CyTOF外周血免疫表型分析
比较膝OA患者与健康对照及不同进展亚型的外周血免疫细胞组成差异。
使用Maxpar Direct Immune Profiling Assay(MDIPA)和Helios系统对21例OA患者和11例HC的外周血白细胞进行CyTOF分析,通过手动门控定义33个细胞亚群,使用edgeR检验组间差异。
Multimodal Peripheral Blood Immunophenotyping and Single-Cell Epigenetic Analysis of Knee Osteoarthritis Reveals Expansion and Epigenetic Dysregulation of Treg Cell and Nonclassical Monocyte Populations
包含CyTOF发现、DNA甲基化推算模型在两个独立队列验证、以及scATAC-seq的表观遗传机制验证。
外周血白细胞 PBMC
CyTOF队列:21例OA患者和11例HC 验证队列:723例(489例OA,234例HC) scATAC-seq队列:12例OA(6 RP,6 NP)和6例HC OA定义:医生诊断或慢性膝痛≥6个月 影像学进展定义:24个月KLG或mmJSW变化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较膝OA患者与健康对照及不同进展亚型的外周血免疫细胞组成差异。
使用Maxpar Direct Immune Profiling Assay(MDIPA)和Helios系统对21例OA患者和11例HC的外周血白细胞进行CyTOF分析,通过手动门控定义33个细胞亚群,使用edgeR检验组间差异。
在独立大队列中验证CyTOF发现的细胞亚群差异。
使用CyTOF样本的DNA甲基化数据,通过弹性网络正则化广义线性模型构建细胞组成预测模型,并应用于OAI和JoCoOA共723例样本的甲基化数据。
探究OA患者外周血单核细胞和Treg亚群的染色质可及性变化。
对12例OA(6 RP,6 NP)和6例HC的PBMC进行scATAC-seq,分析差异可及性峰,并进行GSEA通路分析和无监督聚类。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| CyTOF | Human TruStain FcX | Biolegend | -- |
| Maxpar Direct免疫分析试剂盒 | -- | -- | |
| Helios系统 | Standard BioTools | -- | |
| DNA甲基化分析 | Zymo EZ DNA甲基化试剂盒 | Zymo | -- |
| Infinium MethylationEPIC v2.0 芯片 | Illumina | -- | |
| scATAC-seq | Chromium Next GEM单细胞ATAC试剂盒 | 10X Genomics | -- |
| NovaSeq X Plus测序仪 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| CyTOF免疫表型分析 | 样本类型:外周血白细胞;抗体面板:MDIPA;仪器:Helios;门控策略:BioTools推荐手动门控;统计方法:edgeR。 阅读提示:Methods: CyTOF sample processing and analysis |
| DNA甲基化推算模型 | DNA提取:buffy coat;转化试剂盒:Zymo EZ;芯片:EPIC v2.0;模型:弹性网络正则化GLM;验证队列:OAI和JoCoOA。 阅读提示:Methods: DNA methylation-based immunophenotyping models |
| scATAC-seq | 样本:PBMC;细胞数:12 OA和6 HC;试剂盒:Chromium Next GEM Single Cell ATAC Kit;测序:NovaSeq X Plus。 阅读提示:Methods: Single-cell ATAC-Seq analysis |