单细胞转录组分析
描绘TACE治疗前后免疫细胞组成和状态的变化。
整合公共及内部scRNA-seq数据,分析主要免疫细胞类型及其亚群,鉴定差异富集的细胞亚群和基因表达特征。
Spatial multi omic profiling maps hypoxia-driven pro-fibrotic SPP1+ macrophages underpinning immune escape and TACE resistance in hepatocellular carcinoma
整合单细胞转录组、空间转录组(CosMx)和空间蛋白质组(GeoMx)等多层级数据,并通过多重免疫荧光、体外FN1敲低实验及多个独立队列验证,包含功能验证和机制探索。
肝细胞癌患者肿瘤组织(TACE治疗与未治疗) THP-1细胞系(PMA诱导的巨噬细胞) 肝星状细胞LX-2细胞系 TACE反应者与非反应者的肿瘤组织(mIF验证)
SPP1+巨噬细胞在TACE治疗后的肿瘤核心区域富集且与缺氧信号共定位 FN1在SPP1+巨噬细胞中高表达,并通过FN1-CD44轴与T细胞相互作用 FN1敲低降低LGALS3表达并部分恢复CD8+ T细胞功能 FN1+SPP1+PDCD1+ M2巨噬细胞在TACE非反应者中富集
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
描绘TACE治疗前后免疫细胞组成和状态的变化。
整合公共及内部scRNA-seq数据,分析主要免疫细胞类型及其亚群,鉴定差异富集的细胞亚群和基因表达特征。
在组织原位解析TACE治疗后的细胞空间分布和蛋白质表达变化。
使用CosMx空间分子成像(SMI)平台进行1000基因panel的空间转录组分析,并使用GeoMx DSP进行约570重蛋白的空间蛋白质组分析,比较治疗前后肿瘤核心、边界和癌旁区域的差异。
验证SPP1+巨噬细胞在TACE耐药中的作用及其对T细胞功能的影响。
基于空间数据鉴定SPP1+巨噬细胞,分析其与缺氧的共定位;在THP-1细胞中进行FN1敲低实验,检测LGALS3表达和对CD8+ T细胞功能的影响;利用多重免疫荧光在临床样本中验证FN1+SPP1+PDCD1+ M2巨噬细胞与TACE反应的关系。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 空间转录组学 | CosMx™空间分子成像仪 | NanoString | -- |
| 空间蛋白质组学 | GeoMx数字空间 Profiler | Bruker | -- |
| 细胞培养与处理 | 佛波醇-12-十四酸酯-13-乙酸酯 | -- | -- |
| siRNA转染 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RNA提取 | RNeasy Mini试剂盒 | Qiagen | -- |
| 文库构建 | TruSeq RNA文库制备试剂盒 | Illumina | -- |
| 测序 | Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- |
| 定量PCR | SYBR Green预混液 | Applied Biosystems | -- |
| QuantStudio 6 Flex实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| RNA质量评估 | Agilent Bioanalyzer 2100分析仪 | Agilent | -- |
| 空间蛋白质组学 | CellScape™精准空间蛋白质组学平台 | Bruker | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞转录组分析 | 样本来源(患者数量、治疗状态)、数据预处理参数 阅读提示:Methods中“Public data collection”和“Cell type annotation”部分 |
| 空间转录组学(CosMx SMI) | 组织类型(FFPE)、基因panel(1000基因)、组织区域定义(T/B/N)、细胞分割算法 阅读提示:Methods中“Spatial transcriptomics profiling using CosMx™ spatial molecular imaging (SMI)”部分 |
| 空间蛋白质组学(GeoMx DSP) | 抗体panel(~570重)、ROI选择(形态学标记)、数据处理阈值(SNR) 阅读提示:Methods中“Spatial proteomics profiling using GeoMx DSP immuno-oncology protein assay”部分 |
| FN1敲低实验 | THP-1分化条件(PMA浓度和时长)、siRNA转染条件(试剂和时长)、敲低效率验证方法 阅读提示:Methods中“FN1 knockdown in PMA-induced THP-1 cells”部分 |
| 临床样本验证(mIF) | TACE反应标准(mRECIST/CCI)、样本量(5例反应者/非反应者)、染色panel(14重) 阅读提示:Results中“SPP1⁺ macrophages drive immune evasion and TACE resistance mediated by FN1”部分及Supplementary Table 13 |