检测斑块中细菌DNA
确定动脉粥样硬化斑块中是否存在细菌DNA及其种类和丰度。
对TSDS尸检冠状动脉样本(107份)和TVS手术样本(19份)进行细菌RT-qPCR,使用针对多种口腔、呼吸道等细菌的引物和探针。
Viridans Streptococcal Biofilm Evades Immune Detection and Contributes to Inflammation and Rupture of Atherosclerotic Plaques
研究包含尸检斑块、临床内膜切除术标本、TLR细胞系及GWE分析等多个独立证据层级,且包含免疫组化功能验证和机制验证。
Tampere Sudden Death Study尸检冠状动脉斑块 Tampere Vascular Study临床内膜切除术标本 HEK293-TLR细胞系
尸检冠状动脉和内膜切除术标本中草绿色链球菌DNA的RT-qPCR阳性率及与免疫组化的一致性 草绿色链球菌免疫组化评分与AHA动脉粥样硬化分级及冠心病死亡的相关性 HEK293-TLR细胞系中不同细菌激活TLR2、TLR4的剂量和时间条件 GWE分析中TLR信号通路相关基因表达的差异及统计阈值
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定动脉粥样硬化斑块中是否存在细菌DNA及其种类和丰度。
对TSDS尸检冠状动脉样本(107份)和TVS手术样本(19份)进行细菌RT-qPCR,使用针对多种口腔、呼吸道等细菌的引物和探针。
验证细菌DNA的存在,并定位链球菌在斑块中的空间分布。
使用针对草绿色链球菌的抗体混合物,对TSDS(359个)和TVS(59个)标本进行免疫组化染色。
确定巨噬细胞是否识别生物膜状态与游离状态链球菌。
对连续切片进行CD68免疫组化染色,观察与链球菌染色的共定位。
确定何种TLR通路被不同细菌优先激活。
用热灭活的多种细菌刺激HEK293-TLR细胞系(TLR1/2, TLR2/6, TLR4/MD2/CD14),检测NF-κB荧光素酶活性。
验证破裂斑块中TLR信号通路相关分子是否与链球菌共表达。
对破裂冠状动脉粥样硬化斑块进行免疫组化,检测TLR2、CD14、NF-κB、MyD88及T细胞标志物。
在临床样本中验证细菌识别通路的表达变化。
对TVS内膜切除术标本和LITA对照进行全基因组表达分析(Illumina HumanHT-12 v3 BeadChip)。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细菌RT-qPCR | 样本类型(尸检冠脉/内膜切除)、DNA提取方法、引物探针序列、阳性判定阈值(Ct值)、参考基因(RNaseP)、相对定量方法(ΔΔCt)、细菌参考株种类及浓度 阅读提示:Methods: Bacterial RT-qPCR |
| 免疫组化 | 抗体混合物(抗S. mitis, S. gordonii, S. sanguinis)稀释度(1:2000)、抗原修复条件、DAB显色时间、评分标准、阳性对照和阴性对照(preimmune serum) 阅读提示:Methods: Immunohistochemical Methods |
| TLR细胞系实验 | 细胞系(293-Null, TLR1/2, TLR2/6, TLR4/MD2/CD14)、培养条件(抗生素浓度)、刺激菌株及浓度(10^5-10^7/mL)、处理时间(6h)、荧光素酶检测试剂盒及方法 阅读提示:Methods: In Vitro Culture of TLR Cell Lines; Figure 4A |
| GWE分析 | RNA提取试剂盒、芯片类型(HumanHT-12 v3)、RNA量、杂交和扫描参数、数据标准化方法(LOESS)、差异基因筛选阈值(FC>2, P<0.05)、通路分析软件(GSEA, MsigDB版本) 阅读提示:Methods: RNA Isolation and GWE Analysis in TVS |
| 尸检样本收集 | 死亡到尸检时间(<5天)、排除抗生素使用、无菌采集和处理(NaOH处理器械、负压通风等)、样本储存条件(-70℃)、组织固定和脱钙条件 阅读提示:Methods: Tampere Sudden Death Study; Handling and Scoring of Histological Arterial Samples |