参与者选择和样本收集
纳入未接受治疗的CHB患者,并获取肝活检组织及对应血清/血浆样本。
从HBRN成人队列中筛选未治疗且有肝组织的参与者,共56例(24例HBeAg阳性,32例HBeAg阴性),肝活检样本用于DNA提取和免疫组化。
Differential intrahepatic integrated HBV DNA patterns between HBeAg-positive and HBeAg-negative chronic hepatitis B
研究包含患者肝组织样本的cccDNA定量、HBV靶向NGS检测整合DNA、免疫组化染色及血清标志物相关性分析,涵盖分子、细胞和组织学多个层面,并进行了机制探讨。
HBeAg阳性CHB患者肝组织 HBeAg阴性CHB患者肝组织
HBeAg状态(阳性/阴性) 肝内cccDNA水平(log10拷贝/百万细胞) iDNA占总HBV DNA的比例(<30%, 30%-50%, 51%-80%, >80%) HBV-JS断点在DR2-DR1区域的分布频率 HBcAg和HBsAg免疫组化染色模式
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
纳入未接受治疗的CHB患者,并获取肝活检组织及对应血清/血浆样本。
从HBRN成人队列中筛选未治疗且有肝组织的参与者,共56例(24例HBeAg阳性,32例HBeAg阴性),肝活检样本用于DNA提取和免疫组化。
定量肝内cccDNA水平,并校正细胞数量。
从肝活检样本提取总DNA,热变性并用PSAD消化去除rcDNA和iDNA,然后通过cccDNA特异性qPCR定量,以线粒体DNA和血红蛋白β基因校正。
检测iDNA的存在、定量其比例,并分析整合位点分布和修复机制。
总DNA进行HBV靶向NGS,使用ChimericSeq流程分析HBV-JS,估计iDNA比例,并分析断点分布及病毒-宿主重叠序列(NHEJ/MMEJ)。
评估肝内HBcAg和HBsAg的表达模式。
肝活检切片染色HBcAg和HBsAg,评估染色阳性比例和模式。
检测血清HBV DNA、qHBsAg、HBV RNA和HBcrAg水平。
使用中心实验室检测,包括COBAS TaqMan HBV DNA检测、Elecsys HBsAg定量、m2000系统HBV RNA检测和Lumipulse HBcrAg检测。
评估肝内和血清标志物之间的关联,并识别DR2-DR1整合的预测因子。
使用Pearson相关分析、多重逻辑回归和线性回归分析数据。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 样本保存 | RNAlater稳定液 | Invitrogen | AM7020 |
| DNA/RNA提取 | RLT裂解缓冲液 | Qiagen | 79216 |
| 样本破碎 | PowerBead管,陶瓷1.5mm珠 | Qiagen | 13113-50 |
| Bead Mill 24匀浆器 | Fisherbrand | 15-340-163 | |
| DNA/RNA提取 | AllPrep DNA/RNA微量试剂盒 | Qiagen | 80284 |
| 核酸定量 | NanoDrop One分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 血清HBV DNA检测 | COBAS Ampliprep/COBAS TaqMan HBV检测试剂盒 V.2.0 | Roche Molecular Diagnostics | -- |
| qHBsAg检测 | Roche Diagnostics Elecsys平台 | Roche Diagnostics | -- |
| HBV RNA检测 | m2000系统 | Abbott Diagnostics | -- |
| HBcrAg检测 | Lumipulse G HBcrAg检测试剂盒 | Fujirebio Europe | -- |
| 免疫组化 | Roche Ventana BenchMark ULTRA系统 | Roche | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| cccDNA定量 | PSAD消化条件(热变性温度和时长)、qPCR引物和探针序列 阅读提示:Methods部分'Intrahepatic HBV cccDNA quantitation' |
| iDNA检测 | HBV-NGS文库构建方法、测序深度、iDNA比例估计模型 阅读提示:Methods部分'Intrahepatic HBV iDNA analyses'及补充图1、表3 |
| 免疫组化 | 染色评分标准(阳性比例分级)、HBcAg/HBsAg抗体信息、染色模式判定 阅读提示:Methods部分'Liver histology' |
| 血清标志物检测 | HBV DNA和qHBsAg检测平台及检测下限、HBV RNA检测方法及定量下限、HBcrAg检测线性范围 阅读提示:Methods部分'Serum/plasma virological parameters' |