TBV;顶点阈值0.01,聚类P值0.05;重复10次合并聚类;敏感性分析使用顶点阈值0.001,不控制TBV,仅教育年限≥13年,控制gf/gc。 阅读提示:Methods中Image Processing and Statistical Analyses小节 |
| 静息态网络重叠分析 | 使用Yeo等人(2011)的7个静息态网络,基于1000名受试者组水平分析;计算Dice系数。 阅读提示:Methods中Overlap with Resting-State fMRI Networks小节 |
| INDI重复验证 | 样本量n=253,年龄范围21–45岁;gf和gc测量使用WASI(词汇、相似性、积木设计、矩阵推理);顶点水平分析控制年龄、性别、TBV;检验HCP识别阶段至少7次迭代的聚类。 阅读提示:Methods中Replication Data Set小节 |