样本采集与代谢组学分析
获取围产期不同阶段生物样本并分析代谢谱
收集母体血浆、脐带血和胎便样本,使用LC-MS进行非靶向代谢组学分析,以识别AD与健康组间的差异代谢物。
Early-mid gestation as a critical predictive window for infantile atopic dermatitis: A longitudinal multi-matrix metabolomic study
研究为观察性队列研究,使用非靶向LC-MS代谢组学分析多基质样本,并结合逻辑回归与随机森林进行预测建模;缺乏体外或动物模型等功能验证实验。
母婴出生队列(109对)
AD诊断标准:Williams标准 随访频率:出生后第一年至少每3个月一次 样本采集时间:孕早中期(10-28周)和孕晚期(38-40周)母体血浆、脐带血、胎便(出生后24小时内) 代谢物筛选标准:FDR <0.05 机器学习模型验证:留一法交叉验证
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取围产期不同阶段生物样本并分析代谢谱
收集母体血浆、脐带血和胎便样本,使用LC-MS进行非靶向代谢组学分析,以识别AD与健康组间的差异代谢物。
筛选与AD显著关联的代谢物并评估其风险/保护作用
使用多步筛选(非参数检验,VIP>1,折叠变化>1.2或<0.83)和逻辑回归(校正母龄、BMI、父母过敏)识别显著代谢物,控制FDR<0.05。
探索显著代谢物涉及的生物学通路
利用MetaboAnalyst工具对差异代谢物进行KEGG通路富集分析,揭示不同阶段显著富集的代谢通路。
评估不同围产期窗口的代谢标志物对AD的预测效能
基于临床因素和不同基质中的代谢物,建立随机森林模型(基线,早中孕,晚孕,脐带血,胎便),采用LOOCV评估AUC并进行比较,同时构建简约模型(最多6种代谢物)以排除偏倚。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 液相色谱 | Vanquish超高效液相色谱系统 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 色谱分离 | ACQUITY UPLC HSS T3色谱柱 | Waters | -- |
| 质谱检测 | Orbitrap Exploris 120质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 研究设计 | 纳入排除标准:年龄18-35岁、孕10-28周、无自身免疫病等;排除出生窒息等 阅读提示:Methods:Inclusion and exclusion criteria |
| 样本采集与储存 | 采样时间:孕早中期(10-28周)、孕晚期(38-40周);脐带血出生时;胎便出生24小时内;储存于-80℃ 阅读提示:Methods:Collection of biological samples |
| 代谢组学分析 | 样本前处理(如50mg胎便或50μL血浆加入600μL甲醇溶液等);LC-MS条件(HSS T3柱,40℃,流速0.3mL/min等) 阅读提示:Methods:Metabolomic profiling of biological samples |
| 差异代谢物筛选 | 筛选标准:VIP>1,折叠变化>1.2或<0.83,Mann-Whitney U检验P<0.05,FDR<0.05;逻辑回归校正因子 阅读提示:Methods:Statistical analyses |
| 预测模型评估 | 交叉验证方法:LOOCV;模型性能比较:DeLong方法计算AUC的95%CI,bootstrap检验比较AUC差异 阅读提示:Methods:Statistical analyses |