患者入组与样本采集
收集HR阳性/HER2阴性EBC患者的临床数据和系列血浆样本,以供后续ctDNA分析。
从2018年3月至2025年2月,在MD Anderson癌症中心入组确诊为HR阳性/HER2阴性EBC的患者,在随访期间采集系列血液样本并保存血浆,纳入至少提供两份血浆样本的患者。
Circulating tumor DNA dynamics in patients with hormone receptor-positive/human epidermal growth factor receptor 2-negative early breast cancer assessed using an ultrasensitive tumor-informed assay
包含患者队列的纵向血浆样本分析、ctDNA检测及统计相关性分析,但为回顾性、单组设计,样本量小,缺乏体外或动物模型等独立证据层级。
HR阳性/HER2阴性早期乳腺癌患者队列(26例) 患者系列血浆样本
患者入组标准:HR阳性/HER2阴性EBC,II-III期,至少两份系列血浆样本 样本采集时间:术后中位12.5个月采集首份血浆,中位间隔7个月(IQR 6-12个月) MRD检测方法:NeXT Personal全基因组测序肿瘤知情检测,检测限1-3 p.p.m.,ctDNA阳性判定P < 0.001 随访时间:中位5.0年(范围2.3-10.8年) 主要终点:远处复发,以及从首次ctDNA阳性到临床复发的提前时间
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
收集HR阳性/HER2阴性EBC患者的临床数据和系列血浆样本,以供后续ctDNA分析。
从2018年3月至2025年2月,在MD Anderson癌症中心入组确诊为HR阳性/HER2阴性EBC的患者,在随访期间采集系列血液样本并保存血浆,纳入至少提供两份血浆样本的患者。
为每位患者设计个性化的ctDNA检测panel,以高灵敏度检测血浆中的肿瘤来源变异。
对匹配的肿瘤和正常样本进行30×深度全基因组测序,使用MuTect检测体细胞单核苷酸变异,设计包含外显子、内含子和基因间区变异的个性化杂交捕获panel,选择等位基因频率>10%的变异作为MRD靶点,并排除CHIP和种系变异等干扰。
从系列血浆样本中提取cfDNA并进行靶向测序,以检测ctDNA。
从每份血浆样本中提取cfDNA,使用KAPA HyperPrep Kit制备测序文库,使用个性化panel和Twist Bioscience试剂进行靶向富集,在Illumina NovaSeq 6000上进行测序。
确定每份血浆样本的ctDNA阳性/阴性状态,并定义MRD。
对cfDNA测序数据进行多步骤生物信息学处理,使用单尾Poisson检验确定ctDNA是否检测到,P < 0.001为阳性。患者样本在治疗和随访期间至少一个时间点ctDNA阳性则定义为MRD阳性。
评估ctDNA动态(持续阳性、转阳、清除、持续阴性)与远处复发之间的关联。
使用Kaplan-Meier曲线和log-rank检验比较不同ctDNA动态组的无远处复发生存期(DRFI),计算ctDNA检出到临床复发的提前时间,并使用Clopper-Pearson方法计算敏感性95%置信区间。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 全基因组测序 | NovaSeq 6000 | Illumina | -- |
| 文库制备 | KAPA HyperPrep试剂盒 | Roche Sequencing Solutions | -- |
| 文库质控 | Lunatic分光光度计 | Unchained Labs | -- |
| 靶向富集 | Twist Bioscience快速杂交和洗涤试剂盒 | Twist Bioscience | -- |
| 文库质控 | Agilent TapeStation系统 | Agilent | -- |
| 文库纯化 | AMPure XP | Beckman Coulter | -- |
| 文库定量 | KAPA文库定量试剂盒 | Roche | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者入组和样本采集 | 入组标准(HR阳性/HER2阴性EBC、II-III期)、至少两份血浆样本、样本采集时间点、随访时间 阅读提示:Patients and methods - Sample collection and clinical outcomes |
| MRD检测 | NeXT Personal assay protocol、全基因组测序深度(30×)、个性化panel设计标准、cfDNA提取和靶向测序流程、ctDNA阳性判定阈值(P < 0.001) 阅读提示:Patients and methods - MRD assay |
| 统计分析和终点评估 | DRFI定义、log-rank检验、提前时间计算、敏感性置信区间计算 阅读提示:Patients and methods - Statistical analysis |