建立转基因小鼠模型
获得表达荧光标记的D1R和D2R神经元的对照和HD小鼠模型,以便进行后续分选和分析。
将Drd1-TdTomato和Drd2-EGFP转基因小鼠与HttQ20或HttQ175敲入小鼠杂交,获得三转基因小鼠。通过基因分型确认。
Decoding neuronal vulnerability: Multidimensional analysis of D1R- and D2R- medium-sized spiny neurons in Huntington's disease
该研究包含多个独立证据层级,包括G&T-seq转录组和基因组分析、ddPCR验证、免疫荧光空间分布分析、体细胞不稳定性和蛋白印迹分析,且包含功能验证(差异表达基因验证)和机制验证(CAG体细胞不稳定性)。
HttQ20/Drd1-TdTomato/Drd2-EGFP三转基因小鼠 HttQ175/Drd1-TdTomato/Drd2-EGFP三转基因小鼠
HttQ175小鼠模型携带约190个CAG重复 D1R和D2R神经元通过FACS分选鉴别 RNA-seq数据验证使用ddPCR,样本量为N=3(Q20)和N=5(Q175) 纹状体切片分为四个区域进行分析 CAG体细胞不稳定性通过小池PCR和片段分析评估
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获得表达荧光标记的D1R和D2R神经元的对照和HD小鼠模型,以便进行后续分选和分析。
将Drd1-TdTomato和Drd2-EGFP转基因小鼠与HttQ20或HttQ175敲入小鼠杂交,获得三转基因小鼠。通过基因分型确认。
分离D1R和D2R神经元,并进行基因组和转录组分析,以揭示基因表达差异。
从8周龄小鼠纹状体解离细胞,通过FACS分选tdTomato和EGFP阳性细胞,分成20-50个细胞的池,进行G&T-seq。RNA-seq数据分析包括DEG鉴定、GO分析。
独立验证通过RNA-seq鉴定的差异表达基因,确认D1R神经元中OXPHOS和翻译基因的上调。
从8周龄小鼠中FACS分选200个细胞的池,提取RNA,进行ddPCR,检测选定基因的表达。
比较HD和对照小鼠中D1R和D2R神经元的数量和分布,评估疾病过程中的变化。
对4、6、>16月龄小鼠脑切片进行免疫荧光染色,计数D1R和D2R阳性细胞,并分析其在整个纹状体及四个分区的比例。
评估D1R和D2R神经元中突变亨廷顿蛋白的核内积累差异。
使用EM48抗体进行免疫荧光染色,区分弥散和聚集形式的突变亨廷顿蛋白,计数阳性细胞。
评估D1R和D2R神经元中CAG重复的体细胞不稳定性差异。
从8周龄HttQ175小鼠纹状体FACS分选200个细胞的池,提取RNA并逆转录,通过小池PCR和片段分析检测CAG重复长度,计算不稳定性指数和扩张指数。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 基因分型 | 2X Phusion Green Master Mix | ThermoFisher | F-566 |
| Taq PCR核心试剂盒 | QIAGEN | 201223 | |
| 灌流 | 1X磷酸盐缓冲液 | Gibco | 70013016 |
| 脑解剖 | 冠状脑矩阵 | Ted Pella | 15050 |
| 包埋 | OCT树脂 | Leica | 3801480 |
| 免疫荧光 | EM48抗体 | Merck Millipore | MAB5374 |
| NeuN抗体 | GTX132974 | -- | |
| Darpp32抗体 | GTX133336 | -- | |
| Alexa Fluor 647二抗 | -- | A21245 | |
| 核染色 | TO-PRO-3碘化物 | ThermoFisher | T3605 |
| Hoechst 33342 | ThermoFisher | 62249 | |
| 封片 | FluorSave封片剂 | Merck Millipore | 345789 |
| Prestige盖玻片 | Prestige | 372114 | |
| 成像 | Leica TSC SP8显微镜 | Leica | -- |
| Lumencor SOLA-SMII光源 | Lumencor | -- | |
| Andor iXon Ultra 888相机 | Andor | -- | |
| 细胞解离 | D-PBS 1X | Gibco | 14287072 |
| 成人脑解离试剂盒(小鼠和大鼠) | Miltenyi | 130-107-677 | |
| gentleMACS C管 | Miltenyi | 130093237 | |
| GentleMACS Octo解离器 | Miltenyi | 130095937 | |
| MACS SmartStrainers细胞过滤器(70微米) | Miltenyi | 130098426 | |
| FACS分选 | DRAQ7活力标记物 | ThermoFisher | D15105 |
| BD FACS Aria III流式细胞仪 | BD | -- | |
| RNA提取 | RLT Plus裂解缓冲液 | QIAGEN | 160022859 |
| RNA-seq | Illumina Nextera XT技术 | Illumina | -- |
| Hiseq2000测序仪 | Illumina | -- | |
| ddPCR | QX200数字液滴PCR系统 | Bio-Rad | -- |
| QX200 ddPCR EvaGreen预混液 | Bio-Rad | 1864033 | |
