患者队列建立与分组
根据SARS-CoV-2感染状态,比较COVID-19和非感染卒中患者的临床、影像和实验室特征。
纳入接受机械取栓并成功取出血栓的急性缺血性卒中患者,根据感染状态分为COVID-19组和对照组,收集人口统计学、血管危险因素、卒中特征、治疗方案和实验室参数等数据。
High levels of cell-free hemoglobin and iron in cerebral thrombi of pre-Omicron COVID-19 stroke patients: novel drivers of SARS-CoV-2-induced prothrombotic state
研究结合免疫组化、电子显微镜、定量蛋白质组学和元素分析等多个技术层面,并对COVID-19与非COVID-19血栓进行比较,但样本量小,且为观察性研究。
COVID-19卒中患者的脑血栓 非COVID-19卒中患者的脑血栓
COVID-19确诊方式:RT-PCR或阳性血清学(IgG和/或IgM) 血栓样本量:COVID-19组6例,对照组6例 免疫组化定量方法:ZEN 3.1 Blue Edition图像分析模块和ilastik监督像素分类 蛋白质组学差异蛋白筛选阈值:p-value < 0.05;log₂ FC > 1(上调),log₂ FC < -1(下调) 元素分析定量方法:TXRF,硫(S)作为内标进行归一化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
根据SARS-CoV-2感染状态,比较COVID-19和非感染卒中患者的临床、影像和实验室特征。
纳入接受机械取栓并成功取出血栓的急性缺血性卒中患者,根据感染状态分为COVID-19组和对照组,收集人口统计学、血管危险因素、卒中特征、治疗方案和实验室参数等数据。
比较COVID-19和非COVID-19血栓中NETs、中性粒细胞、巨噬细胞、血小板和红细胞的含量及分布。
对血栓切片进行HE、Masson三色染色及抗CitH3、抗MPO、抗CD68、抗CD61和抗血型糖蛋白A的免疫组化染色,并使用全切片扫描和图像分析进行定量。
比较COVID-19和非COVID-19血栓的超微结构特征。
使用透射电子显微镜对超薄切片进行观察,评估纤维网络组织、细胞成分和膜突起等超微结构特征。
比较COVID-19和非COVID-19血栓中多种元素的含量,重点关注铁水平。
使用全反射X射线荧光(TXRF)对冻干血栓样本进行元素分析,以硫为内标进行归一化。
比较COVID-19和非COVID-19血栓的蛋白质组学特征,识别差异表达蛋白和通路。
通过LC-MS/MS(SWATH采集模式)对血栓蛋白进行鉴定和定量,并进行PCA、差异表达分析、GO富集和PPI网络分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组化 | 抗瓜氨酸化组蛋白H3抗体 | ANACROM Diagnóstico | AP100108 |
| 抗髓过氧化物酶抗体 | Dako-Agilent Technologies | GA511 | |
| 抗CD68抗体 | Dako-Agilent Technologies | GA609 | |
| 抗CD61抗体 | ANACROM Diagnóstico | AP10132C | |
| 抗血型糖蛋白A/CD235a抗体 | Dako-Agilent Technologies | M0819 | |
| Dako Omnis自动染色仪 | Agilent Technologies | -- | |
| ZEISS Axioscan Z1玻片扫描仪 | Carl Zeiss | -- | |
| EnVision™ FLEX溶液 | -- | -- | |
| 蛋白质组学 | 胰蛋白酶/LysC | Promega | -- |
| PepClean离心柱 | Pierce | -- | |
| Ekspert™ nanoLC425纳升液相色谱系统 | Eksigent | -- | |
| TripleTOF® 6600+质谱仪 | Sciex | -- | |
| 元素分析 | S2 Picofox TXRF光谱仪 | Bruker Nano GmbH | -- |
| 血清学检测 | Abbott SARS-CoV-2 IgG II定量检测试剂盒 | Abbott Diagnostics | -- |
| Abbott SARS-CoV-2 IgM检测试剂盒 | Abbott Diagnostics | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者纳入与分组 | COVID-19确诊标准;对照组匹配条件;样本量 阅读提示:Methods: Patient cohort 和 Table 1 |
| 血栓样本采集 | 取栓技术细节;样本分割和处理标准 阅读提示:Methods: Thrombus sample collection–endovascular procedures |
| 组织学与免疫组化 | 抗体克隆号及稀释度;抗原修复条件;定量分析方法 阅读提示:Methods: Histological and immunohistochemical assessment |
| 超微结构评估 | 固定、脱水、包埋、切片参数;电镜操作条件 阅读提示:Methods: Ultrastructural examination by transmission electron microscopy |
| 元素组成分析 | TXRF样本制备;仪器设置;内标选择 阅读提示:Methods: Determination of metal composition |
| 定量蛋白质组学分析 | 蛋白提取与消化步骤;LC-MS/MS参数;SWATH数据处理和差异蛋白筛选标准 阅读提示:Methods: Quantitative proteomic analysis |