筛选患者并收集组织/血浆样本
识别进展后EGFRm NSCLC患者的肿瘤分子特征
ORCHARD研究筛选706例患者,在筛查时收集肿瘤组织样本(483例),在C1D1收集血浆样本(247例);组织样本使用FoundationOne CDx panel分析,血浆样本使用GuardantOMNI 500基因panel分析。
Genomic Profiling of Epidermal Growth Factor Receptor Mutation-Positive Non-Small Cell Lung Cancer after Progression on First-line Osimertinib: Phase II ORCHARD Study
该研究为生物标志物导向的II期临床试验,包含组织和血浆NGS检测、组织学评估和统计学分析,但缺乏体外或体内功能验证实验。
EGFRm晚期NSCLC患者队列 肿瘤组织样本 血浆样本 组织学转化肿瘤样本
NGS检测平台:组织FoundationOne CDx,血浆GuardantOMNI 500 MET扩增定义:≥4拷贝超过肿瘤倍性 IHC和FISH作为MET过表达和扩增的金标准 EGFR VAF阈值:<5%和≥5% 组织学和血浆样本配对数量:157对
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别进展后EGFRm NSCLC患者的肿瘤分子特征
ORCHARD研究筛选706例患者,在筛查时收集肿瘤组织样本(483例),在C1D1收集血浆样本(247例);组织样本使用FoundationOne CDx panel分析,血浆样本使用GuardantOMNI 500基因panel分析。
鉴定组织样本中一线奥希替尼的耐药变异
对400例肿瘤组织进行NGS分析,检测MET、EGFR、NKX2-1、BRAF等基因变异,并评估组织学转化情况。
鉴定血浆ctDNA中一线奥希替尼的耐药变异
对191例血浆样本进行NGS分析,检测MET、EGFR、NKX2-1、RB1等基因变异。
比较组织与血浆检测方法在鉴定耐药变异中的一致性
对157例配对的组织和血浆样本,分析基因变异检测的一致性,尤其关注EGFR点突变和MET扩增等。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织NGS | FoundationOne CDx panel | Foundation Medicine Inc. | -- |
| 血浆NGS | GuardantOMNI 500基因panel | Guardant Health | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 组织NGS | NGS平台:FoundationOne CDx;样本类型:肿瘤组织;MET扩增阈值:≥4拷贝超过肿瘤倍性 阅读提示:Methods:Plasma ctDNA and tissue analyses |
| 血浆NGS | NGS平台:GuardantOMNI 500基因panel;样本类型:血浆ctDNA 阅读提示:Methods:Plasma ctDNA and tissue analyses |
| 组织学转化评估 | 组织学转化定义:小细胞肺癌等转化;转化样本数:19例 阅读提示:Figure 1B-D legend |
| EGFR VAF亚组分析 | EGFR VAF阈值:<5%和≥5%;MET扩增检测的敏感性和特异性指标 阅读提示:Figure 2D legend,补充表S3-S5 |