| DG8卡夹 | Bio-Rad | 1864008 | |
| DG8垫圈 | Bio-Rad | 1863009 | |
| QX200液滴生成油 | Bio-Rad | 1864005 | |
| QX200液滴生成器 | Bio-Rad | 1864002 | |
| ddPCR 96孔板 | Bio-Rad | 12001925 | |
| PCR板热封膜 | Bio-Rad | 1814040 | |
| PX1封膜仪 | Bio-Rad | 1814000 | |
| QX200液滴读取器 | Bio-Rad | 1864003 | |
| RNA提取 | Norgen单细胞RNA纯化试剂盒 | Norgen | 51800 |
| TRIzol | ThermoFisher | -- | |
| Zymo-Spin IC柱 | Zymo Research | -- | |
| DNase I | Thermo Scientific | 89836 | |
| 逆转录 | SensiFAST cDNA合成试剂盒 | Bioline | BIO-65054 |
| qPCR | iTaq Universal SYBR Green预混液 | Bio-Rad | 1725124 |
| ddPCR | IDTE 1X TE溶液 | Idt | 11-05-01-09 |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解缓冲液 | Pierce | -- |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白测定试剂盒 | Pierce | -- |
| Western blot | NuPAGE Bis-Tris预制胶 | Pierce | -- |
| Tris-Glycine预制胶 | BioRad | -- | |
| 硝酸纤维素膜 | Amersham | -- | |
| Gapdh抗体 | -- | MA515738 | |
| Hsp90抗体 | -- | GTX13492 | |
| Casp3抗体 | -- | 9H19L2 | |
| Parp抗体 | Cell Signaling | 9542 | |
| Gabarap抗体 | Abcam | ab109364 | |
| ChemiDoc成像系统 | BioRad | -- | |
| CAG分型 | GeneScan-600 LIZ分子量标准V2.0 | Life Technologies | 4408399 |
| SeqStudio遗传分析仪卡夹 | Thermo Fisher | A33671 | |
| Southern blot | DIG标记的分子量标准VIII | Roche | -- |
| Western blot | GeneMapper软件v.6 | Thermo Fisher | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠模型 | 三转基因小鼠的基因型:Drd1-TdTomato/Drd2-EGFP/HttQ20或HttQ175;HttQ175携带约190个CAG重复 阅读提示:Materials and Methods, Mouse models |
| FACS分选 | 解离方法:Adult Brain Dissociation Kit (Miltenyi) 和 gentleMACS Octo Dissociator;分选参数:100μm喷嘴,20psi压力;使用BD FACS Aria III 阅读提示:Materials and Methods, FACS sorting of single-cell suspension |
| RNA-seq和ddPCR验证 | RNA-seq样本:8周龄小鼠,2只Q20和2只Q175;ddPCR验证:N=3(Q20)和N=5(Q175);基因表达归一化至Tbp 阅读提示:Materials and Methods, RNAseq, computational data analysis and selection of candidate genes for target validation; Digital droplet PCR; Results Section 3.2 |
| 空间分布分析 | 年龄:4、6、>16个月;切片厚度:16μm;图像采集:Leica TSC SP8显微镜,每个区域6张图像,每个小鼠至少4个切片 阅读提示:Materials and Methods, Perfusion and brain dissection, Embedding and cryostat cutting, Immunofluorescence, Imaging, Image processing; Results Section 3.4 |
| 突变亨廷顿蛋白聚集 | EM48抗体稀释1:100;分析整个纹状体及四个分区;统计总聚集和弥散形式;在4、6、>16个月评估 阅读提示:Materials and Methods, Immunofluorescence; Results Section 3.5; Supplementary Figure S11 |
| CAG体细胞不稳定性 | 细胞数量:200个神经元的池;每个样本10个重复;PCR扩增:35-40循环;片段分析使用GeneMapper;不稳定性指数和扩张指数采用20%阈值 阅读提示:Materials and Methods, CAG typing for somatic instability evaluation by fragment analysis; Results Section 3.6 |