急性期转录组分析
评估Becn1突变对损伤后早期(3天)脊髓神经炎症相关基因表达的影响。
使用NanoString神经炎症Panel对损伤后3天脊髓组织进行转录组分析,比较BMut和WT小鼠在SCI和假手术条件下的基因表达差异,并进行RT-qPCR验证。
Autophagy activation by the Becn1F121A mutation reprograms neuroinflammation and promotes neurological recovery after spinal cord injury
包含体外转录组分析(NanoString、RNA-seq)、组织病理学、行为学评估及免疫荧光等多层级验证,并进行了RT-qPCR和Western blot验证。
Becn1F121A/F121A敲入小鼠(BMut) C57BL/6野生型小鼠(WT) 小鼠脊髓挫伤模型
小鼠品系:Becn1F121A/F121A敲入小鼠(JAX Stock No: 033360)及C57BL/6野生型小鼠 性别和年龄:雄性,10-12周龄 脊髓损伤模型:T10节段,60千达因(kdyn)挫伤 行为学评估:BMS评分、Y迷宫、新物体识别 组织学评估:LFB染色(白质保留)、GFAP染色(病变体积)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估Becn1突变对损伤后早期(3天)脊髓神经炎症相关基因表达的影响。
使用NanoString神经炎症Panel对损伤后3天脊髓组织进行转录组分析,比较BMut和WT小鼠在SCI和假手术条件下的基因表达差异,并进行RT-qPCR验证。
评估Becn1突变对损伤后10周脊髓和大脑区域(体感皮层、海马)转录组的影响。
对损伤后10周脊髓、体感皮层和海马组织进行RNA-seq,分析差异表达基因、GO富集和GSEA,并利用RT-qPCR和Western blot验证关键基因。
评估Becn1突变对SCI后运动功能和认知功能恢复的影响。
在损伤后1、3、7天及之后每周进行BMS评分和BMS子评分;在损伤后70天进行Y迷宫测试和新物体识别测试。
评估Becn1突变对SCI后组织损伤(白质保留和病变体积)的影响。
在损伤后10周,进行Luxol Fast Blue染色评估白质保留,GFAP染色评估病变体积。
评估Becn1突变对SCI后海马小胶质细胞活化和神经发生的影响。
对脑切片进行Iba-1(小胶质细胞)和DCX(未成熟神经元)免疫荧光染色,量化小胶质细胞数量和形态,以及DCX阳性细胞密度。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | RNeasy小型试剂盒 | Qiagen | 74104 |
| 组织学染色 | 固蓝 | Sigma-Aldrich | S3382 |
| 免疫组化 | GFAP抗体 | Dako | Z0334 |
| DAB显色液 | Vector Labs | PK-6100 | |
| 免疫荧光染色 | DAPI | Sigma | D9542 |
| 抗淬灭封片液 | Electron Microscopy Sciences | 102090-992 | |
| Iba-1抗体 | Novus Biologicals | NB100-1028 | |
| DCX抗体 | Cell Signaling | 4604S | |
| Alexa Fluor 488 驴抗山羊 IgG | Invitrogen | A11055 | |
| Alexa Fluor 594 驴抗兔 IgG | Invitrogen | A11012 | |
| RT-qPCR | Verso cDNA合成试剂盒 | ThermoFisher | AB1453B |
| Western blot | RIPA裂解液 | Sigma-Aldrich | R0278 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | P8340 | |
| 磷酸酶抑制剂混合物2 | Sigma-Aldrich | P5726 | |
| 磷酸酶抑制剂混合物3 | Sigma-Aldrich | P0044 | |
| Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23227 | |
| Criterion TGX 4-20%梯度凝胶 | Bio-Rad | 5671095 | |
| 硝酸纤维素膜 | Bio-Rad | 1704159 | |
| SuperSignal West Pico PLUS化学发光底物 | Thermo Fisher Scientific | 34577 | |
| SQSTM1/p62抗体 | BD Biosciences | 610832 | |
| LAMP1抗体 | Developmental Studies Hybridoma Bank | 1D4B | |
| LC3抗体 | Novus Biologicals | NB100-2220 | |
| GAPDH抗体 | BioLegend | 607902 | |
| β-actin抗体 | Sigma-Aldrich | SAB1305567A1978 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 脊髓挫伤模型 | 动物品系、性别、年龄、损伤节段、损伤力(60 kdyn)、麻醉方案、术后护理。 阅读提示:方法2.1节 |
| 行为学评估 | BMS评分时间点、Y迷宫和NOR测试的具体流程和参数、观察者盲法。 阅读提示:方法2.3节 |
| 组织学分析 | 切片厚度、LFB和GFAP染色步骤、病变体积计算方法。 阅读提示:方法2.4节 |
| 免疫荧光分析 | 切片厚度、抗体稀释度、图像采集参数、细胞计数和形态分析方法。 阅读提示:方法2.5节 |
| 转录组分析 | RNA提取方法、测序平台、数据分析流程、差异表达基因和通路富集的阈值。 阅读提示:方法2.2、2.6节 |