临床样本代谢组学与转录组学分析
识别与抗PD-1治疗耐药相关的代谢特征
对10例NSCLC患者肿瘤组织进行代谢组学和转录组学分析,比较敏感和耐药组差异。
Targeting the PD-L1-induced PDK4/GLS metabolic axis overcomes anti-PD-1 resistance in non-small cell lung cancer
研究包含患者样本代谢组学和转录组学、细胞系功能实验、类器官未提及,动物模型(LLC和乌拉坦诱导)体内验证,并整合RNA-seq、CUT&Tag、代谢流和共培养等分析。
非小细胞肺癌患者肿瘤样本 人肺癌细胞系H1299和SK-MES-1 THP-1来源巨噬细胞 小鼠LLC皮下移植瘤模型和乌拉坦诱导原位肺癌模型
患者样本PD-L1表达与丙酮酸水平的相关性需结合IF共染验证 重组PD-1蛋白刺激细胞浓度和处理时间需确认 MCT1抑制剂AZD3965和ROS清除剂ROS-IN-1的作用浓度与给药方式需核对 PDK4抑制剂M77976和GLS抑制剂CB839的体内给药剂量与方案需明确 抗PD-1抗体体内给药方案及同源小鼠模型分组设置需确认
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别与抗PD-1治疗耐药相关的代谢特征
对10例NSCLC患者肿瘤组织进行代谢组学和转录组学分析,比较敏感和耐药组差异。
验证PD-1/PD-L1相互作用能否驱动肿瘤细胞代谢重编程
使用重组PD-1蛋白处理H1299和SK-MES-1细胞,检测丙酮酸水平、ER应激标志物。
验证ER应激下游ATF4是否直接调控PDK4和GLS表达
通过RNA-seq、CUT&Tag、双荧光素酶报告基因等分析ATF4对PDK4/GLS启动子的结合和激活。
证实PD-1刺激导致葡萄糖氧化被抑制、谷氨酰胺分解增强
使用13C标记的葡萄糖和谷氨酰胺进行稳定同位素示踪,结合Seahorse代谢分析检测OCR。
验证肿瘤分泌的丙酮酸能否诱导巨噬细胞衰老及PD-L1上调
用丙酮酸处理THP-1来源巨噬细胞,检测ROS、SA-β-gal、p16、PD-L1表达等。
在动物模型中验证PD-L1/丙酮酸轴的作用,并评估联合治疗是否能克服抗PD-1耐药
使用LLC皮下移植瘤和乌拉坦诱导肺癌模型,给予抗PD-1单抗及PDK4/GLS抑制剂组合治疗,监测肿瘤生长、免疫细胞浸润。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 代谢组学分析 | 超高效液相色谱-电喷雾-四极杆-静电场轨道阱质谱系统 | Shimadzu | -- |
| ACQUITY UPLC HSS T3色谱柱 | Waters | -- | |
| RNA测序 | NEBNext Ultra II RNA文库制备试剂盒 | New England Biolabs | -- |
| Trizol试剂 | -- | -- | |
| CUT&Tag | Vazyme靶向切割与标签化检测试剂盒 | Vazyme | TD904 |
| 细胞培养 | 胎牛血清 | GIBCO | -- |
| 青霉素-链霉素 | GIBCO | -- | |
| DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| western blot | 总蛋白提取试剂盒 | KGI Biotechnology | KGB5303-10 |
| PVDF膜 | Roche | 3010040001 | |
| Super ECL检测试剂 | YEASEN | 36208ES60 | |
| 化学发光凝胶成像系统 | Vilber | -- | |
| qPCR | Super Fast Pure Cell RNA提取试剂盒 | Vazyme | -- |
| HiScript II Q RT SuperMix(qPCR) | Vazyme | -- | |
| SYBR Green PCR试剂盒 | Vazyme | -- | |
| Applied Biosystems 7900HT系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞处理 | 毒胡萝卜素 | -- | -- |
| 4-苯基丁酸 | -- | -- | |
| PERK抑制剂 | -- | -- | |
| M77976 | -- | -- | |
| CB839 | -- | -- | |
| AZD3965 | -- | -- | |
| ROS-IN-1 | -- | -- | |
| ABT737 | -- | -- | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| 流式细胞术 | CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman | -- |
| BD染色缓冲液 | BD Biosciences | -- | |
| 代谢分析 | Seahorse XF细胞线粒体压力测试试剂盒 | Agilent Technologies | 103015-100 |
| Seahorse XF DMEM培养基 | Agilent Technologies | 103575-100 | |
| Seahorse XF葡萄糖溶液 | Agilent Technologies | 103577-100 | |
| Seahorse XF谷氨酰胺溶液 | Agilent Technologies | 103579-100 | |
| 寡霉素 | -- | -- | |
| FCCP | -- | -- | |
| 免疫荧光 | DAPI | -- | -- |
| 蛋白质检测 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Promega | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本代谢组学 | 样本量、患者临床特征、抗PD-1治疗敏感性分组标准 阅读提示:Materials and methods 部分 'Patient cohorts and clinical sample collection' |
| 细胞培养与处理 | 细胞系来源、培养基组分、重组PD-1蛋白浓度与处理时间 阅读提示:Materials and methods 部分 'Cell lines and cell culture conditions' 和结果部分 'PD-L1-mediated pyruvate accumulation...' |
| 体外PD-1刺激与ER应激诱导 | 重组PD-1蛋白浓度、Thaps浓度、4-PBA浓度、PERK-IN-2浓度、处理时间 阅读提示:Materials and methods 部分 'Protein extraction and western blotting' 和 'Results' 中 figure 2 的相关描述 |
| 代谢通量分析 | 稳定同位素标记底物浓度([U-13C]葡萄糖、[U-13C]谷氨酰胺)、细胞培养时间、代谢物提取方法 阅读提示:Materials and methods 部分 'Stable isotope tracing and metabolic flux analysis' |
| 巨噬细胞衰老实验 | 丙酮酸浓度、处理时间、分化方案(PMA浓度)、SA-β-gal染色时长 阅读提示:Materials and methods 部分 'Senescence-associated β-galactosidase staining' 和 'Results' 中 figure 5 |
| 体内动物模型与治疗 | 细胞接种数量、给药剂量(urethane、M77976、CB839、anti-PD-1抗体等)、给药频率、肿瘤终点指标 阅读提示:Materials and methods 部分 'Animal models and in vivo therapeutic studies' 和 'Results' 中 figure 6 |