使用超灵敏肿瘤知情检测评估激素受体阳性/人表皮生长因子受体2阴性早期乳腺癌患者循环肿瘤DNA动态变化

Circulating tumor DNA dynamics in patients with hormone receptor-positive/human epidermal growth factor receptor 2-negative early breast cancer assessed using an ultrasensitive tumor-informed assay

作者信息C H Barcenas, A Contreras, A Alexander, H Lopez, R Yu, S Shete, Y Chen, C W Abbott, K C Keough, S M Boyle, R O Chen, D Tripathy, V Valero
PMID42617422
期刊ESMO Open
发布时间2026-08-19
DOI10.1016/j.esmoop.2026.108360

实验完整度

中

包含患者队列的纵向血浆样本分析、ctDNA检测及统计相关性分析,但为回顾性、单组设计,样本量小,缺乏体外或动物模型等独立证据层级。

主要模型

HR阳性/HER2阴性早期乳腺癌患者队列(26例) 患者系列血浆样本

重点核对

患者入组标准:HR阳性/HER2阴性EBC,II-III期,至少两份系列血浆样本 样本采集时间:术后中位12.5个月采集首份血浆,中位间隔7个月(IQR 6-12个月) MRD检测方法:NeXT Personal全基因组测序肿瘤知情检测,检测限1-3 p.p.m.,ctDNA阳性判定P < 0.001 随访时间:中位5.0年(范围2.3-10.8年) 主要终点:远处复发,以及从首次ctDNA阳性到临床复发的提前时间

摘要

背景 早期乳腺癌(EBC)中的循环肿瘤DNA(ctDNA)对远处复发具有预后价值。激素受体(HR)阳性/人表皮生长因子受体2(HER2)阴性EBC被认为是低脱落型,其ctDNA动态变化难以追踪。我们使用一种超灵敏检测来评估分子残留病灶(MRD)及其与复发的关系。 患者与方法 对II-III期HR阳性/HER2阴性EBC患者进行MRD评估,使用全基因组测序肿瘤知情检测在不同时间间隔的系列血浆样本中测量ctDNA浓度,并检验ctDNA动态变化与疾病复发的关系。 结果 26名患者提供了两个或以上系列血浆样本,且肿瘤适合DNA测序。手术后的中位随访时间为5.0年(范围2.3-10.8年)。设计了患者特异性ctDNA检测,中位检出ctDNA浓度为70.2 p.p.m.(四分位距14.9-757.0),用于检测118份血浆样本(每例患者2-9份样本)。11名患者(42%)在一个或多个时间点(包括术前)有MRD,58%的ctDNA检出处于超灵敏范围(<100 p.p.m.)。6名患者(23%)发生远处复发,与该亚型5年随访期的预期一致,所有患者均在临床复发前检出MRD(敏感性100%),中位提前时间为1.5年(范围1.0-2.5年)。所有15名持续MRD阴性的患者和5名在接受肿瘤治疗期间ctDNA清除的患者在整个随访期间均未复发。 结论 使用超灵敏检测,我们发现所有发生远处复发的患者在临床检出前均有MRD检出,中位提前时间为1.5年。我们观察到ctDNA动态变化与肿瘤学结果密切相关,该检测对远处复发的敏感性为100%。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
使用超灵敏肿瘤知情检测,HR阳性/HER2阴性EBC患者在接受肿瘤治疗期间ctDNA动态变化(MRD检出、持续和清除)与远处复发是否相关?
核心机制
文中未明确说明机制,但表明MRD持续或转阳与远处复发风险增加相关,而ctDNA清除或持续阴性则与无复发相关。
主要证据
26例HR阳性/HER2阴性EBC患者的118份系列血浆样本检测,6例远处复发患者均在临床复发前检出MRD(敏感性100%,中位提前时间1.5年),而持续MRD阴性或ctDNA清除的20例患者均未复发。
研究意义
该超灵敏MRD检测可提前1.5年预测远处复发,可能改善EBC的监测和管理,需要更大规模的前瞻性研究验证。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

患者入组与样本采集

收集HR阳性/HER2阴性EBC患者的临床数据和系列血浆样本,以供后续ctDNA分析。

从2018年3月至2025年2月,在MD Anderson癌症中心入组确诊为HR阳性/HER2阴性EBC的患者,在随访期间采集系列血液样本并保存血浆,纳入至少提供两份血浆样本的患者。

2

肿瘤全基因组测序和个性化panel设计

为每位患者设计个性化的ctDNA检测panel,以高灵敏度检测血浆中的肿瘤来源变异。

对匹配的肿瘤和正常样本进行30×深度全基因组测序,使用MuTect检测体细胞单核苷酸变异,设计包含外显子、内含子和基因间区变异的个性化杂交捕获panel,选择等位基因频率>10%的变异作为MRD靶点,并排除CHIP和种系变异等干扰。

3

血浆cfDNA提取和靶向测序

从系列血浆样本中提取cfDNA并进行靶向测序,以检测ctDNA。

从每份血浆样本中提取cfDNA,使用KAPA HyperPrep Kit制备测序文库,使用个性化panel和Twist Bioscience试剂进行靶向富集,在Illumina NovaSeq 6000上进行测序。

4

ctDNA检测和MRD状态确定

确定每份血浆样本的ctDNA阳性/阴性状态,并定义MRD。

对cfDNA测序数据进行多步骤生物信息学处理,使用单尾Poisson检验确定ctDNA是否检测到,P < 0.001为阳性。患者样本在治疗和随访期间至少一个时间点ctDNA阳性则定义为MRD阳性。

5

统计分析ctDNA动态与复发的关系

评估ctDNA动态(持续阳性、转阳、清除、持续阴性)与远处复发之间的关联。

使用Kaplan-Meier曲线和log-rank检验比较不同ctDNA动态组的无远处复发生存期(DRFI),计算ctDNA检出到临床复发的提前时间,并使用Clopper-Pearson方法计算敏感性95%置信区间。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
NovaSeq 6000Illumina--
KAPA HyperPrep试剂盒Roche Sequencing Solutions--
Lunatic分光光度计Unchained Labs--
Twist Bioscience快速杂交和洗涤试剂盒Twist Bioscience--
Agilent TapeStation系统Agilent--
AMPure XPBeckman Coulter--
KAPA文库定量试剂盒Roche--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
患者入组和样本采集
入组标准(HR阳性/HER2阴性EBC、II-III期)、至少两份血浆样本、样本采集时间点、随访时间
阅读提示:Patients and methods - Sample collection and clinical outcomes
MRD检测
NeXT Personal assay protocol、全基因组测序深度(30×)、个性化panel设计标准、cfDNA提取和靶向测序流程、ctDNA阳性判定阈值(P < 0.001)
阅读提示:Patients and methods - MRD assay
统计分析和终点评估
DRFI定义、log-rank检验、提前时间计算、敏感性置信区间计算
阅读提示:Patients and methods - Statistical analysis