糖基转移酶的发现与体外表征
鉴定能对多烯底物添加糖基的酶,并测试其底物灵活性。
通过基因组挖掘在多种链霉菌中发现候选糖基转移酶(SelSV、SnNysSV、SaNysSV、MycS3、KfuSV),在大肠杆菌中过表达并纯化,以TDP-糖为供体与AmB或NysA1等多烯底物进行体外反应,通过LC-HRMS检测产物。
Enzymatic glycosylation and amidation reshapes polyene bioactivity
包含体外酶活测定、异源表达、体内动物感染模型、NMR结构表征等多层次实验,并进行功能验证和机制研究。
体外酶促反应体系(纯化GTs、PcsA等酶) 白色链霉菌 (Streptomyces albus J1074) 异源表达宿主 结节链霉菌 (Streptomyces nodosus DSM 40109) 工程菌株 CD1小鼠侵袭性曲霉病模型
KfuSV等糖基转移酶的体外活性及底物谱 NysSV亚簇体内功能验证(S. albulus产NysA3) 双修饰衍生物Nys34的抗真菌活性与毒性 Nys34在小鼠体内的药代动力学及疗效
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定能对多烯底物添加糖基的酶,并测试其底物灵活性。
通过基因组挖掘在多种链霉菌中发现候选糖基转移酶(SelSV、SnNysSV、SaNysSV、MycS3、KfuSV),在大肠杆菌中过表达并纯化,以TDP-糖为供体与AmB或NysA1等多烯底物进行体外反应,通过LC-HRMS检测产物。
验证NysSV是否负责将l-digitoxose添加到NysA1的C35位产生NysA3。
从S. albulus和S. noursei纯化NysA3,进行反向糖基化实验(加入TDP和酶),监测NysA1生成;在异源宿主S. albus中表达SaNysSV亚簇,其裂解液与NysA1孵育检测NysA3产生。
确认MycS3和KfuSV分别参与mycoheptin和kasufungin生物合成中的糖基化步骤。
MycS3与dihydromycoheptin和TDP-l-digitoxose孵育,观察单糖加成产物;KfuSV与kasufungin B和TDP孵育,检测kasufungin D形成。
在产AmB的菌株S. nodosus中异源表达KfuSV或SaNysSV亚簇,验证特定位点添加l-digitoxose。
将kfuSV或SaNysSV亚簇表达质粒导入S. nodosus,发酵后提取产物,LC-HRMS和NMR分析确认AmB-l-digitoxose结构。
扩展酰胺转移酶PcsA的底物范围,催化多烯C16羧酸转化为酰胺、异羟肟酸或酰肼,以获得毒性降低的衍生物。
使用含His6标签的PcsA,与NysA1、NysA3、pimaricin等聚烯底物及l-谷氨酰胺或其类似物(如γ-羟肟酸、γ-肼)反应,LC-HRMS和NMR确认产物。
测定新多烯衍生物对多种临床真菌病原体的抑制活性及对红细胞和哺乳动物细胞的毒性。
根据EUCAST方法测定IC50值;用马血溶血试验评估毒性EC50;对人细胞系(HEK293、A549、HEPG2)进行MTS毒性试验。
评估Nys34在免疫抑制小鼠侵袭性曲霉病模型中的疗效和耐受性,并建立药代动力学模型指导剂量方案。
对CD1小鼠进行最大耐受剂量探索,单次药代动力学研究(采血),感染A. fumigatus CEA10后用Nys34和AmB治疗,测定肺真菌载量。同时进行群体药代动力学建模和蒙特卡洛模拟选择方案。
探究Nys34不同与母体多烯的作用机制,是否涉及麦角固醇结合。
通过UV-Vis滴定检测多烯与麦角固醇的结合,以及麦角固醇预复合对抗真菌活性的影响,比较AmB、NysA1和Nys34。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 酶促糖基化 | TDP-葡萄糖 | -- | -- |
| 氯化镁 | -- | -- | |
| Tris-HCl缓冲液 | -- | -- | |
| 色谱分析 | Kinetex 5 μm XB-C18色谱柱 (100 × 4.6 mm) | Phenomenex | -- |
| 液质联用 | Luna Omega 5 μm 100 × 2.1 mm色谱柱 | Phenomenex | -- |
| 安捷伦1290 Infinity II高效液相色谱仪 | Agilent | -- | |
| 6560离子淌度四极杆飞行时间液质联用仪 | Agilent | -- | |
| 6546液相色谱/四极杆飞行时间质谱仪 | Agilent | -- | |
| 高效液相色谱纯化 | 岛津Prominence高效液相色谱仪,配Phenomenex Gemini C18色谱柱 (250 × 10 mm, 5 μm) | Shimadzu | -- |
| RNA提取 | Monarch RNA提取试剂盒 | NEB | -- |
| cDNA合成 | SuperScript IV VILO预混液 | ThermoFisher | -- |
| qPCR | PowerTrack SYBR Green预混液 | ThermoFisher | -- |
| Stratagene Mx3000P实时荧光定量PCR系统 | Stratagene | -- | |
| 细胞毒性测试 | CellTiter 96 AQueous One Solution试剂 | Promega | -- |
| 动物实验 | 康宁克通(曲安奈德) | Bristol Myers Squibb | -- |
| 新霉素 | Sigma | -- | |
| 异氟烷 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体外糖基转移酶活性测定 | 反应体系中酶的浓度(5-20 µM)、TDP-糖供体浓度(2 mM)、MgCl2浓度(1 mM)、多烯底物浓度(100 µM)、缓冲液及pH(50 mM Tris-HCl,pH 7.4)、反应温度(30°C)和时间(24小时) 阅读提示:Methods: In vitro GT glycosylation assays |
| 糖基转移酶底物谱分析 | TDP-糖的合成方法、测试的19种TDP-糖、KfuSV对11种TDP-糖的活性 阅读提示:Methods: In vitro GT glycosylation assays; Extended Data Fig. 1 |
| 异源表达亚簇构建 | 使用的引物序列、质粒构建方法、宿主菌株(S. albus J1074 和 S. nodosus DSM 40109) 阅读提示:Methods: Expression of S. albulus nysSV-subcluster in S. albus; Methods: Expression of kfuSV- and Sa-nysSV-subclusters in S. nodosus |
| Polyene发酵生产 | 培养基组成(FSM、GYM、SPG)、树脂种类和浓度(amberlite XAD16N,50 g/L)、发酵天数(7天)、提取溶剂(甲醇) 阅读提示:Methods: Production of polyenes from S. albulus and S. noursei; Methods: Production of polyenes from S. netropsis; Methods: Production of polyenes from S. kasugaensis |
| 活性和毒性测试 | 抗真菌测试所用培养基(RPMI-1640)、接种物浓度(5×10^5/mL)、孵育时间(48小时);马血红细胞的浓度(2.5%)、孵育条件(37°C,1小时) 阅读提示:Methods: Antifungal activity tests (IC50 determination); Methods: Horse blood haemolysis |
| 动物实验 | 小鼠品系(CD1)、免疫抑制方案(Triamcinolone 40 mg/kg)、感染剂量(5×10^5 CEA10孢子)、给药方案(Nys34 5 mg/kg q8h ×4)、终点(CFU/克肺组织) 阅读提示:Methods: Drug tolerability and pharmacokinetic studies in mice; Methods: Infection experiments in mice |